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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1jo8 | ||||||
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タイトル | Structural analysis of the yeast actin binding protein Abp1 SH3 domain | ||||||
![]() | ACTIN BINDING PROTEIN | ||||||
![]() | STRUCTURAL PROTEIN / SH3 domain Actin-binding-protein | ||||||
機能・相同性 | ![]() protein localization to actin cortical patch / positive regulation of Arp2/3 complex-mediated actin nucleation / actin cortical patch assembly / site of polarized growth / actin cortical patch / regulation of actin filament polymerization / mating projection tip / barbed-end actin filament capping / cortical actin cytoskeleton / actin filament binding ...protein localization to actin cortical patch / positive regulation of Arp2/3 complex-mediated actin nucleation / actin cortical patch assembly / site of polarized growth / actin cortical patch / regulation of actin filament polymerization / mating projection tip / barbed-end actin filament capping / cortical actin cytoskeleton / actin filament binding / cell cortex / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Fazi, B. / Cope, M.J. / Douangamath, A. / Ferracuti, S. / Schirwitz, K. / Zucconi, A. / Drubin, D.G. / Wilmanns, M. / Cesareni, G. / Castagnoli, L. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Unusual binding properties of the SH3 domain of the yeast actin-binding protein Abp1: structural and functional analysis. 著者: Fazi, B. / Cope, M.J. / Douangamath, A. / Ferracuti, S. / Schirwitz, K. / Zucconi, A. / Drubin, D.G. / Wilmanns, M. / Cesareni, G. / Castagnoli, L. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 41.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 30.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1ckaS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 6663.082 Da / 分子数: 1 / 断片: SH3 domain / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() プラスミド: pRSETA / 発現宿主: ![]() ![]() | ||
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#2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.6 % | ||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 詳細: Ammonium sulfate, bis-tris-propane, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP at 298K | ||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2000年9月15日 |
放射 | モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.842 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.3→25 Å / Num. all: 57575 / Num. obs: 56424 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 4.1 % / Biso Wilson estimate: 9.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.056 / Net I/σ(I): 20.3 |
反射 シェル | 解像度: 1.3→1.32 Å / Rmerge(I) obs: 0.266 / Mean I/σ(I) obs: 4 / Num. unique all: 617 / % possible all: 88.6 |
反射 | *PLUS 最低解像度: 40 Å / Num. obs: 13742 / % possible obs: 98 % / Num. measured all: 56424 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 88.6 % |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB entry 1CKA 解像度: 1.3→17.51 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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原子変位パラメータ | Biso mean: 8.742 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.3→17.51 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.3→1.334 Å / Total num. of bins used: 20
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ソフトウェア | *PLUS 名称: REFMAC / バージョン: 5 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS σ(F): 0 / % reflection Rfree: 5 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rfree: 0.194 / Rfactor Rwork: 0.171 / Total num. of bins used: 20 |