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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1jzc | ||||||||||||||||||||
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タイトル | THE SOLUTION STRUCTURE OF THE MUTANT 5'AUG3' TRILOOP IN THE RNA PROMOTER REGION OF THE BROME MOSAIC VIRUS GENOMIC (+)-RNA | ||||||||||||||||||||
要素 | 5'-R(*キーワード | RNA (リボ核酸) / Brome Mosaic Virus / BMV / triloop / Replication (DNA複製) / Promoter / RNA polymerase (RNAポリメラーゼ) | 機能・相同性 | リボ核酸 / RNA (> 10) | 機能・相同性情報 手法 | 溶液NMR / simulated annealing restrained molecular dynamics | Model type details | minimized average | データ登録者 | Kim, C.-H. / Kao, C.C. | 引用 | ジャーナル: RNA / 年: 2001 タイトル: A mutant viral RNA promoter with an altered conformation retains efficient recognition by a viral RNA replicase through a solution-exposed adenine 著者: Kim, C.-H. / Kao, C.C. #1: ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 2000 タイトル: RNA motifs that determine specificity between a viral replicase and its promoter 著者: Kim, C.-H. / Kao, C.C. / Tinoco Jr., I. #2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2001 タイトル: Structural and Thermodynamic Studies on Mutant RNA motifs that impair the Specificity between a Viral Replicase and its Promoter 著者: Kim, C.-H. / Tinoco Jr., I. 履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1jzc.cif.gz | 16.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1jzc.ent.gz | 10.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1jzc.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jz/1jzc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jz/1jzc | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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NMR アンサンブル |
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-要素
#1: RNA鎖 | 分子量: 4172.541 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 詳細: This sequence is a mutant triloop of which the wild type is naturally occuring in Brome Mosaic Virus genomic RNA |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||||||
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NMR実験 |
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-試料調製
詳細 |
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試料状態 |
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結晶化 | *PLUS 手法: その他 / 詳細: NMR |
-NMR測定
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M | |||||||||||||||
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放射波長 | 相対比: 1 | |||||||||||||||
NMRスペクトロメーター |
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-解析
NMR software |
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精密化 | 手法: simulated annealing restrained molecular dynamics / ソフトェア番号: 1 | ||||||||||||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: minimized average structure | ||||||||||||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: a strucutre averaged over these 17 calculated structures. 計算したコンフォーマーの数: 17 / 登録したコンフォーマーの数: 1 |