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- PDB-1jzt: Crystal structure of yeast ynu0, YNL200c -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1jzt
タイトルCrystal structure of yeast ynu0, YNL200c
要素Hypothetical 27.5 kDa protein in SPX19-GCR2 intergenic region
キーワードstructural genomics / unknown function / yeast hypothetical protein / selenomethionine / PSI / Protein Structure Initiative / New York SGX Research Center for Structural Genomics / NYSGXRC
機能・相同性
機能・相同性情報


Nicotinamide salvaging / NAD(P)H-hydrate epimerase / NAD(P)HX epimerase activity / : / nicotinamide nucleotide metabolic process / nucleotide binding / mitochondrion / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
YjeF N-terminal domain-containing protein NAXE-like / YjeF N-terminal domain / YjeF-related protein N-terminus / YjeF N-terminal domain / YjeF N-terminal domain superfamily / YjeF N-terminal domain profile. / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NAD(P)H-hydrate epimerase
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.94 Å
データ登録者Jiang, J.-S. / Manning, N.O. / Burley, S.K. / New York SGX Research Center for Structural Genomics (NYSGXRC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of Yeast Hypothetical Protein YNU0_YEAST
著者: Jiang, J.-S. / Manning, N.O. / Eswaramoorthy, S. / Gerchman, S.E. / Kumaran, D. / Kycia, J.H. / Lewis, H.A. / Swaminathan, S. / Studier, F.W.
履歴
登録2001年9月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年9月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32014年11月26日Group: Other
改定 1.42021年2月3日Group: Advisory / Database references ...Advisory / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: audit_author / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms ...audit_author / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag ..._audit_author.identifier_ORCID / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年11月6日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hypothetical 27.5 kDa protein in SPX19-GCR2 intergenic region
B: Hypothetical 27.5 kDa protein in SPX19-GCR2 intergenic region
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,5544
ポリマ－55,4832
非ポリマー712
水5,567309
1
A: Hypothetical 27.5 kDa protein in SPX19-GCR2 intergenic region
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,7772
ポリマ－27,7411
非ポリマー351
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Hypothetical 27.5 kDa protein in SPX19-GCR2 intergenic region
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,7772
ポリマ－27,7411
非ポリマー351
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3260 Å2
ΔGint-44 kcal/mol
Surface area20740 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)57.732, 68.676, 125.187
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.017708, 0.578797, 0.815279), (0.568052, -0.6652, 0.484588), (0.822802, 0.471702, -0.317008)
ベクター: 19.17647, 8.37586, -28.69405)

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要素

#1: タンパク質 Hypothetical 27.5 kDa protein in SPX19-GCR2 intergenic region


分子量: 27741.467 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: YNL200C / プラスミド: pET 13A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834 (DE3) / 参照: UniProt: P40165
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 309 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 45 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: ammonium formate, PEG 3350, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X12C / 波長: 0.9788, 0.9785, 0.9400
検出器タイプ: BRANDEIS - B1 / 検出器: CCD / 日付: 2001年5月16日 / 詳細: toroidal mirror
放射モノクロメーター: Si (111) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97881
20.97851
30.941
反射解像度: 1.9→50 Å / Num. all: 40088 / Num. obs: 39366 / % possible obs: 98.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 11 % / Biso Wilson estimate: 8.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.062 / Net I/σ(I): 12.6
反射 シェル解像度: 1.9→1.97 Å / 冗長度: 9.3 % / Rmerge(I) obs: 0.417 / Mean I/σ(I) obs: 5.8 / % possible all: 92.3

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解析

ソフトウェア
名称分類
ARP/wARPモデル構築
SOLVE位相決定
CNS精密化
CCP4モデル構築
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
CCP4位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.94→46.26 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Data cutoff high absF: 165195.47 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.5 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: LOOPS HAVE BEEN MODELLED IN AREAS OF POOR OR MISSING ELECTRON DENSITY. OCCUPANCY IS SET FOR LESS THAN 1 IN AREAS WHERE ELECTRON DENSITY IS AMBIGUOUS, AND IT IS SET EQUAL TO 0 WHERE ELECTRON ...詳細: LOOPS HAVE BEEN MODELLED IN AREAS OF POOR OR MISSING ELECTRON DENSITY. OCCUPANCY IS SET FOR LESS THAN 1 IN AREAS WHERE ELECTRON DENSITY IS AMBIGUOUS, AND IT IS SET EQUAL TO 0 WHERE ELECTRON DENSITY IS NONEXISTENT. NOTE PARTICULARLY LOOPS A 119-A 123 AND B 120-B 123. THE FIRST THREE RESIDUES IN EACH CHAIN WERE NOT SEEN IN THE ELECTRON DENSITY.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.237 1786 5.1 %RANDOM
Rwork0.2 ---
obs0.2 34978 92.9 %-
all-34978 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 76.6171 Å2 / ksol: 0.392074 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 19.1 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.74 Å20 Å20 Å2
2---1.36 Å20 Å2
3---0.62 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.26 Å0.21 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.14 Å0.04 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.94→46.26 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3842 0 2 309 4153
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.7
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.77
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.381.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.132
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.992
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.882.5
Refine LS restraints NCSNCS model details: CONSTR
LS精密化 シェル解像度: 1.94→2.06 Å / Rfactor Rfree error: 0.015 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.242 275 5.3 %
Rwork0.188 4891 -
obs-4891 83.7 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION3ION.PARAMION.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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