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万見
- PDB-1joc: EEA1 homodimer of C-terminal FYVE domain bound to inositol 1,3-di... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1joc
タイトルEEA1 homodimer of C-terminal FYVE domain bound to inositol 1,3-diphosphate
要素Early Endosomal Autoantigen 1
キーワードMEMBRANE PROTEIN / FYVE domain / inositol 3-phosphate binding
機能・相同性
機能・相同性情報


serine-pyruvate aminotransferase complex / synaptic vesicle to endosome fusion / Toll Like Receptor 9 (TLR9) Cascade / 1-phosphatidylinositol binding / axonal spine / chemical synaptic transmission, postsynaptic / vesicle fusion / GTP-dependent protein binding / modulation by host of viral process / early endosome to late endosome transport ...serine-pyruvate aminotransferase complex / synaptic vesicle to endosome fusion / Toll Like Receptor 9 (TLR9) Cascade / 1-phosphatidylinositol binding / axonal spine / chemical synaptic transmission, postsynaptic / vesicle fusion / GTP-dependent protein binding / modulation by host of viral process / early endosome to late endosome transport / Schaffer collateral - CA1 synapse / recycling endosome / endocytosis / early endosome membrane / postsynapse / early endosome / calmodulin binding / glutamatergic synapse / protein homodimerization activity / extracellular exosome / zinc ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
L1 transposable element, trimerization domain / FYVE zinc finger / FYVE zinc finger / Protein present in Fab1, YOTB, Vac1, and EEA1 / Zinc finger, FYVE-related / Zinc finger FYVE/FYVE-related type profile. / Zinc/RING finger domain, C3HC4 (zinc finger) / Herpes Virus-1 / Zinc finger C2H2 type domain profile. / Zinc finger C2H2 type domain signature. ...L1 transposable element, trimerization domain / FYVE zinc finger / FYVE zinc finger / Protein present in Fab1, YOTB, Vac1, and EEA1 / Zinc finger, FYVE-related / Zinc finger FYVE/FYVE-related type profile. / Zinc/RING finger domain, C3HC4 (zinc finger) / Herpes Virus-1 / Zinc finger C2H2 type domain profile. / Zinc finger C2H2 type domain signature. / Zinc finger C2H2-type / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Zinc finger, FYVE/PHD-type / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Up-down Bundle / 2-Layer Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-ITP / Early endosome antigen 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Dumas, J.J. / Merithew, E. / Rajamani, D. / Hayes, S. / Lawe, D. / Corvera, S. / Lambright, D.G.
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2001
タイトル: Multivalent endosome targeting by homodimeric EEA1.
著者: Dumas, J.J. / Merithew, E. / Sudharshan, E. / Rajamani, D. / Hayes, S. / Lawe, D. / Corvera, S. / Lambright, D.G.
履歴
登録2001年7月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年12月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Early Endosomal Autoantigen 1
B: Early Endosomal Autoantigen 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,2208
ポリマ－28,2782
非ポリマー9426
水1,00956
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4960 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area15820 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)36.528, 85.096, 88.036
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Early Endosomal Autoantigen 1 / EEA1


分子量: 14139.077 Da / 分子数: 2 / 断片: C-terminal domain, FYVE domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pET15b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q15075
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-ITP / PHOSPHORIC ACID MONO-(2,3,4,6-TETRAHYDROXY-5-PHOSPHONOOXY-CYCLOHEXYL) ESTER / INOSITOL 1,3-BISPHOSPHATE / イノシト-ル1,3-ビスりん酸


分子量: 340.116 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O12P2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 56 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.15 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 11% PEG 4000, 50 mM HEPES, 60 mM ammonium acetate, 10% glycerol, and 1.5 mM Ins(1,3)P2, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
112 mg/mlprotein1drop
211 %PEG40001reservoir
350 mMHEPES1reservoirpH7.0
460 mMammonium acetate1reservoir
51.5 mMIns(1,3)P21reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X12C / 波長: 1.28322, 1.28356, 1.23985
検出器タイプ: BRANDEIS - B1 / 検出器: CCD / 日付: 2001年3月20日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.283221
21.283561
31.239851

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SHARP位相決定
X-PLOR3.1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.2→20 Å / Rfactor Rfree: 0.281 / Rfactor Rwork: 0.221 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: Residues 1287 and 1288 were missing from the electron density.
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1938 0 44 56 2038
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.1
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.2 Å / 最低解像度: 20 Å / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor obs: 0.221
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
タイプ: x_angle_deg / Dev ideal: 1.1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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