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万見
- PDB-1jpk: Gly156Asp mutant of Human UroD, human uroporphyrinogen III decarb... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1jpk
タイトルGly156Asp mutant of Human UroD, human uroporphyrinogen III decarboxylase
要素UROPORPHYRINOGEN DECARBOXYLASE
キーワードLYASE / heme biosynthesis
機能・相同性
機能・相同性情報


porphyrin-containing compound catabolic process / uroporphyrinogen decarboxylase / uroporphyrinogen decarboxylase activity / porphyrin-containing compound metabolic process / heme O biosynthetic process / heme A biosynthetic process / heme B biosynthetic process / protoporphyrinogen IX biosynthetic process / Heme biosynthesis / heme biosynthetic process ...porphyrin-containing compound catabolic process / uroporphyrinogen decarboxylase / uroporphyrinogen decarboxylase activity / porphyrin-containing compound metabolic process / heme O biosynthetic process / heme A biosynthetic process / heme B biosynthetic process / protoporphyrinogen IX biosynthetic process / Heme biosynthesis / heme biosynthetic process / nucleoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Uroporphyrinogen decarboxylase HemE / Uroporphyrinogen decarboxylase signature 1. / Uroporphyrinogen decarboxylase signature 2. / Uroporphyrinogen decarboxylase (URO-D) / Uroporphyrinogen decarboxylase (URO-D) / TIM Barrel - #210 / UROD/MetE-like superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Uroporphyrinogen decarboxylase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Phillips, J.D. / Parker, T.L. / Schubert, H.L. / Whitby, F.G. / Hill, C.P. / Kushner, J.P.
引用
ジャーナル: Blood / 年: 2001
タイトル: Functional consequences of naturally occurring mutations in human uroporphyrinogen decarboxylase.
著者: Phillips, J.D. / Parker, T.L. / Schubert, H.L. / Whitby, F.G. / Hill, C.P. / Kushner, J.P.
#1: ジャーナル: Embo J. / 年: 1998
タイトル: Crystal Structure of Human Uroporphyrinogen Decarboxylase
著者: Whitby, F.G. / Phillips, J.D. / Kushner, J.P. / Hill, C.P.
履歴
登録2001年8月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年12月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年10月27日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42023年8月16日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: UROPORPHYRINOGEN DECARBOXYLASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,4241
ポリマ－43,4241
非ポリマー00
水4,720262
1
A: UROPORPHYRINOGEN DECARBOXYLASE

A: UROPORPHYRINOGEN DECARBOXYLASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,8472
ポリマ－86,8472
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_676x-y+1,-y+2,-z+5/31
単位格子
Length a, b, c (Å)103.2, 103.2, 73.62
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 120
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
詳細physiological dimer, monomer in the ASU

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要素

#1: タンパク質 UROPORPHYRINOGEN DECARBOXYLASE / UroD / UPD / uro'gen III decarboxylase


分子量: 43423.531 Da / 分子数: 1 / 変異: G156D / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: UroD / プラスミド: pET14b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) codon + / 参照: UniProt: P06132, uroporphyrinogen decarboxylase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 262 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.78 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: MPD and MES, or CITRATE, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
結晶化
*PLUS
温度: 21 ℃ / pH: 7.5 / 詳細: Phillips, J.D., (1997) Protein Sci., 6, 1343.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
16 mg/mlprotein1drop
250 mMTris1droppH7.5
310 %glycerol1drop
41 mMbeta-mercaptoethanol1drop
516 %MPD1reservoir
60.1MES1reservoirpH6.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年1月1日
放射モノクロメーター: graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→20 Å / Num. all: 22708 / Num. obs: 22708 / % possible obs: 97.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / Rmerge(I) obs: 0.84
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / Rmerge(I) obs: 0.39 / % possible all: 99.2
反射
*PLUS
Num. obs: 23423 / Num. measured all: 274282
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 99.2 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLORモデル構築
X-PLOR3.843精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
X-PLOR位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1URO

1uro


解像度: 2.2→20 Å / Data cutoff high absF: 1000000 / Data cutoff low absF: 0.001 / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.238 1100 5 %5%
Rwork0.195 ---
all-22198 --
obs-22198 97.1 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2806 0 0 262 3068
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg2.4
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.13
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkRefine-IDNum. reflection obs
2.2-2.30.30581500.2819X-RAY DIFFRACTION2623
2.3-2.420.32081520.2636X-RAY DIFFRACTION2594
2.42-2.570.32211280.2467X-RAY DIFFRACTION2663
3.05-3.490.22341210.1861X-RAY DIFFRACTION2669
3.49-4.40.16951330.1416X-RAY DIFFRACTION2665
4.4-1000.20651330.1702X-RAY DIFFRACTION2613
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.843 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.2 Å / 最低解像度: 20 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor obs: 0.195
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.13
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg2.4
LS精密化 シェル
*PLUS
最低解像度: 2.3 Å

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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