PDB-1jw2: SOLUTION STRUCTURE OF HEMOLYSIN EXPRESSION MODULATING PROTEIN Hha...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1jw2

タイトル

SOLUTION STRUCTURE OF HEMOLYSIN EXPRESSION MODULATING PROTEIN Hha FROM ESCHERICHIA COLI. Ontario Centre for Structural Proteomics target EC0308_1_72; Northeast Structural Genomics Target ET88

要素

HEMOLYSIN EXPRESSION MODULATING PROTEIN Hha

キーワード

GENE REGULATION / Hha / HEMOLYSIN EXPRESSION MODULATING PROTEIN / Structural Genomics / Protein Structure Initiative / OCSP / NESG / PSI / Northeast Structural Genomics Consortium

機能・相同性

機能・相同性情報

H-NS-Hha complex / regulation of gene expression / transcription regulator complex / regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

溶液NMR / distance geometry simulated annealing

データ登録者

Chang, X. / Yee, A. / Savchenko, A. / Edwards, A.M. / Arrowsmith, C.H. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2002
タイトル: An NMR approach to structural proteomics
著者: Yee, A. / Chang, X. / Pineda-Lucena, A. / Wu, B. / Semesi, A. / Le, B. / Ramelot, T. / Lee, G.M. / Bhattacharyya, S. / Gutierrez, P. / Denisov, A. / Lee, C.H. / Cort, J.R. / Kozlov, G. / ...

履歴

登録	2001年9月2日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2002年2月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月27日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2022年2月23日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.4	2024年5月22日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1jw2.cif.gz	243.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1jw2.ent.gz	201 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1jw2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1jw2_validation.pdf.gz	341.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1jw2_full_validation.pdf.gz	417.9 KB	表示
XML形式データ	1jw2_validation.xml.gz	16.1 KB	表示
CIF形式データ	1jw2_validation.cif.gz	24.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jw/1jw2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jw/1jw2	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1jcuC 1jdqC 1je3C 1jrmC 1jw3C 1ryjC 1rykC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2fo3-d 1aba-d 2h3j-d 3gx8-d 6pqm-d 1haj-d 1wd2-d 3ikd-1 2kon-d 5wvy-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: ET88

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: HEMOLYSIN EXPRESSION MODULATING PROTEIN Hha

8.64 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	10 / 30	structures with the lowest energy
代表モデル	モデル #7	lowest energy

#1: タンパク質	HEMOLYSIN EXPRESSION MODULATING PROTEIN Hha 分子量: 8642.016 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / プラスミド: PET15B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0ACE3

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	3D 13C-separated NOESY
1	2	1	3D 15N-separated NOESY

-
試料調製

詳細	内容: 2mM Hha U-15N, 13C; / 溶媒系: 150 mM NACL, 25 mM PHOSPHATE, 10% D2O, PH 6.5
試料状態	イオン強度: 150 mM NACL / pH: 6.5 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K

-
NMR測定

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M

放射波長

相対比: 1

NMRスペクトロメーター

タイプ	製造業者	モデル	磁場強度 (MHz)	Spectrometer-ID
Varian	Varian	INOVA	600	1
Varian	Varian	INOVA	500	2

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
NMRPipe	2000.02.14	Delagio	解析
Sparky	3.95	Goddard	データ解析
CNS	1	Brunger	構造決定
CNS	1	Brunger	精密化

精密化

手法: distance geometry simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: the structures are based on a total of 1116 restraints, 968 are NOE-derived distance constraints, 96 dihedral angle restraints,52 distance restraints from hydrogen bonds.

代表構造

選択基準: lowest energy

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 30 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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関連情報:EMDBヘッダ

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