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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1jr0 | ||||||
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タイトル | CHOLERA TOXIN B-PENTAMER WITH LIGAND BMSC-0011 | ||||||
![]() | cholera toxin B subunit | ||||||
![]() | TOXIN / ENTEROTOXIN / RECEPTOR / B-PENTAMER | ||||||
機能・相同性 | ![]() host cell surface binding / galactose binding / catalytic complex / positive regulation of tyrosine phosphorylation of STAT protein / toxin activity / periplasmic space / host cell plasma membrane / extracellular region / membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Merritt, E.A. / Hol, W.G.J. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Anchor-based design of improved cholera toxin and E. coli heat-labile enterotoxin receptor binding antagonists that display multiple binding modes. 著者: Pickens, J.C. / Merritt, E.A. / Ahn, M. / Verlinde, C.L. / Hol, W.G. / Fan, E. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 247.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 201.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 11623.267 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-A24 / ( #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.93 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: PEG 3000, NaCl, MgCl2, Tris HCl, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 7.4 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: CUSTOM-MADE / 検出器: CCD / 日付: 1999年12月11日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.0332 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.3→22 Å / Num. obs: 110275 / % possible obs: 89 % / 冗長度: 4 % / Biso Wilson estimate: 10.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.048 / Net I/σ(I): 23.1 |
反射 シェル | 解像度: 1.3→1.34 Å / Rmerge(I) obs: 0.212 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / Num. unique all: 4097 / % possible all: 40 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 1.3 Å |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 40 % |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 開始モデル: 3CHB 解像度: 1.3→22 Å / Num. parameters: 44038 / Num. restraintsaints: 52704 / 交差検証法: FREE R / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: MOEWS & KRETSINGER, J.MOL.BIOL.91(1973)201-228 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Num. disordered residues: 12 / Occupancy sum hydrogen: 4085 / Occupancy sum non hydrogen: 4925 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.3→22 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: SHELXL / バージョン: 97 / 分類: refinement | |||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Num. reflection obs: 104753 / Rfactor Rwork: 0.1307 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |