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- PDB-1jvk: THREE-DIMENSIONAL STRUCTURE OF AN IMMUNOGLOBULIN LIGHT CHAIN DIME... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1jvk
タイトルTHREE-DIMENSIONAL STRUCTURE OF AN IMMUNOGLOBULIN LIGHT CHAIN DIMER ACTING AS A LETHAL AMYLOID PRECURSOR
要素IMMUNOGLOBULIN LAMBDA LIGHT CHAIN
キーワードIMMUNE SYSTEM / Immunoglobulin light chain dimer / amyloidogenic
機能・相同性
機能・相同性情報


extracellular region
類似検索 - 分子機能
: / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set ...: / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Ig-like domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.94 Å
データ登録者Bourne, P.C. / Ramsland, P.A. / Shan, L. / Fan, Z.-C. / DeWitt, C.R. / Shultz, B.B. / Terzyan, S.S. / Edmundson, A.B.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2002
タイトル: Three-dimensional structure of an immunoglobulin light-chain dimer with amyloidogenic properties.
著者: Bourne, P.C. / Ramsland, P.A. / Shan, L. / Fan, Z.C. / DeWitt, C.R. / Shultz, B.B. / Terzyan, S.S. / Moomaw, C.R. / Slaughter, C.A. / Guddat, L.W. / Edmundson, A.B.
履歴
登録2001年8月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年5月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 2.02019年12月25日Group: Derived calculations / Polymer sequence
カテゴリ: entity_poly / pdbx_struct_mod_residue / struct_conn
Item: _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _pdbx_struct_mod_residue.parent_comp_id / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.12024年10月16日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: IMMUNOGLOBULIN LAMBDA LIGHT CHAIN
B: IMMUNOGLOBULIN LAMBDA LIGHT CHAIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,2182
ポリマ－45,2182
非ポリマー00
水4,522251
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3370 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area20000 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)48.280, 83.320, 112.591
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Cell settingorthorhombic
Space group name H-MP212121

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要素

#1: 抗体 IMMUNOGLOBULIN LAMBDA LIGHT CHAIN / IG A L / IMMUNOGLOBULIN LAMBDA-CHAIN / IG A1 BUR


分子量: 22608.980 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q6PJG0
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 251 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.85 %

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2000年5月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.94→19.8 Å / Num. all: 32131 / % possible obs: 98.1 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4 % / Biso Wilson estimate: 30.46 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 29.6
反射 シェル解像度: 1.94→2.01 Å / Rmerge(I) obs: 0.319 / Mean I/σ(I) obs: 3.78 / % possible all: 89.1
反射
*PLUS
最低解像度: 30 Å / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.043
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 89.1 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
REFMAC5精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.94→19.8 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.934 / SU B: 5.2 / SU ML: 0.1 / SU Rfree: 0.1 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.1 / ESU R Free: 0.1 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25409 1717 5.1 %RANDOM
Rwork0.22137 ---
all0.223 33848 --
obs0.22309 32131 100 %-
原子変位パラメータBiso mean: 30.188 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.86 Å20 Å20 Å2
2---0.15 Å20 Å2
3---1.01 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.94→19.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3167 0 0 251 3418
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.0203245
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d1.9421.94430
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.1160.2508
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.00803629
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr0.00803629
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord0.2460.3630
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd0.2460.3630
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd0.20.5371
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it1.2781.52149
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it2.25423475
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it2.89431096
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it4.434.5955
LS精密化 シェル最高解像度: 1.94 Å / Rfactor Rfree: 0.326 / Rfactor Rwork: 0.276 / Total num. of bins used: 20
精密化
*PLUS
% reflection Rfree: 5 % / Rfactor obs: 0.223 / Rfactor Rfree: 0.254 / Rfactor Rwork: 0.223
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg1.731.9

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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