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- PDB-1jx6: CRYSTAL STRUCTURE OF LUXP FROM VIBRIO HARVEYI COMPLEXED WITH AUTO... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1jx6
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF LUXP FROM VIBRIO HARVEYI COMPLEXED WITH AUTOINDUCER-2
要素LUXP PROTEIN
キーワードSIGNALING PROTEIN / PROTEIN-LIGAND COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


outer membrane-bounded periplasmic space / carbohydrate binding
類似検索 - 分子機能
Periplasmic binding protein / Periplasmic binding protein domain / Response regulator / Periplasmic binding protein-like I / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-AI2 / Autoinducer 2-binding periplasmic protein LuxP
類似検索 - 構成要素
生物種Vibrio harveyi (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Chen, X. / Schauder, S. / Potier, N. / Van Dorsselaer, A. / Pelczer, I. / BassleR, B.L. / Hughson, F.M.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2002
タイトル: Structural identification of a bacterial quorum-sensing signal containing boron.
著者: Chen, X. / Schauder, S. / Potier, N. / Van Dorsselaer, A. / Pelczer, I. / Bassler, B.L. / Hughson, F.M.
履歴
登録2001年9月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年2月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: LUXP PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,2993
ポリマ－39,0661
非ポリマー2332
水5,981332
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)44.268, 77.467, 52.008
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 96.37, 90.00
Int Tables number4
Cell settingmonoclinic
Space group name H-MP1211
詳細PROBABLY MONOMER

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要素

#1: タンパク質 LUXP PROTEIN


分子量: 39065.734 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio harveyi (バクテリア) / 遺伝子: LUXP / プラスミド: PGEX4T / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P54300
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-AI2 / 3A-METHYL-5,6-DIHYDRO-FURO[2,3-D][1,3,2]DIOXABOROLE-2,2,6,6A-TETRAOL / (2S,3R,4S)-2-METHYL-3,4-DIHYDROXY-OXOLAN-2,3-DIOXY-BORATE / (3S)-3α,3aα,5,5-テトラヒドロキシ-6aα-メチル-2,3,3a,6a-テトラヒドロ-1,4,6-トリオ(以下略)


分子量: 192.940 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H10BO7
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 332 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.76 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: PEG 4000, GLYCEROL, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP at 298K
結晶化
*PLUS
手法: unknown
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
18 mg/mlLuxP11
20.1 MTris-HCl11pH8.5
315 %PEG400011
418 %(v/v)glycerol11

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X12C / 波長: 1.072 Å
検出器タイプ: BRANDEIS / 検出器: CCD / 日付: 2001年4月14日
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.072 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.45→25 Å / Num. all: 61620 / Num. obs: 61620 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Biso Wilson estimate: 20.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.04 / Rsym value: 0.036 / Net I/σ(I): 42
反射 シェル解像度: 1.45→1.5 Å / Rmerge(I) obs: 0.297 / Mean I/σ(I) obs: 3.6 / Num. unique all: 6131 / Rsym value: 0.297 / % possible all: 100
反射
*PLUS
% possible obs: 100 % / 冗長度: 5.5 % / Rmerge(I) obs: 0.035
反射 シェル
*PLUS
Rmerge(I) obs: 0.25

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MLPHARE位相決定
CNS1精密化
MARMADデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 1.5→24.58 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high absF: 542802.82 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.239 4196 8.1 %RANDOM
Rwork0.214 ---
all0.216 55782 --
obs0.214 51487 92.3 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 55.4898 Å2 / ksol: 0.358532 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 25.3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.56 Å20 Å20.73 Å2
2---2.23 Å20 Å2
3---5.79 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.23 Å0.2 Å
Luzzati d res low-25 Å
Luzzati sigma a0.19 Å0.16 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→24.58 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2727 0 14 332 3073
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d21.8
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.75
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it3.085
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it3.617
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it4.496
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it5.918
LS精密化 シェル解像度: 1.5→1.55 Å / Rfactor Rfree error: 0.017 / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.317 359 8.3 %
Rwork0.274 3945 -
obs-3945 77.7 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION3AI2.PARAMAI2.TOP
X-RAY DIFFRACTION4ION.PARAMION.TOP
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最低解像度: 25 Å / Num. reflection obs: 53816 / σ(F): 1 / % reflection Rfree: 8.1 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 25.3 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg21.8
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.75
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it3.085
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it4.496
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it3.617
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it5.918
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.317 / % reflection Rfree: 8.3 % / Rfactor Rwork: 0.274 / Rfactor obs: 0.274

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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