[日本語] English
万見
- PDB-1jy5: RNase-related protein from Calystegia sepium -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1jy5
タイトルRNase-related protein from Calystegia sepium
要素CalsepRRP
キーワードHYDROLASE / RNase / alpha-beta protein
機能・相同性
機能・相同性情報


ribonuclease T2 activity / RNA catabolic process / RNA binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Ribonuclease T2, eukaryotic / Ribonuclease T2-like / Ribonuclease T2 family / Ribonuclease Rh; Chain A / Ribonuclease T2-like / Ribonuclease T2-like superfamily / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
RNase-like protein
類似検索 - 構成要素
生物種Calystegia sepium (ヒロハヒルガオ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Rabijns, A. / Verboven, C. / Rouge, P. / Barre, A. / Van Damme, E.J.M. / Peumans, W.J. / De Ranter, C.J.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2002
タイトル: Structure of an RNase-related protein from Calystegia sepium.
著者: Rabijns, A. / Verboven, C. / Rouge, P. / Barre, A. / Van Damme, E.J. / Peumans, W.J. / De Ranter, C.J.
履歴
登録2001年9月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02002年4月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月4日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42023年10月25日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.52024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: CalsepRRP
B: CalsepRRP


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,7982
ポリマ－46,7982
非ポリマー00
水6,756375
1
A: CalsepRRP


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,3991
ポリマ－23,3991
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: CalsepRRP


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,3991
ポリマ－23,3991
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)121.687, 121.687, 66.059
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 120
Int Tables number171
Space group name H-MP62

-
要素

#1: タンパク質 CalsepRRP / RNase-like protein


分子量: 23399.148 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 1-212 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Calystegia sepium (ヒロハヒルガオ) / 参照: UniProt: Q9M7C7
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 375 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.21 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: NaCl, 0.1M acetate buffer, MPD, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
結晶化
*PLUS
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式詳細
10.2 M1dropNaCl
20.1 Macetate1droppH4.6
330 %MPD1drop
410 mg/mlprotein1drop

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X11 / 波長: 0.9116 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年4月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9116 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→30 Å / Num. all: 163993 / Num. obs: 140214 / % possible obs: 85.5 % / Observed criterion σ(F): 1.41 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.63 % / Biso Wilson estimate: 12.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.063 / Rsym value: 0.063 / Net I/σ(I): 20.71
反射 シェル解像度: 2.05→2.09 Å / 冗長度: 4.03 % / Rmerge(I) obs: 0.338 / Mean I/σ(I) obs: 5.12 / Num. unique all: 1739 / Rsym value: 0.338 / % possible all: 100
反射
*PLUS
最低解像度: 30 Å / Num. obs: 35416 / Num. measured all: 163993
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 66.3 % / Num. unique obs: 1739 / Num. measured obs: 7023

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
CNS1精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1DIX

1dix


解像度: 2.05→27.63 Å / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.242 3486 9.953 %Random
Rwork0.207 ---
all0.211 35023 --
obs0.211 35023 99.7 %-
原子変位パラメータBiso mean: 28.8 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.47 Å22.07 Å20 Å2
2--0.47 Å20 Å2
3----0.94 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.28 Å0.23 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.17 Å0.13 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.05→27.63 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3144 0 0 375 3519
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.6
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.81
LS精密化 シェル解像度: 2.05→2.18 Å / Rfactor Rfree error: 0.012
Rfactor反射数%反射
Rfree0.272 555 -
Rwork0.222 --
obs-5810 100 %
精密化
*PLUS
σ(F): 0 / Rfactor obs: 0.2074 / Rfactor Rfree: 0.242 / Rfactor Rwork: 0.2074
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.23
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg22.6
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.81
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor obs: 0.222

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る