+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 1js9 | ||||||
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Title | Brome Mosaic Virus | ||||||
Components | Coat protein | ||||||
Keywords | VIRUS / PLANT VIRUS / CAPSID PROTEIN / COAT PROTEIN / BROMOVIRUSES / BMV / Icosahedral virus | ||||||
Function / homology | Function and homology information T=3 icosahedral viral capsid / host cell endoplasmic reticulum / viral nucleocapsid / ribonucleoprotein complex / structural molecule activity / RNA binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Brome mosaic virus | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 3.4 Å | ||||||
Authors | Lucas, R.W. / Larson, S.B. / McPherson, A. | ||||||
Citation | Journal: J.Mol.Biol. / Year: 2002 Title: The crystallographic structure of brome mosaic virus. Authors: Lucas, R.W. / Larson, S.B. / McPherson, A. #1: Journal: Virology / Year: 2001 Title: Crystallization of Brome Mosaic Virus and T=1 Brome Mosaic Virus Particles Following a Structural Transition Authors: Lucas, R.W. / Kuznetsov, Y.G. / Larson, S.B. / McPherson, A. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 1js9.cif.gz | 113.7 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb1js9.ent.gz | 86.7 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 1js9.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 1js9_validation.pdf.gz | 514.2 KB | Display | wwPDB validaton report |
---|---|---|---|---|
Full document | 1js9_full_validation.pdf.gz | 585.8 KB | Display | |
Data in XML | 1js9_validation.xml.gz | 19.4 KB | Display | |
Data in CIF | 1js9_validation.cif.gz | 27.4 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/js/1js9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/js/1js9 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 1cwpS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
| x 60|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
2 |
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3 |
| x 5|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
4 |
| x 6|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
5 |
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6 |
| x 20|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Unit cell |
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Symmetry | Point symmetry: (Hermann–Mauguin notation: 532 / Schoenflies symbol: I (icosahedral)) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS oper:
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-Components
#1: Protein | Mass: 20411.525 Da / Num. of mol.: 3 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) Brome mosaic virus / Genus: Bromovirus / Strain: Dickson / References: UniProt: P03602 #2: Chemical | #3: Chemical | ChemComp-P6G / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.837 Å3/Da / Density % sol: 56 % | ||||||||||||||||||||||||
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Crystal grow | Temperature: 296 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 5.2 Details: PEG 550, magnesium acetate, pH 5.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 296K | ||||||||||||||||||||||||
Crystal grow | *PLUS Temperature: 18 ℃ / Method: vapor diffusion | ||||||||||||||||||||||||
Components of the solutions | *PLUS
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-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ALS / Beamline: 5.0.2 / Wavelength: 1.15 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 4 / Detector: CCD / Date: Sep 28, 2000 |
Radiation | Monochromator: Double crystal / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.15 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 3.4→39.79 Å / Num. all: 203504 / Num. obs: 203504 / % possible obs: 86.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 12.1 % / Limit h max: 68 / Limit h min: -67 / Limit k max: 79 / Limit k min: -67 / Limit l max: 182 / Limit l min: 0 / Observed criterion F max: 100033.62 / Observed criterion F min: 0.32 / Rsym value: 0.17 / Net I/σ(I): 3.02 |
Reflection shell | Resolution: 3.4→3.46 Å / Redundancy: 1.34 % / Mean I/σ(I) obs: 0.58 / Num. unique all: 610 / % possible all: 55.4 |
Reflection | *PLUS Highest resolution: 3.4 Å / % possible obs: 86.4 % / Num. measured all: 2463817 / Rmerge(I) obs: 0.17 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB ENTRY 1CWP Resolution: 3.4→39.7 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / Isotropic thermal model: Restrained / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 4 / Stereochemistry target values: Engh & Huber Details: SIMULATED ANNEALING AND CONJUGATE GRADIENT MINIMIZATION
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Solvent computation | Solvent model: XPLOR bulk solvent model used / Bsol: 300 Å2 / ksol: 0.35 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 327.61 Å2 / Biso mean: 102.3 Å2 / Biso min: 0 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze |
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.4→39.7 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS | NCS model details: Constraints for icosahedral symmetry and restraints for 8 beta strands between A, B, and C subunits Rms dev Biso : 1.48 Å2 / Rms dev position: 0.16 Å / Weight Biso : 1 / Weight position: 300 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10
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Xplor file |
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Software | *PLUS Name: X-PLOR / Version: 3.851 / Classification: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement | *PLUS Highest resolution: 4 Å / Rfactor obs: 0.237 / Rfactor Rfree: 0.251 / Rfactor Rwork: 0.237 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints | *PLUS
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