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- PDB-1juj: Human Thymidylate Synthase Bound to dUMP and LY231514, a Pyrrolo(... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1juj
タイトルHuman Thymidylate Synthase Bound to dUMP and LY231514, a Pyrrolo(2,3-d)pyrimidine-based Antifolate
要素THYMIDYLATE SYNTHASE
キーワードTRANSFERASE / cancer / dTMP synthesis / antifolate / drug resistance
機能・相同性
機能・相同性情報


uracil metabolic process / response to organophosphorus / intestinal epithelial cell maturation / response to folic acid / Interconversion of nucleotide di- and triphosphates / thymidylate synthase / response to vitamin A / sequence-specific mRNA binding / cartilage development / tetrahydrofolate interconversion ...uracil metabolic process / response to organophosphorus / intestinal epithelial cell maturation / response to folic acid / Interconversion of nucleotide di- and triphosphates / thymidylate synthase / response to vitamin A / sequence-specific mRNA binding / cartilage development / tetrahydrofolate interconversion / thymidylate synthase activity / folic acid binding / dTMP biosynthetic process / dTTP biosynthetic process / DNA biosynthetic process / G1/S-Specific Transcription / developmental growth / response to glucocorticoid / mRNA regulatory element binding translation repressor activity / response to cytokine / response to progesterone / liver regeneration / response to toxic substance / circadian rhythm / methylation / response to ethanol / mitochondrial inner membrane / negative regulation of translation / mitochondrial matrix / response to xenobiotic stimulus / protein homodimerization activity / mitochondrion / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Thymidylate Synthase; Chain A / Thymidylate synthase/dCMP hydroxymethylase domain / Thymidylate synthase/dCMP hydroxymethylase / Thymidylate synthase, active site / Thymidylate synthase active site. / Thymidylate synthase / Thymidylate synthase/dCMP hydroxymethylase domain / Thymidylate synthase/dCMP hydroxymethylase superfamily / Thymidylate synthase / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-LYA / 2'-DEOXYURIDINE 5'-MONOPHOSPHATE / Thymidylate synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 多重同系置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Sayre, P.H. / Finer-Moore, J.S. / Fritz, T.A. / Biermann, D. / Gates, S.B. / MacKellar, W.C. / Patel, V.F. / Stroud, R.M.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2001
タイトル: Multi-targeted antifolates aimed at avoiding drug resistance form covalent closed inhibitory complexes with human and Escherichia coli thymidylate synthases.
著者: Sayre, P.H. / Finer-Moore, J.S. / Fritz, T.A. / Biermann, D. / Gates, S.B. / MacKellar, W.C. / Patel, V.F. / Stroud, R.M.
#1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1995
タイトル: Crystal Structure of Human Thymidylate Synthase: A Structural Mechanism for Guiding Substrates into the Active Site
著者: Schiffer, C.A. / Clifton, I.J. / Davisson, V.J. / Santi, D.V. / Stroud, R.M.
履歴
登録2001年8月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年9月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年10月27日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年4月3日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
Remark 295NON-CRYSTALLOGRAPHIC SYMMETRY THE TRANSFORMATIONS PRESENTED ON THE MTRIX RECORDS BELOW DESCRIBE NON- ...NON-CRYSTALLOGRAPHIC SYMMETRY THE TRANSFORMATIONS PRESENTED ON THE MTRIX RECORDS BELOW DESCRIBE NON-CRYSTALLOGRAPHIC RELATIONSHIPS AMONG ATOMS IN THIS ENTRY. APPLYING THE APPROPRIATE MTRIX TRANSFORMATION TO THE RESIDUES LISTED FIRST WILL YIELD APPROXIMATE COORDINATES FOR THE RESIDUES LISTED SECOND. CHAIN IDENTIFIERS GIVEN AS "?" REFER TO CHAINS FOR WHICH ATOMS ARE NOT FOUND IN THIS ENTRY. APPLIED TO TRANSFORMED TO TRANSFORM CHAIN RESIDUES CHAIN RESIDUES RMSD SSS M 1 A 28 .. 313 B 28 .. 313 M 2 A 28 .. 313 C 28 .. 313 M 3 A 28 .. 313 D 28 .. 313 WHERE SSS -> COLUMNS 8-10 OF MTRIX RECORDS REMARK: THE AUTHORS RESTRAINED SUBUNIT B, C, AND D AGAINST SUBUNIT A, USING A WEIGHT OF 200 KCAL/MOL-A, AND SIGB OF 2 A2.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: THYMIDYLATE SYNTHASE
B: THYMIDYLATE SYNTHASE
C: THYMIDYLATE SYNTHASE
D: THYMIDYLATE SYNTHASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)145,88212
ポリマ－142,9394
非ポリマー2,9428
水00
1
A: THYMIDYLATE SYNTHASE
B: THYMIDYLATE SYNTHASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,9416
ポリマ－71,4702
非ポリマー1,4714
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7410 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area22050 Å2
手法PISA
2
C: THYMIDYLATE SYNTHASE
D: THYMIDYLATE SYNTHASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,9416
ポリマ－71,4702
非ポリマー1,4714
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7400 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area22130 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)138.140, 98.140, 111.970
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 110.70, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.04364, 0.52546, -0.8497), (0.53532, -0.7058, -0.46397), (-0.84352, -0.47511, -0.25049)-22.64756, -91.22199, -82.72397
2given(-0.99996, 0.00926, -0.0006), (0.00927, 0.99993, -0.00771), (0.00053, -0.00771, -0.99997)-48.72274, 4.78975, -52.76192
3given(0.04749, -0.53294, 0.84482), (0.54116, -0.69717, -0.47021), (0.83958, 0.47951, 0.2553)-27.02831, -85.96681, 30.66597
詳細The biological dimer is generated from the coordinates with the following noncrystallographic symmetry rotation matrix and translation vector: {* real-space rotation matrix *} {===>} ncs_matrix_2=( -0.04364 0.52546 -0.84970 ) ( 0.53532 -0.70580 -0.46397 ) ( -0.84352 -0.47511 -0.25049 ); {* real-space translation vector *} {===>} ncs_vector_2=(-22.64756 -91.22199 -82.72397); A second dimer in the asymmetric unit is generated by the following NCS symmetry operations: {* real-space rotation matrix *} {===>} ncs_matrix_3=( -0.99996 0.00926 -0.00060 ) ( 0.00927 0.99993 -0.00771 ) ( 0.00053 -0.00771 -0.99997 ); {* real-space translation vector *} {===>} ncs_vector_3=(-48.72274 4.78975 -52.76192); and {* real-space rotation matrix *} {===>} ncs_matrix_4=( 0.04749 -0.53294 0.84482 ) ( 0.54116 -0.69717 -0.47021 ) ( 0.83958 0.47951 0.25530 ); {* real-space translation vector *} {===>} ncs_vector_4=(-27.02831 -85.96681 30.66597);

