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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1k0u | |||||||||
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タイトル | Inhibition of S-adenosylhomocysteine Hydrolase by "acyclic sugar" Adenosine Analogue D-eritadenine | |||||||||
要素 | S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE HYDROLASE | |||||||||
キーワード | HYDROLASE / S-adenosylhomocysteine / D-eritadenine / inhibitor | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 adenosylselenohomocysteinase activity / S-adenosylhomocysteine catabolic process / Sulfur amino acid metabolism / circadian sleep/wake cycle / adenyl nucleotide binding / chronic inflammatory response to antigenic stimulus / adenosylhomocysteinase / adenosylhomocysteinase activity / Methylation / S-adenosylmethionine cycle ...adenosylselenohomocysteinase activity / S-adenosylhomocysteine catabolic process / Sulfur amino acid metabolism / circadian sleep/wake cycle / adenyl nucleotide binding / chronic inflammatory response to antigenic stimulus / adenosylhomocysteinase / adenosylhomocysteinase activity / Methylation / S-adenosylmethionine cycle / response to nutrient / NAD binding / melanosome / one-carbon metabolic process / response to hypoxia / copper ion binding / endoplasmic reticulum / identical protein binding / nucleus / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Rattus norvegicus (ドブネズミ) | |||||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 3 Å | |||||||||
データ登録者 | Takusagawa, F. / Huang, Y. / Komoto, J. / Takata, Y. / Gomi, T. / Ogawa, H. / Fujioka, M. / Powell, D. | |||||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2002 タイトル: Inhibition of S-adenosylhomocysteine hydrolase by acyclic sugar adenosine analogue D-eritadenine. Crystal structure of S-adenosylhomocysteine hydrolase complexed with D-eritadenine. 著者: Huang, Y. / Komoto, J. / Takata, Y. / Powell, D.R. / Gomi, T. / Ogawa, H. / Fujioka, M. / Takusagawa, F. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1k0u.cif.gz | 630.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1k0u.ent.gz | 517.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1k0u.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1k0u_validation.pdf.gz | 4.4 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1k0u_full_validation.pdf.gz | 4.6 MB | 表示 | |
XML形式データ | 1k0u_validation.xml.gz | 146.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1k0u_validation.cif.gz | 188 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k0/1k0u ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k0/1k0u | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 1d4fS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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詳細 | The asymmetric unit contains two tetrameric enzymes, i.e., contains eight identical subunits. |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 47465.711 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P10760, adenosylhomocysteinase #2: 化合物 | ChemComp-NAD / #3: 化合物 | ChemComp-DEA / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.17 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.2 詳細: PEG 4000, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 22 ℃ | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 93 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 Å |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IIC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年8月20日 / 詳細: mirrors |
放射 | モノクロメーター: YALE MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3→10 Å / Num. all: 59076 / Num. obs: 56933 / % possible obs: 85 % / Observed criterion σ(F): 3 / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 2.1 % / Biso Wilson estimate: 10 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.085 / Rsym value: 0.085 / Net I/σ(I): 6.2 |
反射 シェル | 解像度: 3→3.1 Å / 冗長度: 1.8 % / Rmerge(I) obs: 0.19 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / Rsym value: 0.19 / % possible all: 82 |
反射 | *PLUS 最低解像度: 10 Å / Num. obs: 59048 / % possible obs: 91.5 % / Num. measured all: 241990 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1D4F 解像度: 3→10 Å / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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原子変位パラメータ | Biso mean: 5.3 Å2
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Refine analyze | Luzzati sigma a obs: 0.34 Å | |||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3→10 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 3→10 Å / Rfactor Rfree error: 0.01
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / バージョン: 3.851 / 分類: refinement | |||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 3 Å / 最低解像度: 10 Å / σ(F): 2 | |||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 5.3 Å2 | |||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS 最高解像度: 3 Å / 最低解像度: 10 Å / Rfactor Rfree: 0.265 / Rfactor Rwork: 0.208 |