PDB-1jov: Crystal Structure Analysis of HI1317

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1jov

タイトル

Crystal Structure Analysis of HI1317

要素

HI1317

キーワード

UNKNOWN FUNCTION / hypothetical protein / Structure 2 Function Project / S2F / Structural Genomics

機能・相同性

機能・相同性情報

glucose-6-phosphate 1-epimerase / glucose-6-phosphate 1-epimerase activity / carbohydrate binding / carbohydrate metabolic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Haemophilus influenzae (インフルエンザ菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 1.57 Å

データ登録者

Bonander, N. / Tordova, M. / Howard, A.J. / Eisenstein, E. / Gilliland, G. / Structure 2 Function Project (S2F)

引用

ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: Crystal 1.57-A Crystal Structure of HI1317
著者: Bonander, N. / Tordova, M. / Howard, A.J. / Eisenstein, E. / Gilliland, G.

履歴

登録	2001年7月31日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2003年6月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月27日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2024年11月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1jov.cif.gz	73.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1jov.ent.gz	54.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1jov.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1jov_validation.pdf.gz	455.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1jov_full_validation.pdf.gz	461 KB	表示
XML形式データ	1jov_validation.xml.gz	16 KB	表示
CIF形式データ	1jov_validation.cif.gz	23.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jo/1jov ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jo/1jov	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	5y33-d 2vwn-d 1y7w-1 5jna-1 6m8d-d 1xxe-d 5iqu-d 1uoc-2 1ri3-d 2wu1-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: HI1317

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#198 - 2016年6月 β-ガラクトシダーゼ (Beta-galactosidase) 類似性 (2) #39 - 2003年3月 lac転写抑制因子 (lac Repressor) 類似性 (2) #203 - 2016年11月アミノペプチダーゼ1とオートファジー (Aminopeptidase 1 and Autophagy) 類似性 (1)

登録構造単位

A: HI1317

ヘテロ分子

31.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	80.540, 38.860, 92.360
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 110.16, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-539- HOH
2	1	A-540- HOH

#1: タンパク質	HI1317 分子量: 30769.072 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Haemophilus influenzae (インフルエンザ菌) 遺伝子: HI1317 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9RP27
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム分子量: 122.143 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₂NO₃ / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 235 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.19 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.4 %
結晶化	手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 30% 4K-PEG, 0.2M LiSO4, 0.1 M Tris pH 8.5 , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP

-
データ収集

回折	平均測定温度: 115 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1
検出器	タイプ: BRUKER / 検出器: CCD
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.57→15 Å / Num. obs: 33851 / % possible obs: 94.3 % / 冗長度: 6.6 % / B_iso Wilson estimate: 21.4 Å² / R_merge(I) obs: 0.031 / Net I/σ(I): 13.4
反射シェル	解像度: 1.57→1.61 Å / 冗長度: 4.2 % / R_merge(I) obs: 0.24 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / % possible all: 81.7

-
解析

ソフトウェア

名称	分類
HKL-2000	データ削減
REFMAC	精密化
HKL-2000	データスケーリング

精密化

解像度: 1.57→15 Å / SU B: 2.77 / SU ML: 0.097 / ESU R: 0.111 / ESU R Free: 0.116

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.26	-	-
R_work	0.208	-	-
obs	-	33851	94.3 %

原子変位パラメータ

B_iso mean: 31.5 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.99 Å²	0 Å²	0.11 Å²
2-	-	3.08 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.01 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.57→15 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2261	0	21	235	2517

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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