+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1js9 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Brome Mosaic Virus | ||||||
要素 | Coat protein | ||||||
キーワード | VIRUS / PLANT VIRUS / CAPSID PROTEIN / COAT PROTEIN / BROMOVIRUSES / BMV / Icosahedral virus | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 T=3 icosahedral viral capsid / host cell endoplasmic reticulum / viral nucleocapsid / ribonucleoprotein complex / structural molecule activity / RNA binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Brome mosaic virus (ウイルス) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.4 Å | ||||||
データ登録者 | Lucas, R.W. / Larson, S.B. / McPherson, A. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2002 タイトル: The crystallographic structure of brome mosaic virus. 著者: Lucas, R.W. / Larson, S.B. / McPherson, A. #1: ジャーナル: Virology / 年: 2001 タイトル: Crystallization of Brome Mosaic Virus and T=1 Brome Mosaic Virus Particles Following a Structural Transition 著者: Lucas, R.W. / Kuznetsov, Y.G. / Larson, S.B. / McPherson, A. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1js9.cif.gz | 113.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb1js9.ent.gz | 86.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1js9.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1js9_validation.pdf.gz | 514.2 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 1js9_full_validation.pdf.gz | 585.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1js9_validation.xml.gz | 19.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1js9_validation.cif.gz | 27.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/js/1js9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/js/1js9 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 1cwpS S: 精密化の開始モデル |
---|---|
類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| x 60|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
2 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3 |
| x 5|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
4 |
| x 6|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
5 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
6 |
| x 20|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
単位格子 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: (ヘルマン・モーガン記号: 532 / シェーンフリース記号: I (正20面体型対称)) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper:
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 20411.525 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Brome mosaic virus (ウイルス) / 属: Bromovirus / 株: Dickson / 参照: UniProt: P03602 #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-P6G / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.837 Å3/Da / 溶媒含有率: 56 % | ||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
結晶化 | 温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.2 詳細: PEG 550, magnesium acetate, pH 5.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 296K | ||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 18 ℃ / 手法: 蒸気拡散法 | ||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
|
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1.15 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2000年9月28日 |
放射 | モノクロメーター: Double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.15 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.4→39.79 Å / Num. all: 203504 / Num. obs: 203504 / % possible obs: 86.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 12.1 % / Limit h max: 68 / Limit h min: -67 / Limit k max: 79 / Limit k min: -67 / Limit l max: 182 / Limit l min: 0 / Observed criterion F max: 100033.62 / Observed criterion F min: 0.32 / Rsym value: 0.17 / Net I/σ(I): 3.02 |
反射 シェル | 解像度: 3.4→3.46 Å / 冗長度: 1.34 % / Mean I/σ(I) obs: 0.58 / Num. unique all: 610 / % possible all: 55.4 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 3.4 Å / % possible obs: 86.4 % / Num. measured all: 2463817 / Rmerge(I) obs: 0.17 |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1CWP 解像度: 3.4→39.7 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / Isotropic thermal model: Restrained / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 4 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber 詳細: SIMULATED ANNEALING AND CONJUGATE GRADIENT MINIMIZATION
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 溶媒モデル: XPLOR bulk solvent model used / Bsol: 300 Å2 / ksol: 0.35 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 327.61 Å2 / Biso mean: 102.3 Å2 / Biso min: 0 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.4→39.7 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints NCS | NCS model details: Constraints for icosahedral symmetry and restraints for 8 beta strands between A, B, and C subunits Rms dev Biso : 1.48 Å2 / Rms dev position: 0.16 Å / Weight Biso : 1 / Weight position: 300 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Xplor file |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / バージョン: 3.851 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 4 Å / Rfactor obs: 0.237 / Rfactor Rfree: 0.251 / Rfactor Rwork: 0.237 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
|