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万見
- PDB-1jpy: Crystal structure of IL-17F -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1jpy
タイトルCrystal structure of IL-17F
要素interleukin 17F
キーワードIMMUNE SYSTEM / cystine-knot / cytokine / t-cell derived / dimer
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of granulocyte macrophage colony-stimulating factor production / regulation of interleukin-2 production / positive regulation of lymphotoxin A production / regulation of interleukin-8 production / positive regulation of antimicrobial peptide production / Interleukin-17 signaling / regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / positive regulation of chemokine (C-X-C motif) ligand 1 production / interleukin-17-mediated signaling pathway / cytokine receptor binding ...regulation of granulocyte macrophage colony-stimulating factor production / regulation of interleukin-2 production / positive regulation of lymphotoxin A production / regulation of interleukin-8 production / positive regulation of antimicrobial peptide production / Interleukin-17 signaling / regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / positive regulation of chemokine (C-X-C motif) ligand 1 production / interleukin-17-mediated signaling pathway / cytokine receptor binding / positive regulation of cytokine production involved in inflammatory response / regulation of interleukin-6 production / cartilage development / cytokine binding / negative regulation of angiogenesis / cytokine activity / positive regulation of cytokine production / positive regulation of interleukin-6 production / defense response to Gram-negative bacterium / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / adaptive immune response / defense response to Gram-positive bacterium / inflammatory response / protein heterodimerization activity / innate immune response / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / protein homodimerization activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular space / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Interleukin-17, chordata / Interleukin-17 family / Interleukin-17 / Cystine Knot Cytokines, subunit B / Cystine-knot cytokines / Cystine-knot cytokine / Ribbon / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Interleukin-17F
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.85 Å
データ登録者Hymowitz, S.G. / Filvaroff, E.H. / Yin, J. / Lee, J. / Cai, L. / Risser, P. / Maruoka, M. / Mao, W. / Foster, J. / Kelley, R. ...Hymowitz, S.G. / Filvaroff, E.H. / Yin, J. / Lee, J. / Cai, L. / Risser, P. / Maruoka, M. / Mao, W. / Foster, J. / Kelley, R. / Pan, G. / Gurney, A.L. / de Vos, A.M. / Starovasnik, M.A.
引用ジャーナル: EMBO J. / 年: 2001
タイトル: IL-17s adopt a cystine knot fold: structure and activity of a novel cytokine, IL-17F, and implications for receptor binding.
著者: Hymowitz, S.G. / Filvaroff, E.H. / Yin, J.P. / Lee, J. / Cai, L. / Risser, P. / Maruoka, M. / Mao, W. / Foster, J. / Kelley, R.F. / Pan, G. / Gurney, A.L. / de Vos, A.M. / Starovasnik, M.A.
履歴
登録2001年8月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年9月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_validate_chiral / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年10月30日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: interleukin 17F
B: interleukin 17F
X: interleukin 17F
Y: interleukin 17F
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,7309
ポリマ－61,3424
非ポリマー1,3875
水48627
1
A: interleukin 17F
B: interleukin 17F
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,3174
ポリマ－30,6712
非ポリマー6462
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7270 Å2
ΔGint-39 kcal/mol
Surface area14090 Å2
手法PISA
2
X: interleukin 17F
Y: interleukin 17F
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,4135
ポリマ－30,6712
非ポリマー7423
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7580 Å2
ΔGint-55 kcal/mol
Surface area13790 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)126.438, 126.438, 89.914
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number170
Cell settinghexagonal
Space group name H-MP65
詳細The biologically active unit is a dimer. The assymetric unit is formed of two dimers.

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABXY

#1: タンパク質
interleukin 17F / IL-17F


分子量: 15335.575 Da / 分子数: 4 / 断片: Secreted IL-17F / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: the first four residues, GSHM, are from the vector / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IL-17F
Plasmid details: A modified plasmid was used which incorporated an N-terminal his tag and thrombin site under the control of the viral coat protein promotor
発現宿主: unidentified baculovirus (ウイルス) / 株 (発現宿主): Hi5 cells / 参照: GenBank: 15077800, UniProt: Q96PD4*PLUS

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糖 , 3種, 4分子

#2: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAca1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a2122h-1a_1-5_2*NCC/3=O]/1-2/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][a-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 2種, 28分子

#5: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 27 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 64 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: well solution consisted of 1.0M Lithium Sulfate, 0.5M Ammonium Sulfate, 100mM Sodium Citrate, 1% Ethanol at 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP at 292K
結晶化
*PLUS
温度: 19 ℃
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
11.0 Mlithium sulfate1reservoir
20.5 Mammonium sulfate1reservoir
31 %ethanol1reservoir
4100 mMsodium citrate1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2001年3月13日
放射モノクロメーター: SSRL beam line 9-2 / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.85→50 Å / Num. all: 19294 / Num. obs: 19294 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.3 % / Biso Wilson estimate: 63.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.088 / Rsym value: 0.088 / Net I/σ(I): 7.7
反射 シェル解像度: 2.85→2.95 Å / 冗長度: 7.3 % / Rmerge(I) obs: 0.541 / Num. unique all: 1912 / Rsym value: 0.541 / % possible all: 100
反射
*PLUS
% possible obs: 100 % / Num. measured all: 141778
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 100 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
SCALEPACKデータスケーリング
MLPHARE位相決定
X-PLOR98.1精密化
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.85→30 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Data cutoff high absF: 10000000 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.2 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: The structure was solved using data collected at three different wavelenghts from crystals that had been soaked in the Hg containing compound thimerosal but was refined against a native data ...詳細: The structure was solved using data collected at three different wavelenghts from crystals that had been soaked in the Hg containing compound thimerosal but was refined against a native data set collected on a crystal that was not derivatized. The crystollgraphic statistics presented here are for the native data set. Used maximum likelihood residual. The program REFMAC was used at the initial stages of refinement. A bulk solvent corrections was applied in Xplor98.1 as part of the refinement process. This correction has not been applied to the depositted structure factors
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.284 1127 5.9 %SHELLS
Rwork0.238 ---
all0.24 19258 --
obs0.238 19202 100 %-
溶媒の処理溶媒モデル: BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 47.9 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.22 Å2-0.25 Å20 Å2
2--0.22 Å20 Å2
3----0.44 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.43 Å0.36 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.48 Å0.42 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.85→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3725 0 89 27 3841
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.012
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.6
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d28.7
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d0.87
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it3.691.5
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it6.242
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it4.152
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it6.092.5
LS精密化 シェル解像度: 2.85→3.03 Å / Rfactor Rfree error: 0.028 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.377 178 5.6 %
Rwork0.318 2992 -
obs-1912 100 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMTOPHCSDX.PRO
X-RAY DIFFRACTION2PARAM19.SOLTOP19.ION
X-RAY DIFFRACTION3PARAM19.IONPARAM19.SOL
X-RAY DIFFRACTION4PARAM3.CHOPARAM3.CHO
X-RAY DIFFRACTION5PARAM.SO4PARAM.SO4
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 98.1 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
σ(F): 2 / % reflection Rfree: 5.9 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 47.9 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.6
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg28.7
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg0.87
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it3.691.5
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it4.152
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it6.242
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it6.092.5
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.377 / % reflection Rfree: 5.6 % / Rfactor Rwork: 0.318

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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