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要素

#1: タンパク質
THYMIDYLATE SYNTHASE / TS


分子量: 35734.859 Da / 分子数: 4 / 変異: R46E / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pGCHTS-TAA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DH5a / 参照: UniProt: P04818, thymidylate synthase
#2: 化合物
ChemComp-UMP / 2'-DEOXYURIDINE 5'-MONOPHOSPHATE / DUMP / dUMP


分子量: 308.182 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H13N2O8P
#3: 化合物
ChemComp-LYA / 2-{4-[2-(2-AMINO-4-OXO-4,7-DIHYDRO-3H-PYRROLO[2,3-D]PYRIMIDIN-5-YL)-ETHYL]-BENZOYLAMINO}-PENTANEDIOIC ACID / LY231514 / ペメトレキセド


分子量: 427.411 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H21N5O6 / コメント: 薬剤, 化学療法薬*YM

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.47 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: PEG-monomethyl ether 5000, sodium cacodylate, ammonium sulfate, KCL, TRIS, EDTA, DTT, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296K
結晶化
*PLUS
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
15-10 mg/mlprotein1drop
230 %(w/v)PEG5000 MME1reservoir
30.1 Msodium cacodylate1reservoirpH6.5
40.2 Mammonium sulfate1reservoir
50.5 M1reservoirKCl

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データ収集

回折平均測定温度: 296 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.54178 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS II / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年7月1日
放射モノクロメーター: graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54178 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→40 Å / Num. all: 23396 / Num. obs: 23396 / % possible obs: 84 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.1 % / Rmerge(I) obs: 0.145 / Net I/σ(I): 5.8
反射 シェル解像度: 3→3.09 Å / Rmerge(I) obs: 0.43 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / % possible all: 78
反射
*PLUS
最高解像度: 3 Å / 最低解像度: 40 Å / % possible obs: 84 % / Num. measured all: 50715
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 78 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 多重同系置換
開始モデル: thymidylate synthase from Leishmania major

解像度: 3→37.96 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Data cutoff high absF: 131081.01 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh and Huber
詳細: The asymmetric unit contains four monomers and these were refined using strict noncrystallographic symmetry constraints. The strict noncrystallographic symmetry was broken at the interface ...詳細: The asymmetric unit contains four monomers and these were refined using strict noncrystallographic symmetry constraints. The strict noncrystallographic symmetry was broken at the interface between the two dimers and Arg42 at this interface in chains B and D had to be rebuilt at the end of refinement. Residues 1-27, as well as the sidechain of Arg147 are disordered in each monomer and are omitted from the structure.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.311 2221 9.9 %RANDOM
Rwork0.268 ---
obs0.273 22378 79.5 %-
all-22378 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 30.2028 Å2 / ksol: 0.273945 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 25.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.77 Å20 Å20.36 Å2
2---1.1 Å20 Å2
3---3.87 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.58 Å0.49 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.95 Å0.85 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→37.96 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9208 0 204 0 9412
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.5
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23.6
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.86
LS精密化 シェル解像度: 3→3.19 Å / Rfactor Rfree error: 0.027 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.482 328 10.1 %
Rwork0.431 2926 -
obs--70.1 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION3LY231514.PARLY231514.TOP
X-RAY DIFFRACTION4PARAMED.LIGTOPO_COVALENT.DUMP
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
σ(F): 0 / % reflection Rfree: 9.9 % / Rfactor all: 0.273 / Rfactor obs: 0.268
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 25.2 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.5
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg23.6
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.86
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.482 / % reflection Rfree: 10.1 % / Rfactor Rwork: 0.431

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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