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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1jvq | |||||||||
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タイトル | Crystal structure at 2.6A of the ternary complex between antithrombin, a P14-P8 reactive loop peptide, and an exogenous tetrapeptide | |||||||||
要素 |
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キーワード | HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / loop-sheet polymer / beta-barrel / BLOOD CLOTTING / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 regulation of blood coagulation / Common Pathway of Fibrin Clot Formation / Intrinsic Pathway of Fibrin Clot Formation / Post-translational protein phosphorylation / serine-type endopeptidase inhibitor activity / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / blood coagulation / heparin binding / collagen-containing extracellular matrix / protease binding ...regulation of blood coagulation / Common Pathway of Fibrin Clot Formation / Intrinsic Pathway of Fibrin Clot Formation / Post-translational protein phosphorylation / serine-type endopeptidase inhibitor activity / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / blood coagulation / heparin binding / collagen-containing extracellular matrix / protease binding / blood microparticle / endoplasmic reticulum lumen / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å | |||||||||
データ登録者 | Zhou, A. / Huntington, J.A. / Lomas, D.A. / Carrell, R.W. / Stein, P.E. | |||||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2004 タイトル: How small peptides block and reverse serpin polymerisation 著者: Zhou, A. / Stein, P.E. / Huntington, J.A. / Sivasothy, P. / Lomas, D.A. / Carrell, R.W. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1jvq.cif.gz | 178.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1jvq.ent.gz | 142.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1jvq.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1jvq_validation.pdf.gz | 500.3 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1jvq_full_validation.pdf.gz | 537 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1jvq_validation.xml.gz | 35.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1jvq_validation.cif.gz | 47.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jv/1jvq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jv/1jvq | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 1br8S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質・ペプチド , 2種, 2分子 CD
#2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 661.660 Da / 分子数: 1 / Fragment: Human antithrombin P14-P8 peptide / 由来タイプ: 合成 詳細: This sequence occurs naturally in human antithrombin |
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#3: タンパク質・ペプチド | 分子量: 595.690 Da / 分子数: 1 / Fragment: Cholecystokinin peptide / 由来タイプ: 合成 / 詳細: This sequence occurs naturally in cholecystokinin |
-タンパク質 / 非ポリマー , 2種, 46分子 LI
#1: タンパク質 | 分子量: 49101.016 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: plasma / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 組織: blood / Tissue fraction: plasma / 参照: UniProt: P01008 #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-糖 , 2種, 9分子
#4: 糖 | ChemComp-NDG / #5: 糖 | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.8 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: PEG 3350, ammonium fluoride, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP at 298K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 6.8 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX14.1 / 波長: 1.488 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2001年3月3日 / 詳細: mirrors |
放射 | モノクロメーター: cooled liquid gallium / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.488 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.6→40.55 Å / Num. all: 34450 / Num. obs: 34380 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3.7 / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 58.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.103 / Rsym value: 0.088 / Net I/σ(I): 6.5 |
反射 シェル | 解像度: 2.6→2.74 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.648 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique all: 4946 / Rsym value: 0.557 / % possible all: 95.1 |
反射 | *PLUS 最低解像度: 40.6 Å |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 95.1 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: Human antithrombin binary complex, PDB ID 1BR8 解像度: 2.6→38.63 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Isotropic thermal model: Restrained / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: flat model / Bsol: 47.6314 Å2 / ksol: 0.331135 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 60.84 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.6→38.63 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.6→2.76 Å / Rfactor Rfree error: 0.028 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.6 Å / 最低解像度: 40.6 Å / Rfactor Rwork: 0.205 | |||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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