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- PDB-1jwl: Structure of the Dimeric lac Repressor/Operator O1/ONPF Complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1jwl
タイトルStructure of the Dimeric lac Repressor/Operator O1/ONPF Complex
要素
  • 5'-D(*AP*GP*AP*AP*T*TP*GP*TP*GP*AP*GP*CP*GP*GP*AP*TP*AP*AP*CP*AP*AP*TP*T)-3'
  • 5'-D(*TP*AP*AP*TP*TP*GP*TP*TP*AP*TP*CP*CP*GP*CP*TP*CP*AP*CP*AP*AP*TP*TP*C)-3'
  • Lactose Operon Repressor
キーワードTRANSCRIPTION/DNA / Lac Repressor / Gene Regulation / DNA-Bending / TRANSCRIPTION-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA-binding transcription repressor activity / cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription / regulation of DNA-templated transcription / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
LacI-type HTH domain signature. / Transcriptional regulator LacI/GalR-like, sensor domain / Periplasmic binding protein-like domain / LacI-type HTH domain / Bacterial regulatory proteins, lacI family / LacI-type HTH domain profile. / helix_turn _helix lactose operon repressor / lambda repressor-like DNA-binding domains / 434 Repressor (Amino-terminal Domain) / Lambda repressor-like, DNA-binding domain superfamily ...LacI-type HTH domain signature. / Transcriptional regulator LacI/GalR-like, sensor domain / Periplasmic binding protein-like domain / LacI-type HTH domain / Bacterial regulatory proteins, lacI family / LacI-type HTH domain profile. / helix_turn _helix lactose operon repressor / lambda repressor-like DNA-binding domains / 434 Repressor (Amino-terminal Domain) / Lambda repressor-like, DNA-binding domain superfamily / Response regulator / Periplasmic binding protein-like I / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2-nitrophenyl beta-D-fucopyranoside / DNA / DNA (> 10) / Lactose operon repressor
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 4 Å
データ登録者Bell, C.E. / Lewis, M.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2001
タイトル: Crystallographic analysis of Lac repressor bound to natural operator O1.
著者: Bell, C.E. / Lewis, M.
履歴
登録2001年9月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年10月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _database_PDB_caveat.text / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年8月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
Remark 300 BIOMOLECULE: 1, 2 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 5 ... BIOMOLECULE: 1, 2 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 5 CHAIN(S). BIOMOLECULE 1 IS COMPLETE BUT BIOMOLECULE 2 IS INCOMPLETE. BIOMOLECULE 2 DOES NOT CONTAIN THE DNA CHAINS BECAUSE THEY ARE DISORDERED. SEE REMARK 350 FOR INFORMATION ON GENERATING THE BIOLOGICAL MOLECULE(S).

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
D: 5'-D(*AP*GP*AP*AP*T*TP*GP*TP*GP*AP*GP*CP*GP*GP*AP*TP*AP*AP*CP*AP*AP*TP*T)-3'
E: 5'-D(*TP*AP*AP*TP*TP*GP*TP*TP*AP*TP*CP*CP*GP*CP*TP*CP*AP*CP*AP*AP*TP*TP*C)-3'
A: Lactose Operon Repressor
B: Lactose Operon Repressor
C: Lactose Operon Repressor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)122,2448
ポリマ－121,3895
非ポリマー8563
水00
1
D: 5'-D(*AP*GP*AP*AP*T*TP*GP*TP*GP*AP*GP*CP*GP*GP*AP*TP*AP*AP*CP*AP*AP*TP*T)-3'
E: 5'-D(*TP*AP*AP*TP*TP*GP*TP*TP*AP*TP*CP*CP*GP*CP*TP*CP*AP*CP*AP*AP*TP*TP*C)-3'
A: Lactose Operon Repressor
B: Lactose Operon Repressor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,2026
ポリマ－85,6324
非ポリマー5712
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Lactose Operon Repressor
ヘテロ分子

C: Lactose Operon Repressor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,0844
ポリマ－71,5142
非ポリマー5712
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation17_555x-y+1/3,-y+2/3,-z+2/31
単位格子
Length a, b, c (Å)255.771, 255.771, 206.795
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32

-
要素

#1: DNA鎖 5'-D(*AP*GP*AP*AP*T*TP*GP*TP*GP*AP*GP*CP*GP*GP*AP*TP*AP*AP*CP*AP*AP*TP*T)-3'


分子量: 7152.660 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: O1 top strand
#2: DNA鎖 5'-D(*TP*AP*AP*TP*TP*GP*TP*TP*AP*TP*CP*CP*GP*CP*TP*CP*AP*CP*AP*AP*TP*TP*C)-3'


分子量: 6965.521 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: O1 bottom strand
#3: タンパク質 Lactose Operon Repressor


分子量: 35756.797 Da / 分子数: 3 / Fragment: C-terminal deletion mutant / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: LacI / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P03023
#4: 糖 ChemComp-NPF / 2-nitrophenyl beta-D-fucopyranoside / ORTHONITROPHENYL-BETA-D-FUCOPYRANOSIDE / 2-nitrophenyl 6-deoxy-beta-D-galactopyranoside / 2-nitrophenyl beta-D-fucoside / 2-nitrophenyl D-fucoside / 2-nitrophenyl fucoside


タイプ: D-saccharide / 分子量: 285.250 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H15NO7
識別子タイププログラム
orthonitrophenyl-b-D-fucopyranosideIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 77.06 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: ammonium sulfate, PEG400, HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1ammonium sulfate11
2PEG40011
3HEPES11
結晶化
*PLUS
温度: 22 ℃ / 手法: unknown
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
110 mg/mlprotein1
21.8 Mammonium sulfate12
38.2 %(w/v)PEG40012
40.1 MHEPES12

-
データ収集

回折平均測定温度: 295 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE
放射モノクロメーター: Osmic Mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 4→16 Å / Num. all: 68073 / Num. obs: 20847 / % possible obs: 96.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -2 / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 45 Å2 / Rsym value: 0.111 / Net I/σ(I): 7.9
反射 シェル最高解像度: 4 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Rsym value: 0.277 / % possible all: 93.9
反射
*PLUS
Num. measured all: 68073 / Rmerge(I) obs: 0.111
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 93.9 % / Rmerge(I) obs: 0.277

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
AMoRE位相決定
CNS1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1EFA

1efa


解像度: 4→9.99 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Data cutoff high absF: 128004.13 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.261 1953 9.9 %RANDOM
Rwork0.249 ---
obs0.249 19784 96.1 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 64.8743 Å2 / ksol: 0.361311 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 67.7 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.16 Å212.83 Å20 Å2
2---0.16 Å20 Å2
3---0.32 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.47 Å0.44 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.55 Å0.61 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 4→9.99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6641 571 60 0 7272
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.6
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23.5
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.54
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.281.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.322
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.372
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.342.5
LS精密化 シェル解像度: 4→4.23 Å / Rfactor Rfree error: 0.016 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.291 325 10.1 %
Rwork0.272 2886 -
obs--94.2 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2DNA-RNA_REP.PARAMDNA-RNA.TOP
X-RAY DIFFRACTION3PARAM.ONPFTOP.ONPF
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
σ(F): 0 / % reflection Rfree: 9.9 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 67.7 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.6
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg23.5
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg1.54
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.5
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.291 / % reflection Rfree: 10.1 % / Rfactor Rwork: 0.272

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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