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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1jzq | ||||||
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タイトル | Isoleucyl-tRNA synthetase Complexed with Isoleucyl-adenylate analogue | ||||||
![]() | Isoleucyl-tRNA synthetase | ||||||
![]() | LIGASE / aminoacyl-tRNA synthetase / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI / Structural Genomics | ||||||
機能・相同性 | ![]() isoleucine-tRNA ligase / isoleucine-tRNA ligase activity / isoleucyl-tRNA aminoacylation / aminoacyl-tRNA editing activity / tRNA binding / zinc ion binding / ATP binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Nakama, T. / Nureki, O. / Yokoyama, S. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI) | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural basis for the recognition of isoleucyl-adenylate and an antibiotic, mupirocin, by isoleucyl-tRNA synthetase. 著者: Nakama, T. / Nureki, O. / Yokoyama, S. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 178.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 140.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 455.6 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 499.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 23.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 33.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 94682.016 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 発現宿主: ![]() ![]() | ||
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#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-ILA / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.03 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 2-propanol, PEG4000, MPD, HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 20 ℃ / 詳細: Nureki, O., (1998) Science, 280, 578. | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 298 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: FUJI / 検出器: IMAGE PLATE |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3→40 Å / Num. obs: 27250 / % possible obs: 88.3 % |
反射 | *PLUS 最高解像度: 3 Å / 最低解像度: 40 Å / Num. measured all: 63934 / Rmerge(I) obs: 0.096 |
反射 シェル | *PLUS Rmerge(I) obs: 0.357 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3→30 Å
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ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 3 Å / 最低解像度: 30 Å / Rfactor obs: 0.22 / Rfactor Rwork: 0.22 | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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