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- PDB-1jxv: Crystal Structure of Human Nucleoside Diphosphate Kinase A -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1jxv
タイトルCrystal Structure of Human Nucleoside Diphosphate Kinase A
要素Nucleoside Diphosphate Kinase A
キーワードTRANSFERASE / kinase
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA nuclease activity / Ribavirin ADME / nucleoside-diphosphate kinase / Interconversion of nucleotide di- and triphosphates / UTP biosynthetic process / CTP biosynthetic process / Azathioprine ADME / positive regulation of DNA binding / nucleoside diphosphate kinase activity / GTP biosynthetic process ...DNA nuclease activity / Ribavirin ADME / nucleoside-diphosphate kinase / Interconversion of nucleotide di- and triphosphates / UTP biosynthetic process / CTP biosynthetic process / Azathioprine ADME / positive regulation of DNA binding / nucleoside diphosphate kinase activity / GTP biosynthetic process / ribosomal small subunit binding / lactation / 3'-5' exonuclease activity / positive regulation of epithelial cell proliferation / ruffle membrane / endocytosis / nervous system development / regulation of apoptotic process / cell differentiation / early endosome / negative regulation of cell population proliferation / GTP binding / magnesium ion binding / RNA binding / extracellular exosome / ATP binding / identical protein binding / nucleus / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Nucleoside diphosphate kinase-like domain / Nucleoside diphosphate kinase, active site / Nucleoside diphosphate kinase (NDPK) active site signature. / Nucleoside diphosphate kinase / Nucleoside diphosphate kinase (NDPK)-like domain profile. / Nucleoside diphosphate kinase-like domain / Nucleoside diphosphate kinase / NDK / Nucleoside diphosphate kinase-like domain superfamily / Alpha-Beta Plaits ...Nucleoside diphosphate kinase-like domain / Nucleoside diphosphate kinase, active site / Nucleoside diphosphate kinase (NDPK) active site signature. / Nucleoside diphosphate kinase / Nucleoside diphosphate kinase (NDPK)-like domain profile. / Nucleoside diphosphate kinase-like domain / Nucleoside diphosphate kinase / NDK / Nucleoside diphosphate kinase-like domain superfamily / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Nucleoside diphosphate kinase A
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Min, K. / Song, H.K. / Chang, C. / Kim, S.Y. / Lee, K.J. / Suh, S.W.
引用
ジャーナル: Proteins / 年: 2002
タイトル: Crystal structure of human nucleoside diphosphate kinase A, a metastasis suppressor.
著者: Min, K. / Song, H.K. / Chang, C. / Kim, S.Y. / Lee, K.J. / Suh, S.W.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2000
タイトル: Crystallization and preliminary X-ray crystallographic analysis of human nucleoside diphosphate kinase A
著者: Min, K. / Kim, S.Y. / Song, H.K. / Chang, C. / Cho, S.J. / Moon, J. / Yang, J.K. / Lee, J.Y. / Lee, K.J. / Suh, S.W.
履歴
登録2001年9月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02002年4月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年10月25日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nucleoside Diphosphate Kinase A
B: Nucleoside Diphosphate Kinase A
C: Nucleoside Diphosphate Kinase A
D: Nucleoside Diphosphate Kinase A
E: Nucleoside Diphosphate Kinase A
F: Nucleoside Diphosphate Kinase A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)103,0246
ポリマ－103,0246
非ポリマー00
水3,441191
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area16030 Å2
ΔGint-92 kcal/mol
Surface area33420 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)74.21, 78.11, 82.29
Angle α, β, γ (deg.)90, 101.33, 90
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Nucleoside Diphosphate Kinase A


分子量: 17170.721 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: nm23-H1 / プラスミド: pET-3c / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P15531, nucleoside-diphosphate kinase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 191 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.81 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.35
詳細: MPD, MES-KOH, pH 6.35, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
結晶化
*PLUS
温度: 288 K
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
117 mg/mlprotein1drop
2100 mMMES/KOH1reservoir
330-34 %(v/v)MPD1reservoirpH6.35

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-6A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: WEISSENBERG / 検出器: DIFFRACTOMETER / 日付: 1997
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→50 Å / Num. obs: 48679 / % possible obs: 90.9 % / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 19.1
反射
*PLUS
最低解像度: 50 Å

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
X-PLOR精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1NUE

1nue


解像度: 2.2→6 Å / σ(F): 2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.263 1890 5.366 %
Rwork0.207 --
all-37113 -
obs-35223 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7104 0 0 191 7295
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.009
精密化
*PLUS
σ(F): 2 / Rfactor obs: 0.207
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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