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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1jra | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of Erv2p | ||||||
![]() | ERV2 PROTEIN, MITOCHONDRIAL | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / FAD / sulfhydryl oxidase / helical bundle / CXXC | ||||||
機能・相同性 | ![]() flavin-dependent sulfhydryl oxidase activity / thiol oxidase / thiol oxidase activity / fungal-type vacuole / fungal-type vacuole membrane / flavin adenine dinucleotide binding / endoplasmic reticulum membrane / mitochondrion 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Gross, E. / Sevier, C.S. / Vala, A. / Kaiser, C.A. / Fass, D. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: A new FAD-binding fold and intersubunit disulfide shuttle in the thiol oxidase Erv2p. 著者: Gross, E. / Sevier, C.S. / Vala, A. / Kaiser, C.A. / Fass, D. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 108.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 84 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.8 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.8 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 27.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 33.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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詳細 | The biological assembly is a dimer. The asymmetric unit contains two dimers. |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 13524.354 Da / 分子数: 4 / 断片: protease-resistant domain / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: ERV2 / プラスミド: pAED4 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-FAD / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.44 % | ||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.2 詳細: PEG 8000, sodium cacodylate, magnesium chloride, pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K | ||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 120 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2000年11月21日 / 詳細: osmic mirrors |
放射 | モノクロメーター: Ni / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→20 Å / Num. all: 28911 / Num. obs: 28807 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.3 % / Biso Wilson estimate: 20.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.082 / Net I/σ(I): 15.1 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.461 / Mean I/σ(I) obs: 4.5 / Num. unique all: 2869 / % possible all: 98.3 |
反射 | *PLUS % possible obs: 99.8 % |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 98.3 % |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB entry 1JR8 prior to refinement 解像度: 2→20 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→20 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / 分類: refinement | |||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 2 Å / 最低解像度: 20 Å / Num. reflection obs: 26812 / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 7 % / Rfactor obs: 0.196 | |||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |