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万見
- PDB-1jn0: Crystal structure of the non-regulatory A4 isoform of spinach chl... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1jn0
タイトルCrystal structure of the non-regulatory A4 isoform of spinach chloroplast glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase complexed with NADP
要素GLYCERALDEHYDE-3-PHOSPHATE DEHYDROGENASE A
キーワードOXIDOREDUCTASE / ROSSMANN FOLD / PROTEIN-NADP COMPLEX / NADPH
機能・相同性
機能・相同性情報


glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (NADP+) (phosphorylating) / glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (NADP+) (phosphorylating) activity / reductive pentose-phosphate cycle / glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (NAD+) (phosphorylating) activity / chloroplast / glucose metabolic process / NAD binding / NADP binding
類似検索 - 分子機能
Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, active site / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase active site. / Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase, type I / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, NAD binding domain / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, NAD(P) binding domain / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, catalytic domain / Glyceraldehyde/Erythrose phosphate dehydrogenase family / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, C-terminal domain / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, NAD binding domain / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 ...Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, active site / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase active site. / Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase, type I / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, NAD binding domain / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, NAD(P) binding domain / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, catalytic domain / Glyceraldehyde/Erythrose phosphate dehydrogenase family / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, C-terminal domain / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, NAD binding domain / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-NDP / Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase A, chloroplastic
類似検索 - 構成要素
生物種Spinacia oleracea (ホウレンソウ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Fermani, S. / Ripamonti, A. / Sabatino, P. / Zanotti, G. / Scagliarini, S. / Sparla, F. / Trost, P. / Pupillo, P.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2001
タイトル: Crystal structure of the non-regulatory A(4 )isoform of spinach chloroplast glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase complexed with NADP.
著者: Fermani, S. / Ripamonti, A. / Sabatino, P. / Zanotti, G. / Scagliarini, S. / Sparla, F. / Trost, P. / Pupillo, P.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1999
タイトル: Crystallization and preliminary X-ray study of chloroplast glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase
著者: Sabatino, P. / Fermani, S. / Ripamonti, A. / Cassetta, A. / Scagliarini, S. / Trost, P.
#2: ジャーナル: J.Exp.Bot. / 年: 1998
タイトル: The non-regulatory isoform of NADP(H)-glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase from spinach chloroplasts
著者: Scagliarini, S. / Trost, P. / Pupillo, P.
#3: ジャーナル: Biochim.Biophys.Acta / 年: 1990
タイトル: Chloroplast glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (NADP): amino acid sequence of the subunits from isoenzyme I and structural relationship with isoenzyme II.
著者: Ferri, G. / Stoppini, M. / Meloni, M. / Zapponi, M.C. / Iadarola, P.
履歴
登録2001年7月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年11月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32014年11月12日Group: Structure summary
改定 1.42023年8月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
O: GLYCERALDEHYDE-3-PHOSPHATE DEHYDROGENASE A
A: GLYCERALDEHYDE-3-PHOSPHATE DEHYDROGENASE A
B: GLYCERALDEHYDE-3-PHOSPHATE DEHYDROGENASE A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)110,84912
ポリマ－108,0363
非ポリマー2,8139
水3,819212
1
A: GLYCERALDEHYDE-3-PHOSPHATE DEHYDROGENASE A
B: GLYCERALDEHYDE-3-PHOSPHATE DEHYDROGENASE A
ヘテロ分子

A: GLYCERALDEHYDE-3-PHOSPHATE DEHYDROGENASE A
B: GLYCERALDEHYDE-3-PHOSPHATE DEHYDROGENASE A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)147,79916
ポリマ－144,0494
非ポリマー3,75012
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_665-x+3/2,-y+3/2,z1
Buried area20500 Å2
ΔGint-259 kcal/mol
Surface area42560 Å2
手法PISA, PQS
2
O: GLYCERALDEHYDE-3-PHOSPHATE DEHYDROGENASE A
ヘテロ分子

O: GLYCERALDEHYDE-3-PHOSPHATE DEHYDROGENASE A
ヘテロ分子

O: GLYCERALDEHYDE-3-PHOSPHATE DEHYDROGENASE A
ヘテロ分子

O: GLYCERALDEHYDE-3-PHOSPHATE DEHYDROGENASE A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)147,79916
ポリマ－144,0494
非ポリマー3,75012
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-x+1,-y+1,z1
crystal symmetry operation3_656-x+1,y,-z+11
crystal symmetry operation4_566x,-y+1,-z+11
Buried area20470 Å2
ΔGint-253 kcal/mol
Surface area42300 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)146.249, 182.184, 106.026
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number21
Cell settingorthorhombic
Space group name H-MC222
詳細One tetramer with crystallographic 222 symmetry is generated from the monomer O by the operations -x, -y, z and -x, y, -z and x, -y, -z another similar tetramer with a crystallographic 2 symmetry is generated from the dimer O'R' by the operation 1/2-x, 1/2-y, z.

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要素

#1: タンパク質 GLYCERALDEHYDE-3-PHOSPHATE DEHYDROGENASE A / E.C.1.2.1.13 / NADP-dependent glyceraldehydephosphate dehydrogenase subunit A /


分子量: 36012.160 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: tetramer GAPDH 2 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 細胞内の位置: CHLOROPLAST
参照: UniProt: P19866, glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (NADP+) (phosphorylating)
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-NDP / NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE


分子量: 745.421 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H30N7O17P3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 212 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.36 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: Ammonium sulphate, Tris-HCl, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP at 298K
結晶化
*PLUS
温度: 293 K / pH: 7
詳細: Sabatino, P., (1999) Acta Crystallogr., Sect.D, 55, 566.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
110 mg/mlprotein1drop
220 mMpotassium phosphate1droppH7
31 mMNADP+1drop
41.2-1.5 Mammonium sulfate1reservoir
50.1 MTris-HCl1reservoirpH8.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 5.2R / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年5月3日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→69 Å / Num. all: 28763 / Num. obs: 26762 / % possible obs: 93 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.13 / Rsym value: 0.132 / Net I/σ(I): 7.11
反射 シェル解像度: 3→3.11 Å / Rmerge(I) obs: 0.499 / Num. unique all: 2308 / Rsym value: 0.437 / % possible all: 80.8
反射
*PLUS
% possible obs: 93 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
CNS1精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2DBV

2dbv


解像度: 3→49.58 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Data cutoff high absF: 4360318.29 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: Chains A and B correspond to O' and R' respectively. Arg23, Asp70 and Ala337 were deleted from the model because the electron density did not allow their positioning. Each monomer is numbered 1 to 337.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.254 1841 6.9 %RANDOM
Rwork0.213 ---
obs0.213 26750 93 %-
all-28763 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 49.1735 Å2 / ksol: 0.37947 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 44.1 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-28.74 Å20 Å20 Å2
2---5.14 Å20 Å2
3----23.6 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.45 Å0.36 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.69 Å0.56 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→49.58 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7563 0 174 212 7949
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.016
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg2.2
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d24.6
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d5.26
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it3.611.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it5.612
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it6.192
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it8.822.5
LS精密化 シェル解像度: 3→3.19 Å / Rfactor Rfree error: 0.023 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.386 285 7.4 %
Rwork0.32 3579 -
obs--81.9 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2NDP.PARAMNDP.TOP
X-RAY DIFFRACTION3WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION4ION.PARAMION.TOP
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最低解像度: 69 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 5 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 44.1 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg2.2
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg24.6
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg5.26
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it3.611.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it6.192
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it5.612
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it8.822.5
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.386 / % reflection Rfree: 7.4 % / Rfactor Rwork: 0.32

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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