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万見
- PDB-1jyd: Crystal Structure of Recombinant Human Serum Retinol-Binding Prot... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1jyd
タイトルCrystal Structure of Recombinant Human Serum Retinol-Binding Protein at 1.7 A Resolution
要素PLASMA RETINOL-BINDING PROTEIN
キーワードTRANSPORT PROTEIN / retinol binding protein / lipocalin superfamily / beta barrel
機能・相同性
機能・相同性情報


Retinoid metabolism disease events / urinary bladder development / vitamin A import into cell / embryonic retina morphogenesis in camera-type eye / retinol transport / female genitalia morphogenesis / retinol transmembrane transporter activity / embryonic organ morphogenesis / maintenance of gastrointestinal epithelium / embryonic skeletal system development ...Retinoid metabolism disease events / urinary bladder development / vitamin A import into cell / embryonic retina morphogenesis in camera-type eye / retinol transport / female genitalia morphogenesis / retinol transmembrane transporter activity / embryonic organ morphogenesis / maintenance of gastrointestinal epithelium / embryonic skeletal system development / molecular carrier activity / negative regulation of cardiac muscle cell proliferation / detection of light stimulus involved in visual perception / retinal metabolic process / eye development / heart trabecula formation / retinal binding / cardiac muscle tissue development / retinol metabolic process / retinol binding / positive regulation of immunoglobulin production / Defective visual phototransduction due to STRA6 loss of function / response to muscle activity / The canonical retinoid cycle in rods (twilight vision) / uterus development / vagina development / phototransduction, visible light / response to retinoic acid / Retinoid metabolism and transport / gluconeogenesis / response to insulin / lung development / positive regulation of insulin secretion / male gonad development / glucose homeostasis / heart development / spermatogenesis / response to ethanol / response to xenobiotic stimulus / protein-containing complex binding / protein-containing complex / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Retinol binding protein/Purpurin / Lipocalin, ApoD type / Lipocalin family conserved site / Lipocalin / cytosolic fatty-acid binding protein family / Lipocalin/cytosolic fatty-acid binding domain / Calycin beta-barrel core domain / Calycin / Lipocalin / Lipocalin signature. / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Retinol-binding protein 4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Greene, L.H. / Chrysina, E.D. / Irons, L.I. / Papageorgiou, A.C. / Acharya, K.R. / Brew, K.
引用
ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2001
タイトル: Role of conserved residues in structure and stability: Tryptophans of human serum retinol-binding protein, a model for the lipocalin superfamily
著者: Greene, L.H. / Chrysina, E.D. / Irons, L.I. / Papageorgiou, A.C. / Acharya, K.R. / Brew, K.
#1: ジャーナル: Proteins / 年: 1990
タイトル: Crystallographic refinement of human serum retinol-binding protein at 2 A resolution
著者: Cowan, S.W. / Newcomer, M.E. / Jones, T.A.
#2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1993
タイトル: Crystal structure of the trigonal form of human plasma retinol-binding protein at 2.5 A resolution
著者: Zannotti, G. / Ottonello, S. / Berni, R. / Monaco, H.L.
履歴
登録2001年9月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年7月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32023年8月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PLASMA RETINOL-BINDING PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,6687
ポリマ－21,1161
非ポリマー5536
水3,693205
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)101.336, 101.336, 71.978
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number146
Space group name H-MH3

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要素

#1: タンパク質 PLASMA RETINOL-BINDING PROTEIN / PRBP


分子量: 21115.645 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P02753
#2: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 205 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.47 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.8
詳細: Sodium cacodylate, sodium chloride, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K
結晶化
*PLUS
温度: 16 ℃ / 手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
112 mg/mlprotein1drop
210 mMsodium cacodylate1drop
33.9 M1droppH6.8NaCl
420 mMsodium cacodylate1reservoir
54.5 M1reservoirpH6.8NaCl

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX9.5 / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→40 Å / Num. obs: 28189 / % possible obs: 90.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.4 % / Biso Wilson estimate: 23.1 Å2 / Rsym value: 0.047 / Net I/σ(I): 7.68
反射 シェル解像度: 1.7→1.72 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.59 / Num. unique all: 1163 / Rsym value: 0.405 / % possible all: 91
反射
*PLUS
Num. measured all: 67359 / Rmerge(I) obs: 0.047
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 1.7 Å / % possible obs: 91 % / Rmerge(I) obs: 0.505

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
CNS1精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1RBP

1rbp


解像度: 1.7→19.15 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Data cutoff high absF: 2348999.04 / Data cutoff high rms absF: 2348999.04 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27 1380 5 %RANDOM
Rwork0.248 ---
obs0.251 28189 90.3 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 52.51 Å2 / ksol: 0.428 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 26.1 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.02 Å21.35 Å20 Å2
2--1.02 Å20 Å2
3----2.03 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.27 Å0.25 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.19 Å0.2 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→19.15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1407 0 36 205 1648
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.5
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d24.4
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.73
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.81 Å / Rfactor Rfree error: 0.021 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.323 232 4.9 %
Rwork0.319 4513 -
obs--93.6 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PAPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION3ION.PARAMION.TOP
X-RAY DIFFRACTION4param.glyceroltop.glycerol
精密化
*PLUS
最高解像度: 1.7 Å / 最低解像度: 40 Å / Num. reflection obs: 27458 / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor Rfree: 0.27
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.469
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg24.4
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.73

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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