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万見
- PDB-1ju9: HORSE LIVER ALCOHOL DEHYDROGENASE VAL292SER MUTANT -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ju9
タイトルHORSE LIVER ALCOHOL DEHYDROGENASE VAL292SER MUTANT
要素ALCOHOL DEHYDROGENASE
キーワードOXIDOREDUCTASE / DEHYDROGENASE / ALCOHOL / NICOTINAMIDE COENZYME / MUTANT
機能・相同性
機能・相同性情報


all-trans-retinol dehydrogenase (NAD+) activity / alcohol dehydrogenase / retinoic acid metabolic process / retinol metabolic process / zinc ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Alcohol dehydrogenase, zinc-type, conserved site / Zinc-containing alcohol dehydrogenases signature. / Quinone Oxidoreductase; Chain A, domain 1 / Medium-chain alcohol dehydrogenases, catalytic domain / Alcohol dehydrogenase-like, C-terminal / Zinc-binding dehydrogenase / Alcohol dehydrogenase, N-terminal / Alcohol dehydrogenase GroES-like domain / Polyketide synthase, enoylreductase domain / Enoylreductase ...Alcohol dehydrogenase, zinc-type, conserved site / Zinc-containing alcohol dehydrogenases signature. / Quinone Oxidoreductase; Chain A, domain 1 / Medium-chain alcohol dehydrogenases, catalytic domain / Alcohol dehydrogenase-like, C-terminal / Zinc-binding dehydrogenase / Alcohol dehydrogenase, N-terminal / Alcohol dehydrogenase GroES-like domain / Polyketide synthase, enoylreductase domain / Enoylreductase / GroES-like superfamily / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / Alcohol dehydrogenase E chain
類似検索 - 構成要素
生物種Equus caballus (ウマ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Rubach, J.K. / Ramaswamy, S. / Plapp, B.V.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 2001
タイトル: Contributions of valine-292 in the nicotinamide binding site of liver alcohol dehydrogenase and dynamics to catalysis.
著者: Rubach, J.K. / Ramaswamy, S. / Plapp, B.V.
#1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1999
タイトル: SUBSTITUTIONS IN THE FLEXIBLE LOOP OF HORSE LIVER ALCOHOL DEHYDROGENASE HINDER THE CONFORMATIONAL CHANGE AND UNMASK HYDROGEN TRANSFER
著者: Ramaswamy, S. / Park, D.H. / Plapp, B.V.
#2: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1982
タイトル: Binding of Substrate in a Ternary Complex of Horse Liver Alcohol Dehydrogenase
著者: Eklund, H. / Plapp, B.V. / Samama, J.-P. / Branden, C.-I.
#3: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1981
タイトル: Structure of a Triclinic Ternary Complex of Horse Liver Alcohol Dehydrogenase at 2.9 Angstroms Resolution
著者: Eklund, H. / Samama, J.-P. / Wallen, L. / Branden, C.-I. / Akeson, A. / A Jones, T.
#4: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1976
タイトル: Three-Dimensional Structure of Horse Liver Alcohol Dehydrogenase at 2.4 Angstroms Resolution
著者: Eklund, H. / Nordstrom, B. / Zeppezauer, E. / Soderlund, G. / Ohlsson, I. / Boiwe, T. / Soderberg, B.-O. / Tapia, O. / Branden, C.-I. / Akeson, A.
履歴
登録2001年8月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年9月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年10月27日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年8月16日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
Remark 11THE RECOMBINANT ENZYME WAS CRYSTALLIZED IN HANGING DROPS CONTAINING 50 MM AMMMONIUM ...THE RECOMBINANT ENZYME WAS CRYSTALLIZED IN HANGING DROPS CONTAINING 50 MM AMMMONIUM N[TRIS(HYDROXYMETHYL)METHYL]- AMINOMETHANESULFONATE BUFFER, PH 7.0, AT 5 DEG C, WITH 10.6 MM NAD+ AND 20 MM 2,3,4,5,6-PENTAFLUOROBENZYL ALCOHOL AND 9% MPD OVER A RESERVOIR WITH 18 % MPD. HOWEVER, ONLY THE ADP PORTION OF NAD+ WAS VISIBLE IN THE ELECTRON DENSITY MAPS. THE COORDINATES ONLY INCLUDE THE ADP.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ALCOHOL DEHYDROGENASE
B: ALCOHOL DEHYDROGENASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,2718
ポリマ－79,6822
非ポリマー1,5886
水2,954164
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5140 Å2
ΔGint-104 kcal/mol
Surface area27660 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)46.271, 180.398, 46.176
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 106.65, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 ALCOHOL DEHYDROGENASE / ADH / ALCOHOL DEHYDROGENASE E CHAIN


分子量: 39841.223 Da / 分子数: 2 / 変異: V292S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Equus caballus (ウマ) / 細胞内の位置: CYTOPLASM / 遺伝子: M64864 / 器官: LIVER / プラスミド: pBPP / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): XL1-Blue / 参照: UniProt: P00327, alcohol dehydrogenase
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / コメント: NAD*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 164 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.89 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: MPD, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
結晶化
*PLUS
温度: 5 ℃
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
110 mg/mlenzyme1drop
250 mMammonium N-[tris(hydroxymethyl)methyl]-2-aminoethanesulfonate buffer1droppH7.0
39 %MES1drop
410.6 mMNAD+1drop
520 mM2,3,4,5,6-pentafluorobenzyl alohol1drop
618 %MPD1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2000年9月18日 / 詳細: CONFOCAL
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→28.63 Å / Num. all: 41422 / Num. obs: 41422 / % possible obs: 90.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 26.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.037 / Rsym value: 0.037 / Net I/σ(I): 11.4
反射 シェル解像度: 2.01→2.07 Å / 冗長度: 1.6 % / Rmerge(I) obs: 0.065 / Mean I/σ(I) obs: 8.9 / Rsym value: 0.065 / % possible all: 100
反射
*PLUS
最低解像度: 20 Å / Num. obs: 41073 / % possible obs: 90.8 % / Num. measured all: 82843
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 84.9 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
AMoRE位相決定
REFMAC5精密化
CrystalClear(MSC/RIGAKU)データ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1HLD

1hld


解像度: 2→20 Å / SU B: 5.07 / SU ML: 0.143 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.25 / ESU R Free: 0.19 / 立体化学のターゲット値: refmac 5.0 mon_lib
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23158 1252 3.1 %RANDOM
Rwork0.19563 ---
all0.1956 41422 --
obs0.19673 41073 90.8 %-
原子変位パラメータBiso mean: 28.007 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.32 Å20 Å2-0.04 Å2
2---2.4 Å20 Å2
3---1.06 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5566 0 58 164 5788
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.0120.0225728
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg1.5261.9817754
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it0.7351.53702
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it1.3325986
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it2.29532026
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it3.7994.51768
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr0.0050.024156
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.1020.2902
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd4.0443746
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd16.399151042
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd0.1380.5553
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor
LS精密化 シェル解像度: 2→2.051 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.278 72
Rwork0.228 2225
ソフトウェア
*PLUS
名称: REFMAC / バージョン: 5 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
σ(F): 0 / % reflection Rfree: 1.5 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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