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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1jom | ||||||
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タイトル | THE CRYSTAL STRUCTURE OF THE BINARY COMPLEX BETWEEN FOLINIC ACID (LEUCOVORIN) AND E. COLI DIHYDROFOLATE REDUCTASE | ||||||
![]() | DIHYDROFOLATE REDUCTASE | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / METHOTREXATE RESISTANCE / ONE-CARBON METABOLISM OXIDOREDUCTASE | ||||||
機能・相同性 | ![]() methotrexate binding / dihydrofolic acid binding / response to methotrexate / NADP+ binding / folic acid binding / dihydrofolate metabolic process / glycine biosynthetic process / dihydrofolate reductase / dihydrofolate reductase activity / folic acid metabolic process ...methotrexate binding / dihydrofolic acid binding / response to methotrexate / NADP+ binding / folic acid binding / dihydrofolate metabolic process / glycine biosynthetic process / dihydrofolate reductase / dihydrofolate reductase activity / folic acid metabolic process / NADPH binding / tetrahydrofolate biosynthetic process / one-carbon metabolic process / NADP binding / response to xenobiotic stimulus / response to antibiotic / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() | ||||||
![]() | Reyes, V.M. / Lee, H. / Kraut, J. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structures of Escherichia coli dihydrofolate reductase complexed with 5-formyltetrahydrofolate (folinic acid) in two space groups: evidence for enolization of pteridine O4. 著者: Lee, H. / Reyes, V.M. / Kraut, J. #1: ![]() タイトル: Isomorphous Crystal Structures of Escherichia Coli Dihydrofolate Reductase Complexed with Folate, 5-Deazafolate, and 5,10-Dideazatetrahydrofolate: Mechanistic Implications 著者: Reyes, V.M. / Sawaya, M.R. / Brown, K.A. / Kraut, J. #2: ![]() タイトル: Crystal Structure of Unliganded Escherichia Coli Dihydrofolate Reductase. Ligand-Induced Conformational Changes and Cooperativity in Binding 著者: Bystroff, C. / Kraut, J. #3: ![]() タイトル: Crystal Structures of Recombinant Human Dihydrofolate Reductase Complexed with Folate and 5-Deazafolate 著者: Davies II, J.F. / Delcamp, T.J. / Prendergast, N.J. / Ashford, V.A. / Freisheim, J.H. / Kraut, J. #4: ![]() タイトル: Crystal Structures of Escherichia Coli Dihydrofolate Reductase: The Nadp+ Holoenzyme and the Folate.Nadp+ Ternary Complex. Substrate Binding and a Model for the Transition State 著者: Bystroff, C. / Oatley, S.J. / Kraut, J. #5: ![]() タイトル: Crystal Structures of Escherichia Coli and Lactobacillus Casei Dihydrofolate Reductase Refined at 1.7 A Resolution. II. Environment of Bound Nadph and Implications for Catalysis 著者: Filman, D.J. / Bolin, J.T. / Matthews, D.A. / Kraut, J. #6: ![]() タイトル: Crystal Structures of Escherichia Coli and Lactobacillus Casei Dihydrofolate Reductase Refined at 1.7 A Resolution. I. General Features and Binding of Methotrexate 著者: Bolin, J.T. / Filman, D.J. / Matthews, D.A. / Hamlin, R.C. / Kraut, J. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 54.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 38.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 513.5 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 526.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 7.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 11.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 18020.326 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: IN BINARY COMPLEX WITH FOLINIC ACID (LEUCOVORIN) / 由来: (組換発現) ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 5種, 217分子 ![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/CA.gif)
![](data/chem/img/FFO.gif)
![](data/chem/img/EOH.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/CA.gif)
![](data/chem/img/FFO.gif)
![](data/chem/img/EOH.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | ChemComp-CL / | ||
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#3: 化合物 | ChemComp-CA / | ||
#4: 化合物 | ChemComp-FFO / | ||
#5: 化合物 | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.24 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS 温度: 4 ℃ / pH: 6.8 / 手法: 蒸気拡散法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射 | 散乱光タイプ: x-ray |
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放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 1.9 Å / Num. obs: 15022 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 7.7 % / Rmerge(I) obs: 0.068 |
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解析
ソフトウェア | 名称: TNT / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||
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精密化 | 最高解像度: 1.9 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 最高解像度: 1.9 Å
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拘束条件 |
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精密化 | *PLUS Rfactor obs: 0.142 | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |