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万見
- PDB-1jn4: The Crystal Structure of Ribonuclease A in complex with 2'-deoxyu... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1jn4
タイトルThe Crystal Structure of Ribonuclease A in complex with 2'-deoxyuridine 3'-pyrophosphate (P'-5') adenosine
要素Pancreatic Ribonuclease A
キーワードHYDROLASE / RIBONUCLEASE / ENDONUCLEASE / NUCLEOTIDE INHIBITOR
機能・相同性
機能・相同性情報


pancreatic ribonuclease / ribonuclease A activity / RNA nuclease activity / nucleic acid binding / lyase activity / defense response to Gram-positive bacterium / extracellular region
類似検索 - 分子機能
P-30 Protein / Ribonuclease A-like domain / Pancreatic ribonuclease / Ribonuclease A, active site / Ribonuclease A-domain / Ribonuclease A-like domain superfamily / Pancreatic ribonuclease / Pancreatic ribonuclease family signature. / Pancreatic ribonuclease / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-139 / Ribonuclease pancreatic
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Jardine, A.M. / Leonidas, D.D. / Jenkins, J.L. / Park, C. / Raines, R.T. / Acharya, K.R. / Shapiro, R.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2001
タイトル: Cleavage of 3',5'-Pyrophosphate-Linked Dinucleotides by Ribonuclease A and Angiogenin
著者: Jardine, A.M. / Leonidas, D.D. / Jenkins, J.L. / Park, C. / Raines, R.T. / Acharya, K.R. / Shapiro, R.
履歴
登録2001年7月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年6月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月4日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42018年2月7日Group: Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow
Item: _exptl_crystal_grow.pdbx_details / _exptl_crystal_grow.temp
改定 1.52023年8月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pancreatic Ribonuclease A
B: Pancreatic Ribonuclease A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,0543
ポリマ－27,4172
非ポリマー6371
水4,774265
1
A: Pancreatic Ribonuclease A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,3462
ポリマ－13,7081
非ポリマー6371
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Pancreatic Ribonuclease A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,7081
ポリマ－13,7081
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)99.822, 32.291, 72.061
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.04, 90.00
Int Tables number5
Cell settingmonoclinic
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1016-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Pancreatic Ribonuclease A / E.C.3.1.27.5 / RNASE 1 / RNASE A


分子量: 13708.326 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 器官: pankreas / 参照: UniProt: P61823, EC: 3.1.27.5
#2: 化合物 ChemComp-139 / ADENOSINE-5'-[TRIHYDROGEN DIPHOSPHATE] P'-3'-ESTER WITH 2'-DEOXYURIDINE


分子量: 637.388 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H25N7O14P2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 265 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.91 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: PEG 4000, sodium citrate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP at 289K
結晶化
*PLUS
温度: 16 ℃ / 詳細: Leonidas, D.D., (1997) Biochemistry, 36, 5578.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
110 mg/mlprotein1drop
210 mMsodium citrate1drop
310 %PEG40001drop
420 %PEG40001reservoir
520 Msodium citrate1reservoirpH5.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: ENRAF-NONIUS / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年7月22日
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→30 Å / Num. all: 18095 / Num. obs: 18095 / % possible obs: 84.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.3 % / Biso Wilson estimate: 21.7 Å2 / Rsym value: 0.086
反射 シェル解像度: 1.8→1.91 Å / Rsym value: 0.262 / % possible all: 80.8
反射
*PLUS
最高解像度: 1.8 Å / 最低解像度: 30 Å / Num. measured all: 41852 / Rmerge(I) obs: 0.086
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 80.8 % / Rmerge(I) obs: 0.262

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータスケーリング
AUTOMARデータ削減
AMoRE位相決定
X-PLOR3.851精密化
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1afu

1afu


解像度: 1.8→30 Å / Rfactor Rfree error: 0.01 / Data cutoff high absF: 10000000 / Data cutoff low absF: 0.001 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.295 868 4.8 %RANDOM
Rwork0.225 ---
all0.2251 18095 --
obs0.2251 18095 84.5 %-
原子変位パラメータBiso mean: 26.3 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.3 Å0.25 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.33 Å0.3 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1902 0 42 265 2209
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d27
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d0.88
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it1.671.5
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it2.622
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it2.632
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it3.942.5
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.91 Å / Rfactor Rfree error: 0.035 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.395 127 4.8 %
Rwork0.366 2506 -
obs--74.4 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMTOPHCSDX.TOP
X-RAY DIFFRACTION2PARAMTOP
X-RAY DIFFRACTION3LIG.PARAMLIG.TOP
精密化
*PLUS
最高解像度: 1.8 Å / 最低解像度: 30 Å / % reflection Rfree: 5 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg27
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg0.88

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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