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- PDB-1jzc: THE SOLUTION STRUCTURE OF THE MUTANT 5'AUG3' TRILOOP IN THE RNA P... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1jzc
タイトルTHE SOLUTION STRUCTURE OF THE MUTANT 5'AUG3' TRILOOP IN THE RNA PROMOTER REGION OF THE BROME MOSAIC VIRUS GENOMIC (+)-RNA
要素5'-R(*GP*GP*UP*GP*CP*AP*UP*GP*GP*CP*AP*CP*C)-3'
キーワードRNA / Brome Mosaic Virus / BMV / triloop / Replication / Promoter / RNA polymerase
機能・相同性RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
手法溶液NMR / simulated annealing restrained molecular dynamics
Model type detailsminimized average
データ登録者Kim, C.-H. / Kao, C.C.
引用
ジャーナル: RNA / 年: 2001
タイトル: A mutant viral RNA promoter with an altered conformation retains efficient recognition by a viral RNA replicase through a solution-exposed adenine
著者: Kim, C.-H. / Kao, C.C.
#1: ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 2000
タイトル: RNA motifs that determine specificity between a viral replicase and its promoter
著者: Kim, C.-H. / Kao, C.C. / Tinoco Jr., I.
#2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2001
タイトル: Structural and Thermodynamic Studies on Mutant RNA motifs that impair the Specificity between a Viral Replicase and its Promoter
著者: Kim, C.-H. / Tinoco Jr., I.
履歴
登録2001年9月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年10月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年2月23日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5'-R(*GP*GP*UP*GP*CP*AP*UP*GP*GP*CP*AP*CP*C)-3'


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,1731
ポリマ－4,1731
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)1 / 17a strucutre averaged over these 17 calculated structures.
代表モデルminimized average structure

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要素

#1: RNA鎖 5'-R(*GP*GP*UP*GP*CP*AP*UP*GP*GP*CP*AP*CP*C)-3'


分子量: 4172.541 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: This sequence is a mutant triloop of which the wild type is naturally occuring in Brome Mosaic Virus genomic RNA

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D NOESY
2212D NOESY
131DQF-COSY
2412D NOESY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
12 mM RNA triloop 13mer, 10mM Na Phosphate, pH=6.590% H2O/10% D2O
22 mM RNA triloop 13mer, 10mM Na Phosphate, pH=6.599.96% D2O
試料状態
Conditions-IDイオン強度pH圧 (kPa)温度 (K)
110 mM NaCl 6.5ambient 293 K
210 mM NaCl 6.5ambient 283 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker DRXBrukerDRX5001
Bruker AMXBrukerAMX6002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
X-PLOR3.1Axel Brunger構造決定
XwinNMRcollection
UXNMRcollection
Felixデータ解析
X-PLOR3.1Axel Brunger精密化
精密化手法: simulated annealing restrained molecular dynamics / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: minimized average structure
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: a strucutre averaged over these 17 calculated structures.
計算したコンフォーマーの数: 17 / 登録したコンフォーマーの数: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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