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- PDB-1jqj: Mechanism of Processivity Clamp Opening by the Delta Subunit Wren... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1jqj
タイトルMechanism of Processivity Clamp Opening by the Delta Subunit Wrench of the Clamp Loader Complex of E. coli DNA Polymerase III: Structure of the beta-delta complex
要素
  • DNA polymerase III, beta chain
  • DNA polymerase III, delta subunit
キーワードTRANSFERASE / DNA Polymerase / Processivity Clamp / Clamp Loader / DNA Replication / AAA+ ATPase
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA polymerase III, clamp loader complex / DNA clamp loader activity / DNA polymerase III complex / replisome / DNA-templated DNA replication / DNA replication / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / ribosome / structural constituent of ribosome ...DNA polymerase III, clamp loader complex / DNA clamp loader activity / DNA polymerase III complex / replisome / DNA-templated DNA replication / DNA replication / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / ribosome / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / translation / DNA binding
類似検索 - 分子機能
Zinc Finger, Delta Prime; domain 3 - #10 / Zinc Finger, Delta Prime; domain 3 / DNA polymerase III subunit delta, C-terminal / Processivity clamp loader gamma complex DNA pol III C-term / DNA polymerase III, delta subunit / DNA polymerase III delta, N-terminal / : / DNA polymerase III, delta subunit / DNA Polymerase III; Chain A, domain 2 / DNA Polymerase III, subunit A, domain 2 ...Zinc Finger, Delta Prime; domain 3 - #10 / Zinc Finger, Delta Prime; domain 3 / DNA polymerase III subunit delta, C-terminal / Processivity clamp loader gamma complex DNA pol III C-term / DNA polymerase III, delta subunit / DNA polymerase III delta, N-terminal / : / DNA polymerase III, delta subunit / DNA Polymerase III; Chain A, domain 2 / DNA Polymerase III, subunit A, domain 2 / DNA polymerase III beta subunit, N-terminal domain / DNA polymerase III beta subunit, central domain / DNA polymerase III beta subunit, C-terminal domain / DNA polymerase III, clamp loader complex, gamma/delta/delta subunit, C-terminal / Helicase, Ruva Protein; domain 3 - #60 / Helicase, Ruva Protein; domain 3 / Ribosomal protein L34, conserved site / Ribosomal protein L34 signature. / Ribosomal protein L34 / Ribosomal protein L34 / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Roll / Up-down Bundle / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Large ribosomal subunit protein bL34 / DNA polymerase III subunit delta
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Jeruzalmi, D. / Yurieva, O. / Zhao, Y. / Young, M. / Stewart, J. / Hingorani, M. / O'Donnell, M. / Kuriyan, J.
引用ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2001
タイトル: Mechanism of processivity clamp opening by the delta subunit wrench of the clamp loader complex of E. coli DNA polymerase III.
著者: Jeruzalmi, D. / Yurieva, O. / Zhao, Y. / Young, M. / Stewart, J. / Hingorani, M. / O'Donnell, M. / Kuriyan, J.
履歴
登録2001年8月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年11月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月4日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42018年1月31日Group: Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.temp
改定 1.52021年10月27日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.62024年2月7日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA polymerase III, beta chain
B: DNA polymerase III, beta chain
C: DNA polymerase III, delta subunit
D: DNA polymerase III, delta subunit


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)158,5844
ポリマ－158,5844
非ポリマー00
水00
1
A: DNA polymerase III, beta chain
C: DNA polymerase III, delta subunit


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,2922
ポリマ－79,2922
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1900 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area34120 Å2
手法PISA
2
B: DNA polymerase III, beta chain
D: DNA polymerase III, delta subunit


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,2922
ポリマ－79,2922
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: DNA polymerase III, beta chain
C: DNA polymerase III, delta subunit

B: DNA polymerase III, beta chain
D: DNA polymerase III, delta subunit


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)158,5844
ポリマ－158,5844
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_545x+1/2,y-1/2,z1
Buried area11650 Å2
ΔGint-37 kcal/mol
Surface area60780 Å2
手法PISA
4
D: DNA polymerase III, delta subunit

A: DNA polymerase III, beta chain
C: DNA polymerase III, delta subunit


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)118,0383
ポリマ－118,0383
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
crystal symmetry operation3_545x+1/2,y-1/2,z1
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7070 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area47920 Å2
手法PISA
5
C: DNA polymerase III, delta subunit

B: DNA polymerase III, beta chain
D: DNA polymerase III, delta subunit


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)118,0383
ポリマ－118,0383
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
crystal symmetry operation3_455x-1/2,y+1/2,z1
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7150 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area47780 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)198.836, 99.293, 113.023
Angle α, β, γ (deg.)90.0, 119.165, 90
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 DNA polymerase III, beta chain


分子量: 40546.352 Da / 分子数: 2 / 変異: I272A, L273A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A988, DNA-directed DNA polymerase
#2: タンパク質 DNA polymerase III, delta subunit


分子量: 38745.574 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P28630, DNA-directed DNA polymerase

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.94 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: TRIS, Ammonium phosphate, dithiothreitol, ammonium tartartate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 21K

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 1.1 Å
検出器タイプ: CUSTOM-MADE / 検出器: CCD / 日付: 2001年6月2日
放射モノクロメーター: Mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→500 Å / Num. obs: 42243 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / Rsym value: 0.11

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MLPHARE位相決定
CNS1精密化
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.9→500 Å / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3079 1922 5 %Random
Rwork0.2658 ---
all-43706 --
obs-38197 --
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→500 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10860 0 0 0 10860
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.67811
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.009807
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.463
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.692
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.544
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.691

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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