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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1jy3 | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of the Central Region of Bovine Fibrinogen (E5 Fragment) at 1.4 Angstroms Resolution | ||||||
要素 |
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キーワード | BLOOD CLOTTING (凝固・線溶系) / fibrinogen (フィブリノゲン) / fragment E / disulfide bonds (ジスルフィド) / asymmetry / coiled-coil (コイルドコイル) / beta-sheet (Βシート) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 blood coagulation, common pathway / fibrinogen complex / blood coagulation, fibrin clot formation / positive regulation of heterotypic cell-cell adhesion / positive regulation of peptide hormone secretion / protein polymerization / negative regulation of endothelial cell apoptotic process / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / fibrinolysis / cell-matrix adhesion ...blood coagulation, common pathway / fibrinogen complex / blood coagulation, fibrin clot formation / positive regulation of heterotypic cell-cell adhesion / positive regulation of peptide hormone secretion / protein polymerization / negative regulation of endothelial cell apoptotic process / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / fibrinolysis / cell-matrix adhesion / 血小板 / collagen-containing extracellular matrix / 獲得免疫系 / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / signaling receptor binding / 自然免疫系 / extracellular space / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Bos taurus (ウシ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 解像度: 1.6 Å | ||||||
データ登録者 | Madrazo, J. / Brown, J.H. / Litvinovich, S. / Dominguez, R. / Yakovlev, S. / Medved, L. / Cohen, C. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2001 タイトル: Crystal structure of the central region of bovine fibrinogen (E5 fragment) at 1.4-A resolution. 著者: Madrazo, J. / Brown, J.H. / Litvinovich, S. / Dominguez, R. / Yakovlev, S. / Medved, L. / Cohen, C. #1: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2000 タイトル: The Crystal Structure of Modified Bovine Fibrinogen 著者: Brown, J.H. / Volkmann, N. / Jun, G. / Henschen-Edman, A.H. / Cohen, C. | ||||||
履歴 |
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Remark 999 | SEQUENCE AN APPROPRIATE DATABASE MATCH WAS NOT AVAILABLE FOR FIBRINOGEN ALPHA CHAIN AT THE TIME OF PROCESSING. |
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1jy3.cif.gz | 70.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1jy3.ent.gz | 56.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1jy3.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jy/1jy3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jy/1jy3 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 6172.894 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Proteolytic fragment / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P02672*PLUS #2: タンパク質 | 分子量: 6253.134 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Proteolytic fragment / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P02676 #3: タンパク質・ペプチド | 分子量: 5476.117 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Proteolytic fragment / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P12799 #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.93 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8 詳細: PEG 3350, Calcium chloride, Tris, Dioxane, Sodium azide, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 295K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X26C / 波長: 1.087 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 1999年10月23日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.087 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.6→100 Å / Num. all: 41785 / Num. obs: 41785 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 31.6 % / Rsym value: 0.059 |
反射 シェル | 解像度: 1.6→1.66 Å / Rsym value: 0.147 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 1321351 / Rmerge(I) obs: 0.059 |
反射 シェル | *PLUS Rmerge(I) obs: 0.147 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 1.6→100 Å / σ(F): 0
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原子変位パラメータ | Biso mean: 27.7 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.6→100 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: 'CNS, ARP' / 分類: refinement | |||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 1.6 Å / 最低解像度: 100 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor obs: 0.194 / Rfactor Rfree: 0.22 | |||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 27.7 Å2 | |||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rfree: 0.276 / Rfactor Rwork: 0.232 |