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万見
- PDB-1jo8: Structural analysis of the yeast actin binding protein Abp1 SH3 domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1jo8
タイトルStructural analysis of the yeast actin binding protein Abp1 SH3 domain
要素ACTIN BINDING PROTEIN
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / SH3 domain Actin-binding-protein
機能・相同性
機能・相同性情報


protein localization to actin cortical patch / positive regulation of Arp2/3 complex-mediated actin nucleation / actin cortical patch assembly / site of polarized growth / actin cortical patch / regulation of actin filament polymerization / mating projection tip / barbed-end actin filament capping / cortical actin cytoskeleton / actin filament binding ...protein localization to actin cortical patch / positive regulation of Arp2/3 complex-mediated actin nucleation / actin cortical patch assembly / site of polarized growth / actin cortical patch / regulation of actin filament polymerization / mating projection tip / barbed-end actin filament capping / cortical actin cytoskeleton / actin filament binding / cell cortex / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Fungal actin-binding protein 1, second SH3 domain / Actin-depolymerising factor homology domain / Cofilin/tropomyosin-type actin-binding protein / ADF-H domain profile. / Actin depolymerisation factor/cofilin -like domains / ADF-H/Gelsolin-like domain superfamily / SH3 Domains / SH3 domain / SH3 type barrels. / Src homology 3 domains ...Fungal actin-binding protein 1, second SH3 domain / Actin-depolymerising factor homology domain / Cofilin/tropomyosin-type actin-binding protein / ADF-H domain profile. / Actin depolymerisation factor/cofilin -like domains / ADF-H/Gelsolin-like domain superfamily / SH3 Domains / SH3 domain / SH3 type barrels. / Src homology 3 domains / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Actin-binding protein
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.3 Å
データ登録者Fazi, B. / Cope, M.J. / Douangamath, A. / Ferracuti, S. / Schirwitz, K. / Zucconi, A. / Drubin, D.G. / Wilmanns, M. / Cesareni, G. / Castagnoli, L.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2002
タイトル: Unusual binding properties of the SH3 domain of the yeast actin-binding protein Abp1: structural and functional analysis.
著者: Fazi, B. / Cope, M.J. / Douangamath, A. / Ferracuti, S. / Schirwitz, K. / Zucconi, A. / Drubin, D.G. / Wilmanns, M. / Cesareni, G. / Castagnoli, L.
履歴
登録2001年7月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年3月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ACTIN BINDING PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,8553
ポリマ－6,6631
非ポリマー1922
水2,324129
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)24.080, 38.155, 59.090
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Cell settingorthorhombic
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 ACTIN BINDING PROTEIN / Abp1p / actin-binding protein ABP1 /


分子量: 6663.082 Da / 分子数: 1 / 断片: SH3 domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
プラスミド: pRSETA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21pLysS / 参照: UniProt: P15891
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 129 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.6 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: Ammonium sulfate, bis-tris-propane, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP at 298K
結晶化
*PLUS
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
13.2 Mammonium sulfate1reservoir
2100 mMBis-Tris propane1reservoirpH8.0
312 mg/mlAbp1-SH31drop

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW7B / 波長: 0.842 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2000年9月15日
放射モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.842 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.3→25 Å / Num. all: 57575 / Num. obs: 56424 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 4.1 % / Biso Wilson estimate: 9.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.056 / Net I/σ(I): 20.3
反射 シェル解像度: 1.3→1.32 Å / Rmerge(I) obs: 0.266 / Mean I/σ(I) obs: 4 / Num. unique all: 617 / % possible all: 88.6
反射
*PLUS
最低解像度: 40 Å / Num. obs: 13742 / % possible obs: 98 % / Num. measured all: 56424
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 88.6 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
AMoRE位相決定
REFMAC5精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1CKA

1cka


解像度: 1.3→17.51 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.17785 680 5 %RANDOM
Rwork0.14352 ---
all0.1451 13027 --
obs0.14512 13027 98.05 %-
原子変位パラメータBiso mean: 8.742 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.01 Å20 Å20 Å2
2---0.04 Å20 Å2
3---0.02 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.3→17.51 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数505 0 13 131 649
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it1.1371.5
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it1.8332
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it2.2143
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it3.2744.5
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.0110
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg1.7141.9
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d1.7141.9
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.0090
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.1180.02
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd4.9723
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd13.76115
LS精密化 シェル解像度: 1.3→1.334 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.194 38 4.4 %
Rwork0.171 866 -
ソフトウェア
*PLUS
名称: REFMAC / バージョン: 5 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
σ(F): 0 / % reflection Rfree: 5 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.194 / Rfactor Rwork: 0.171 / Total num. of bins used: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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