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- PDB-1jp3: Structure of E.coli undecaprenyl pyrophosphate synthase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1jp3
タイトルStructure of E.coli undecaprenyl pyrophosphate synthase
要素undecaprenyl pyrophosphate synthase
キーワードTRANSFERASE / Rossmann fold / hydrophobic tunnel / product chain length / flexible loop
機能・相同性
機能・相同性情報


Gram-negative-bacterium-type cell wall biogenesis / ditrans,polycis-undecaprenyl-diphosphate synthase [(2E,6E)-farnesyl-diphosphate specific] / ditrans,polycis-undecaprenyl-diphosphate synthase [(2E,6E)-farnesyl-diphosphate specific] activity / polyprenol biosynthetic process / small molecule binding / peptidoglycan biosynthetic process / cell wall organization / regulation of cell shape / cell division / magnesium ion binding ...Gram-negative-bacterium-type cell wall biogenesis / ditrans,polycis-undecaprenyl-diphosphate synthase [(2E,6E)-farnesyl-diphosphate specific] / ditrans,polycis-undecaprenyl-diphosphate synthase [(2E,6E)-farnesyl-diphosphate specific] activity / polyprenol biosynthetic process / small molecule binding / peptidoglycan biosynthetic process / cell wall organization / regulation of cell shape / cell division / magnesium ion binding / protein homodimerization activity / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Di-trans-poly-cis-decaprenylcistransferase-like, conserved site / Undecaprenyl pyrophosphate synthase family signature. / Undecaprenyl pyrophosphate synthetase / Decaprenyl diphosphate synthase-like / Decaprenyl diphosphate synthase-like / Putative undecaprenyl diphosphate synthase / Decaprenyl diphosphate synthase-like superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Ditrans,polycis-undecaprenyl-diphosphate synthase ((2E,6E)-farnesyl-diphosphate specific)
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / single-wavelength anomalous diffraction (SAD) / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Ko, T.P. / Chen, Y.K. / Robinson, H. / Tsai, P.C. / Gao, Y.G. / Chen, A.P.C. / Wang, A.H.J. / Liang, P.H.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2001
タイトル: Mechanism of product chain length determination and the role of a flexible loop in Escherichia coli undecaprenyl-pyrophosphate synthase catalysis.
著者: Ko, T.P. / Chen, Y.K. / Robinson, H. / Tsai, P.C. / Gao, Y.G. / Chen, A.P. / Wang, A.H. / Liang, P.H.
履歴
登録2001年7月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02001年8月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: undecaprenyl pyrophosphate synthase
B: undecaprenyl pyrophosphate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,9403
ポリマ－57,3372
非ポリマー6031
水11,620645
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4100 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area20270 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)64.180, 67.334, 110.145
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細The enzyme is a dimer, including chains A and B in the asymmetric unit.

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要素

#1: タンパク質 undecaprenyl pyrophosphate synthase


分子量: 28668.705 Da / 分子数: 2 / 変異: M25MSE/M86MSE/M176MSE/M183MSE / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / プラスミド: PET32XA-LIC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834
参照: UniProt: P60472, ditrans,polycis-undecaprenyl-diphosphate synthase [(2E,6E)-farnesyl-diphosphate specific]
#2: 化合物 ChemComp-EGC / 2-(2-{2-[2-(2-{2-[2-(2-{2-[4-(1,1,3,3-TETRAMETHYL-BUTYL)-PHENOXY]-ETHOXY}-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOX Y}-ETHOXY)-ETHANOL / TRITON X-100 / 26-[4-(1,1,3,3-テトラメチルブチル)フェノキシ]-3,6,9,12,15,18,21,24-オクタオキサ(以下略)


分子量: 602.797 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C32H58O10 / コメント: 可溶化剤*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 645 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.72 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: Triton X-100, PEG8000, ethylele glycol, HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
結晶化
*PLUS
pH: 5.5
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
15 mg/mlprotein1drop
20.1 %Triton X-1001drop
325 %PEG4001reservoir
4100 mMsodium cacodylate1reservoirpH5.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2000年10月13日
放射モノクロメーター: Silicon channel / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→20 Å / Num. all: 44972 / Num. obs: 44820 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 10.1 % / Biso Wilson estimate: 20.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.062 / Net I/σ(I): 25.8
反射 シェル解像度: 1.8→1.86 Å / 冗長度: 8.8 % / Rmerge(I) obs: 0.356 / Mean I/σ(I) obs: 6.5 / Num. unique all: 4426 / % possible all: 99.9
反射
*PLUS
最低解像度: 20 Å
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 99.9 % / Num. unique obs: 4420

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SOLVE位相決定
RESOLVEモデル構築
CNS1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
RESOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: single-wavelength anomalous diffraction (SAD)
解像度: 1.8→19.77 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 533864.89 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.228 2215 5 %RANDOM
Rwork0.194 ---
all0.1953 44367 --
obs0.194 44367 98.6 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 66.2753 Å2 / ksol: 0.349888 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 29.1 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.63 Å20 Å20 Å2
2---1.2 Å20 Å2
3---1.83 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.23 Å0.19 Å
Luzzati d res low-6 Å
Luzzati sigma a0.11 Å0.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→19.77 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3379 0 12 645 4036
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.012
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.5
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.95
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it0.941.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.572
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.562
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.352.5
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.86 Å / Rfactor Rfree error: 0.018 / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.247 199 4.6 %
Rwork0.236 4115 -
obs--97.5 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION3EGC.PARAMEGC.TOP
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
σ(F): 0 / % reflection Rfree: 5 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 29.1 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.5
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg22.4
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.95
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it0.941.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.562
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.572
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.352.5
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.247 / % reflection Rfree: 4.6 % / Rfactor Rwork: 0.236

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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