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万見
- PDB-1jtv: Crystal structure of 17beta-Hydroxysteroid Dehydrogenase Type 1 c... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1jtv
タイトルCrystal structure of 17beta-Hydroxysteroid Dehydrogenase Type 1 complexed with Testosterone
要素17 beta-hydroxysteroid dehydrogenase type 1
キーワードOXIDOREDUCTASE / steroid hormones / alternative binding mode
機能・相同性
機能・相同性情報


17-beta-hydroxysteroid dehydrogenase (NADP+) activity / 3(or 17)beta-hydroxysteroid dehydrogenase / cellular response to metal ion / estrogen biosynthetic process / estradiol binding / Estrogen biosynthesis / testosterone dehydrogenase (NADP+) activity / testosterone biosynthetic process / : / testosterone dehydrogenase (NAD+) activity ...17-beta-hydroxysteroid dehydrogenase (NADP+) activity / 3(or 17)beta-hydroxysteroid dehydrogenase / cellular response to metal ion / estrogen biosynthetic process / estradiol binding / Estrogen biosynthesis / testosterone dehydrogenase (NADP+) activity / testosterone biosynthetic process / : / testosterone dehydrogenase (NAD+) activity / 17beta-estradiol 17-dehydrogenase / estradiol 17-beta-dehydrogenase [NAD(P)+] activity / steroid biosynthetic process / NADP+ binding / estrogen metabolic process / lysosome organization / small molecule binding / The canonical retinoid cycle in rods (twilight vision) / catalytic activity / adipose tissue development / skeletal muscle tissue development / steroid binding / bone development / NADP binding / gene expression / protein homodimerization activity / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
17beta-dehydrogenase / short chain dehydrogenase / Short-chain dehydrogenase/reductase, conserved site / Short-chain dehydrogenases/reductases family signature. / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
TESTOSTERONE / 17-beta-hydroxysteroid dehydrogenase type 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.54 Å
データ登録者Shi, R. / Nahoum, V. / Lin, S.X.
引用ジャーナル: FASEB J. / 年: 2003
タイトル: Pseudo-symmetry of C19 steroids, alternative binding orientations, and multispecificity in human estrogenic 17beta-hydroxysteroid dehydrogenase.
著者: Gangloff, A. / Shi, R. / Nahoum, V. / Lin, S.X.
履歴
登録2001年8月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年6月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32023年8月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 17 beta-hydroxysteroid dehydrogenase type 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,2683
ポリマ－34,8881
非ポリマー3812
水4,053225
1
A: 17 beta-hydroxysteroid dehydrogenase type 1
ヘテロ分子

A: 17 beta-hydroxysteroid dehydrogenase type 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,5376
ポリマ－69,7762
非ポリマー7614
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
Buried area7170 Å2
ΔGint-40 kcal/mol
Surface area21720 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)122.369, 43.944, 60.614
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 99.24, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
詳細The second part of the biological assembly is generated by the two fold crystallographic axis

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要素

#1: タンパク質 17 beta-hydroxysteroid dehydrogenase type 1 / 20 alpha-hydroxysteroid dehydrogenase


分子量: 34887.828 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 組織: placenta / 参照: UniProt: P14061, 17beta-estradiol 17-dehydrogenase
#2: 化合物 ChemComp-TES / TESTOSTERONE


分子量: 288.424 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H28O2
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 225 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.61 %
結晶化温度: 300 K / pH: 7.5
詳細: PEG 4000,magnesium chloride,beta-octylglucoside,glycerol,Hepes,soaking with testosterone, pH 7.5, temperature 300K
結晶化
*PLUS
温度: 27 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
117 mg/mlprotein1drop
240 mMTris1droppH7.5
31 mMEDTA1drop
40.2 mMdithiothreitol1drop
520 %glycerol1drop
60.06 %(w/v)beta-octylglucoside1drop
730 %PEG40001reservoir
80.16 M1reservoirMgCl2
9100 mMHEPES1reservoirpH7.5
1020 %glycerol1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X8C / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2000年6月28日 / 詳細: mirrors
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.54→40 Å / Num. all: 148865 / Num. obs: 46122 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.2 % / Biso Wilson estimate: 19.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.049 / Net I/σ(I): 19.1
反射 シェル解像度: 1.54→1.6 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.42 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique all: 4586 / % possible all: 99.4
反射
*PLUS
最低解像度: 40 Å / Num. measured all: 148865
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 99.4 % / Num. unique obs: 4586 / Num. measured obs: 13768 / Rmerge(I) obs: 0.42 / Mean I/σ(I) obs: 2

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC精密化
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: PDB ENTRY 1IOL

1iol


解像度: 1.54→13.9 Å / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(I): 1 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.208 2333 -RANDOM
Rwork0.196 ---
all-46084 --
obs-43751 95 %-
原子変位パラメータBiso mean: 26.4 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.54→13.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2124 0 27 225 2376
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d1.4
精密化
*PLUS
最低解像度: 40 Å
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
LS精密化 シェル
*PLUS
最高解像度: 1.54 Å / 最低解像度: 1.6 Å / Rfactor Rfree: 0.297 / Rfactor Rwork: 0.284

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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