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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1jod | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of Murine Olfactory Marker Protein in Spacegroup P43212 | ||||||
![]() | Olfactory Marker Protein | ||||||
![]() | SIGNALING PROTEIN / Beta Clamshell | ||||||
機能・相同性 | ![]() neurogenesis / sensory perception of smell / axon / neuronal cell body / signal transduction / nucleus / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Smith, P. / Hunt, J.F. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: The crystal structure of the olfactory marker protein at 2.3 A resolution. 著者: Smith, P.C. / Firestein, S. / Hunt, J.F. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 82.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 61.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 425.2 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 433.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 10.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 13.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 18991.777 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-ZN / #3: 化合物 | ChemComp-CAC / #4: 水 | ChemComp-HOH / | Has protein modification | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.39 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: PEG 8000, Zinc Acetate, Cacodylate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K |
結晶化 | *PLUS 手法: unknown / 詳細: unpublished structure |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 130 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: CUSTOM-MADE / 検出器: CCD / 日付: 2000年4月15日 |
放射 | モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9785 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.2→40 Å / Num. all: 11102 / Num. obs: 8962 / % possible obs: 80.4 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 59.1 Å2 |
反射 シェル | 解像度: 3.2→3.31 Å / % possible all: 61.9 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ID 1F15 解像度: 3.2→40 Å / Rfactor Rfree error: 0.011 / Data cutoff high absF: 1000000 / Data cutoff low absF: 0.01 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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原子変位パラメータ | Biso mean: 28.6 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.2→40 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 3.2→3.31 Å / Rfactor Rfree error: 0.045 / Total num. of bins used: 10
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