PDB-1jp8: Sperm Whale met-Myoglobin (room temperature; high pressure)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1jp8

タイトル

Sperm Whale met-Myoglobin (room temperature; high pressure)

要素

myoglobin

キーワード

OXYGEN STORAGE/TRANSPORT / OXYGEN STORAGE-TRANSPORT complex

機能・相同性

機能・相同性情報

nitrite reductase activity / 酸化還元酵素; 他の含窒素化合物が電子供与する / sarcoplasm / 酸化還元酵素; 過酸化物を電子受容体にする; ペルオキシダーゼ / removal of superoxide radicals / oxygen carrier activity / oxygen binding / peroxidase activity / heme binding / extracellular exosome / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Physeter catodon (マッコウクジラ)

手法

X線回折 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Urayama, P. / Gruner, S.M. / Phillips Jr., G.N.

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2002
タイトル: Probing substates in sperm whale myoglobin using high-pressure crystallography.
著者: Urayama, P. / Phillips Jr., G.N. / Gruner, S.M.

履歴

登録	2001年8月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2002年1月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月27日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2023年8月16日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1jp8.cif.gz	46.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1jp8.ent.gz	31.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1jp8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1jp8_validation.pdf.gz	809.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1jp8_full_validation.pdf.gz	811 KB	表示
XML形式データ	1jp8_validation.xml.gz	9 KB	表示
CIF形式データ	1jp8_validation.cif.gz	11.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jp/1jp8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jp/1jp8	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1jp6C 1jp9C 1jpbC 1vxhS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4pqb-d 1vxg-d 2blj-d 1vxd-d 5zzf-d 4mbn-d 4fwz-d 7l3y-d 2zsp-d 4dc7-d 1mbi-d 3rj6-2 2zt0-d 3wi8-d 1rse-d 1swm-d 3m3a-d 1nz4-d 5b84-d 4qau-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#206 - 2017年2月グロビンの進化 (Globin Evolution) 類似性 (2) #262 - 2021年10月 PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures ) 類似性 (2) #142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (2) #233 - 2019年5月 S-ニトロシル化ヘモグロビン (S-Nitrosylated Hemoglobin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: myoglobin

ヘテロ分子

18.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	64.090, 30.800, 34.570
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 105.69, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	myoglobin 分子量: 17234.951 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Physeter catodon (マッコウクジラ) / 参照: UniProt: P02185
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME 分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₂FeN₄O₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 66 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.91 Å³/Da / 溶媒含有率: 35.45 % 解説: 295K; 150MPa; pH6; Kundrot-Richards type beryllium pressure cell
結晶化	温度: 298 K / 手法: バッチ法 / pH: 6 / 詳細: ammonium sulfate, pH 6, batch, temperature 298K
結晶化	PLUS 手法: batch method / PH range low: 6 / PH range high*: 5.5
溶液の組成	PLUS 濃度: 72-78 %sat / 一般名*: ammonium sulfate / 詳細: pH5.5-6.0

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	295	1
2	295	1

放射光源

由来	タイプ	ID	波長 (Å)
回転陽極	RIGAKU	1	1.541
回転陽極	RIGAKU	2	1.541

検出器

タイプ	ID	検出器	日付
UCSD MARK II	1	AREA DETECTOR	1997年12月5日
UCSD MARK II	2	AREA DETECTOR	1998年4月10日

放射

ID	モノクロメーター	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	Si 111 CHANNEL	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1
2	Si 111 CHANNEL	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	2

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	1.541	1
2		1

反射

解像度: 2.3→9.2 Å / Num. all: 5327 / Num. obs: 5327 / % possible obs: 90.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.9 % / B_iso Wilson estimate: 18.6 Å² / R_merge(I) obs: 0.057 / Net I/σ(I): 12.1

反射シェル

解像度: 2.3→2.42 Å / 冗長度: 2.4 % / R_merge(I) obs: 0.138 / Mean I/σ(I) obs: 6 / Num. unique all: 671 / % possible all: 79.6

反射シェル

*PLUS

% possible obs: 79.6 %

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
CNS		精密化
CCP4	(SCALA)	データスケーリング
CNS		位相決定

精密化

開始モデル: PDB ENTRY 1VXH

1vxh

解像度: 2.3→9.14 Å / R_factor R_free error: 0.01 / Data cutoff high absF: 774116.68 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: residue 153 was disordered

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.236	560	10.6 %	RANDOM
R_work	0.165	-	-	-
obs	-	5306	90.7 %	-

溶媒の処理

溶媒モデル: FLAT MODEL / B_sol: 12.385 Å² / k_sol: 0.344581 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso mean: 15.1 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-5.46 Å²	0 Å²	-0.85 Å²
2-	-	2.09 Å²	0 Å²
3-	-	-	3.36 Å²

Refine analyze

	Free	Obs
Luzzati coordinate error	0.31 Å	0.21 Å
Luzzati d res low	-	9.2 Å
Luzzati sigma a	0.24 Å	0.13 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→9.14 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1212	0	58	66	1336

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d	0.006
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg	1
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_d	16.5
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_d	1.02
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	c_mcbond_it	1.32	1.5
X-RAY DIFFRACTION	c_mcangle_it	2.1	2
X-RAY DIFFRACTION	c_scbond_it	2.23	2
X-RAY DIFFRACTION	c_scangle_it	3.36	2.5

LS精密化シェル

解像度: 2.3→2.44 Å / R_factor R_free error: 0.031 / Total num. of bins used: 6

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.294	91	11.7 %
R_work	0.195	684	-
obs	-	-	80.7 %

Xplor file

Refine-ID	Serial no	Param file	Topol file
X-RAY DIFFRACTION	1	PROTEIN.PARAM	PROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION	2	WATER.PARAM	WATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION	3	HEME.PARAM	HEME.TOP
X-RAY DIFFRACTION	4	SO4.PARAM	SO4.TOP

ソフトウェア

*PLUS

名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: refinement

精密化

*PLUS

最低解像度: 9.2 Å / σ(F): 2 / % reflection R_free: 10.6 % / R_factor obs: 0.166 / R_factor R_free: 0.235

溶媒の処理

*PLUS

原子変位パラメータ

*PLUS

B_iso mean: 15.1 Å²

拘束条件

*PLUS

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d	0.006
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg	1.004
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_deg	16.5
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_deg	1.02
X-RAY DIFFRACTION	c_mcbond_it	1.32	1.5
X-RAY DIFFRACTION	c_scbond_it	2.23	2
X-RAY DIFFRACTION	c_mcangle_it	2.1	2
X-RAY DIFFRACTION	c_scangle_it	3.36	2.5

LS精密化シェル

*PLUS

R_factor R_free: 0.294 / % reflection R_free: 11.7 % / R_factor R_work: 0.195

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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