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万見
- PDB-1jzp: Modified Peptide A (D18-A1) of the Rabbit Skeletal Dihydropyridin... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1jzp
タイトルModified Peptide A (D18-A1) of the Rabbit Skeletal Dihydropyridine Receptor
要素Skeletal Dihydropydrine Receptor
キーワードSIGNALING PROTEIN / Alpha helical peptide / DHPR / D-isomer
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of muscle contraction / high voltage-gated calcium channel activity / L-type voltage-gated calcium channel complex / cellular response to caffeine / calcium ion import across plasma membrane / regulation of ryanodine-sensitive calcium-release channel activity / voltage-gated calcium channel activity / muscle contraction / release of sequestered calcium ion into cytosol / T-tubule ...positive regulation of muscle contraction / high voltage-gated calcium channel activity / L-type voltage-gated calcium channel complex / cellular response to caffeine / calcium ion import across plasma membrane / regulation of ryanodine-sensitive calcium-release channel activity / voltage-gated calcium channel activity / muscle contraction / release of sequestered calcium ion into cytosol / T-tubule / calcium ion transmembrane transport / transmembrane transporter binding / calmodulin binding / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Voltage-dependent calcium channel, L-type, alpha-1S subunit / Voltage-gated calcium channel subunit alpha, C-terminal / Voltage-gated calcium channel subunit alpha, C-term / Voltage-dependent calcium channel, L-type, alpha-1 subunit / Voltage-dependent calcium channel, alpha-1 subunit, IQ domain / Voltage gated calcium channel IQ domain / Voltage gated calcium channel IQ domain / Voltage-dependent calcium channel, alpha-1 subunit / Voltage-dependent L-type calcium channel, IQ-associated domain / Voltage-dependent L-type calcium channel, IQ-associated ...Voltage-dependent calcium channel, L-type, alpha-1S subunit / Voltage-gated calcium channel subunit alpha, C-terminal / Voltage-gated calcium channel subunit alpha, C-term / Voltage-dependent calcium channel, L-type, alpha-1 subunit / Voltage-dependent calcium channel, alpha-1 subunit, IQ domain / Voltage gated calcium channel IQ domain / Voltage gated calcium channel IQ domain / Voltage-dependent calcium channel, alpha-1 subunit / Voltage-dependent L-type calcium channel, IQ-associated domain / Voltage-dependent L-type calcium channel, IQ-associated / : / Voltage-dependent channel domain superfamily / Ion transport domain / Ion transport protein
類似検索 - ドメイン・相同性
Voltage-dependent L-type calcium channel subunit alpha-1S
類似検索 - 構成要素
手法溶液NMR / Distance Geometry Simulated annealing refinement
データ登録者Green, D. / Pace, S. / Sakowska, M. / Dulhunty, A.F. / Casarotto, M.G.
引用ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2003
タイトル: The three-dimensional structural surface of two beta-sheet scorpion toxins mimics that of an alpha-helical dihydropyridine receptor segment.
著者: Green, D. / Pace, S. / Curtis, S.M. / Sakowska, M. / Lamb, G.D. / Dulhunty, A.F. / Casarotto, M.G.
履歴
登録2001年9月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年3月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年2月23日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_assembly ...database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年10月16日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Skeletal Dihydropydrine Receptor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,3381
ポリマ－2,3381
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)1 / 17
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Skeletal Dihydropydrine Receptor


分子量: 2337.772 Da / 分子数: 1 / 断片: D18-A1 / 変異: Arg688 from L to D isomer / 由来タイプ: 合成
詳細: This sequence is a modification of a segment of a protein that occurs naturally in rabbit skeletal muscle.
参照: UniProt: P07293*PLUS
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D NOESY
121DQF-COSY
NMR実験の詳細Text: This structure was determined by using standard 2D homonuclear techniques.

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試料調製

詳細内容: 2-3 mM DHPR peptide, unbuffered / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料状態pH: 5 / 圧: 1 atm / 温度: 278 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメータータイプ: Varian INOVA / 製造業者: Varian / モデル: INOVA / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software名称: X-PLOR / バージョン: 3.851 / 開発者: Brunger / 分類: 精密化
精密化手法: Distance Geometry Simulated annealing refinement / ソフトェア番号: 1
詳細: The structure is based on a total of 239 restraints of which 222 are NOE-derived, 12 are dihedral angle restraints and 5 are distance restraints from hydrogen bonds.
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブル計算したコンフォーマーの数: 17 / 登録したコンフォーマーの数: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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