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万見
- PDB-1jsy: Crystal structure of bovine arrestin-2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1jsy
タイトルCrystal structure of bovine arrestin-2
要素Bovine arrestin-2 (full length)
キーワードSIGNALING PROTEIN / Nonvisual arrestins / beta-arrestins / desensitization / endocytosis / down-regulation
機能・相同性
機能・相同性情報


MAP2K and MAPK activation / Activation of SMO / Golgi Associated Vesicle Biogenesis / Lysosome Vesicle Biogenesis / AP-2 adaptor complex binding / clathrin heavy chain binding / Ub-specific processing proteases / clathrin coat of coated pit / desensitization of G protein-coupled receptor signaling pathway / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis ...MAP2K and MAPK activation / Activation of SMO / Golgi Associated Vesicle Biogenesis / Lysosome Vesicle Biogenesis / AP-2 adaptor complex binding / clathrin heavy chain binding / Ub-specific processing proteases / clathrin coat of coated pit / desensitization of G protein-coupled receptor signaling pathway / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / inositol hexakisphosphate binding / Clathrin-mediated endocytosis / clathrin-dependent endocytosis / G protein-coupled receptor internalization / acetylcholine receptor binding / Thrombin signalling through proteinase activated receptors (PARs) / G alpha (s) signalling events / clathrin binding / negative regulation of Notch signaling pathway / pseudopodium / phosphatidylinositol-3,4,5-trisphosphate binding / positive regulation of receptor internalization / small molecule binding / visual perception / G protein-coupled receptor binding / receptor internalization / protein transport / cytoplasmic vesicle / ubiquitin-dependent protein catabolic process / molecular adaptor activity / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / positive regulation of protein phosphorylation / signal transduction / nucleus / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Immunoglobulin-like - #840 / Immunoglobulin-like - #640 / Arrestin, conserved site / Arrestins signature. / Arrestin / Arrestin, N-terminal / Arrestin-like, N-terminal / Arrestin C-terminal-like domain / Arrestin (or S-antigen), N-terminal domain / Arrestin (or S-antigen), C-terminal domain ...Immunoglobulin-like - #840 / Immunoglobulin-like - #640 / Arrestin, conserved site / Arrestins signature. / Arrestin / Arrestin, N-terminal / Arrestin-like, N-terminal / Arrestin C-terminal-like domain / Arrestin (or S-antigen), N-terminal domain / Arrestin (or S-antigen), C-terminal domain / Arrestin (or S-antigen), C-terminal domain / Arrestin-like, C-terminal / Immunoglobulin E-set / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Milano, S.K. / Pace, H.C. / Kim, Y.M. / Brenner, C. / Benovic, J.L.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2002
タイトル: Scaffolding functions of arrestin-2 revealed by crystal structure and mutagenesis.
著者: Milano, S.K. / Pace, H.C. / Kim, Y.M. / Brenner, C. / Benovic, J.L.
履歴
登録2001年8月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年3月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月16日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bovine arrestin-2 (full length)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,2021
ポリマ－47,2021
非ポリマー00
水1,36976
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)78.952, 78.952, 158.924
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質 Bovine arrestin-2 (full length)


分子量: 47201.691 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / プラスミド: pTrcHisB (without the His tag) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-lysS / 参照: UniProt: P17870
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 76 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 59 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.2
詳細: magnesium formate, polypropylene glycol 400, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
結晶
*PLUS
溶媒含有率: 59 %
結晶化
*PLUS
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
14.5 mg/mlprotein1drop
25 mMHEPES1droppH7.2
30.5 mMEDTA1drop
462.5 mM1dropNaCl
575 mMmagnesium formate1drop
620 %PEG4001drop
7150 mMmagnesium formate1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: F1 / 波長: 0.948 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2001年4月9日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Bent, triangular Si(111) (horizontal focusing)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.948 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→19 Å / Num. all: 13592 / Num. obs: 13476 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 19.1 % / Biso Wilson estimate: 70.4 Å2 / Rsym value: 7.4 / Net I/σ(I): 11.9
反射 シェル解像度: 2.9→3 Å / % possible all: 99.8
反射
*PLUS
最低解像度: 19 Å / % possible obs: 99.9 % / Rmerge(I) obs: 0.074
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 99.8 % / Rmerge(I) obs: 0.318

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
AMoRE位相決定
CNS1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1CF1; CHAIN B

1cf1


解像度: 2.9→19 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Data cutoff high rms absF: 341288.37 / Isotropic thermal model: Group / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.5 / 立体化学のターゲット値: Mlf
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.238 1320 10.2 %Random
Rwork0.23 ---
all0.23 13476 --
obs0.227 13136 97.4 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT / Bsol: 27.7387 Å2 / ksol: 0.290823 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 57.8 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.09 Å28.12 Å20 Å2
2---4.09 Å20 Å2
3---8.17 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.41 Å0.37 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.51 Å0.47 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→19 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2829 0 0 76 2905
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.011
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.6
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d26.7
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.14
LS精密化 シェル解像度: 2.9→3.08 Å / Rfactor Rfree error: 0.023 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.323 193 9.6 %
Rwork0.325 1821 -
obs-2014 93.4 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.paramwater.top
精密化
*PLUS
最低解像度: 19 Å / Num. reflection Rfree: 1314 / Rfactor all: 0.23 / Rfactor obs: 0.2298 / Rfactor Rfree: 0.2385 / Rfactor Rwork: 0.23
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.58
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg26.7
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg1.14
LS精密化 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.9 Å / Rfactor Rfree: 0.323 / Rfactor Rwork: 0.325

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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