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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1jxg | ||||||
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タイトル | The 1.6 A Resolution Crystal Structure of a Mutant Poplar Plastocyanin Bearing a 21-25 Engeneered Disulfide Bridge | ||||||
![]() | PLASTOCYANIN A | ||||||
![]() | PHOTOSYNTHESIS / BETA BARREL | ||||||
機能・相同性 | ![]() electron transporter, transferring electrons from cytochrome b6/f complex of photosystem II activity / chloroplast thylakoid lumen / chloroplast thylakoid membrane / copper ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Milani, M. / Andolfi, L. / Cannistraro, S. / Verbeet, M.P. / Bolognesi, M. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: The 1.6 A resolution crystal structure of a mutant plastocyanin bearing a 21-25 engineered disulfide bridge. 著者: Milani, M. / Andolfi, L. / Cannistraro, S. / Verbeet, M.P. / Bolognesi, M. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 99.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 76.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 445.5 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 445.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 13 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 18.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1plcS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 10588.816 Da / 分子数: 2 / 変異: I21C, E25C / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() Variant: ITALICA / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-SO4 / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.73 % | ||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: ammonium sulfate, pH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K | ||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 7 | ||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2000年11月29日 |
放射 | モノクロメーター: Diamond (111), Ge(220) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.934 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.6→35 Å / Num. all: 25069 / Num. obs: 24587 / % possible obs: 98.1 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.045 |
反射 シェル | 解像度: 1.6→1.63 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.189 / Mean I/σ(I) obs: 4 / Num. unique all: 862 / % possible all: 71.6 |
反射 | *PLUS 最低解像度: 35 Å / Num. obs: 25069 / Num. measured all: 135535 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 71.6 % / Mean I/σ(I) obs: 4.1 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1PLC 解像度: 1.6→41 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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原子変位パラメータ | Biso mean: 19.615 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.6→41 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: REFMAC / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 1.6 Å / 最低解像度: 35 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 5.1 % / Rfactor obs: 0.145 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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