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万見
- PDB-1jqo: Crystal structure of C4-form phosphoenolpyruvate carboxylase from... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1jqo
タイトルCrystal structure of C4-form phosphoenolpyruvate carboxylase from maize
要素phosphoenolpyruvate carboxylase
キーワードLYASE / BETA BARREL / Carbon dioxide fixation
機能・相同性
機能・相同性情報


response to cytokinin / phosphoenolpyruvate carboxylase / phosphoenolpyruvate carboxylase activity / response to nitrate / leaf development / response to ammonium ion / carbon fixation / photosynthesis / tricarboxylic acid cycle / cytosol
類似検索 - 分子機能
Phosphoenolpyruvate/pyruvate domain / Phosphoenolpyruvate carboxylase, Lys active site / Phosphoenolpyruvate carboxylase / Phosphoenolpyruvate carboxylase, bacterial/plant-type / Phosphoenolpyruvate carboxylase, His active site / Phosphoenolpyruvate carboxylase / Phosphoenolpyruvate carboxylase active site 2. / Phosphoenolpyruvate carboxylase active site 1. / de novo design (two linked rop proteins) / Pyruvate/Phosphoenolpyruvate kinase-like domain superfamily ...Phosphoenolpyruvate/pyruvate domain / Phosphoenolpyruvate carboxylase, Lys active site / Phosphoenolpyruvate carboxylase / Phosphoenolpyruvate carboxylase, bacterial/plant-type / Phosphoenolpyruvate carboxylase, His active site / Phosphoenolpyruvate carboxylase / Phosphoenolpyruvate carboxylase active site 2. / Phosphoenolpyruvate carboxylase active site 1. / de novo design (two linked rop proteins) / Pyruvate/Phosphoenolpyruvate kinase-like domain superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Phosphoenolpyruvate carboxylase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Zea mays (トウモロコシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Matsumura, H. / Kai, Y.
引用
ジャーナル: Structure / 年: 2002
タイトル: Crystal structures of C4 form maize and quaternary complex of E. coli phosphoenolpyruvate carboxylases.
著者: Matsumura, H. / Xie, Y. / Shirakata, S. / Inoue, T. / Yoshinaga, T. / Ueno, Y. / Izui, K. / Kai, Y.
#1: ジャーナル: FEBS Lett. / 年: 1999
タイトル: Plausible phosphoenolpyruvate binding site revealed by 2.6 A structure of Mn2+-bound phosphoenolpyruvate carboxylase from Escherichia coli.
著者: Matsumura, H. / Terada, M. / Shirakata, S. / Inoue, T. / Yoshinaga, T. / Izui, K. / Kai, Y.
#2: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1999
タイトル: Three-dimensional structure of phosphoenolpyruvate carboxylase: a proposed mechanism for allosteric inhibition
著者: Kai, Y. / Matsumura, H. / Inoue, T. / Terada, K. / Nagara, Y. / Yoshinaga, T. / Kihara, A. / Tsumura, K. / Izui, K.
#3: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1999
タイトル: Crystallization and preliminary x-ray diffraction studies of C4-form phosphoenolpyruvate carboxylase from maize diffraction studies of C4-form phosphoenolpyruvate carboxylase from maize.
著者: Matsumura, H. / Nagata, T. / Terada, M. / Shirakata, S. / Inoue, T. / Yoshinaga, T. / Ueno, Y. / Saze, H. / Izui, K. / Kai, Y.
履歴
登録2001年8月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02003年1月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32024年3月13日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: phosphoenolpyruvate carboxylase
B: phosphoenolpyruvate carboxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)219,0644
ポリマ－218,8722
非ポリマー1922
水00
1
A: phosphoenolpyruvate carboxylase
B: phosphoenolpyruvate carboxylase
ヘテロ分子

A: phosphoenolpyruvate carboxylase
B: phosphoenolpyruvate carboxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)438,1288
ポリマ－437,7444
非ポリマー3844
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_566x,-y+1,-z+11
2


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6430 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area68130 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)158.440, 174.610, 254.280
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
詳細The biological assembly is a tetramer generated from dimer in the assymmetric unit by two fole axis.

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要素

#1: タンパク質 phosphoenolpyruvate carboxylase / PHOSPHOENOLPYRUVATE CARBOXYLASE 1 / PEPCASE


分子量: 109436.008 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Zea mays (トウモロコシ) / 株: B37 / 組織: leaves / 参照: UniProt: P04711, phosphoenolpyruvate carboxylase
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.38 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: PEG8000, Tris-HCl, LiSO4, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
110 mg/mlprotein1drop
220 mMTris-HCl1droppH7.5
31 mMdithiothreitol1drop
420 %ethylene glycol1drop
55 mMmalate1drop
612 %PEG80001reservoir
7400 mM1reservoirLi2SO4
820 %ethylene glycol1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 0.708 Å
検出器タイプ: FUJI / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年3月25日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.708 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→86.2 Å / Num. all: 266008 / Num. obs: 58078 / % possible obs: 80.4 % / Observed criterion σ(I): 7.4 / Rmerge(I) obs: 0.091
反射 シェル解像度: 3→3.11 Å / Rmerge(I) obs: 0.309 / % possible all: 57.7
反射
*PLUS
Num. measured all: 266008

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3→86.2 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.272 2893 5 %RANDOM
Rwork0.236 ---
all-57271 --
obs-57271 --
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.43 Å / Luzzati d res low obs: 5 Å / Luzzati sigma a obs: 1.06 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→86.2 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14424 0 10 0 14434
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d20.2
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.86
LS精密化 シェル解像度: 3→3.14 Å / Rfactor Rfree error: 0.026
Rfactor反射数%反射
Rfree0.415 -3 %
Rwork0.413 --
obs-6900 60.5 %
精密化
*PLUS
最高解像度: 3 Å
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg20.2
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.86

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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