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- PDB-1jms: Crystal Structure of the Catalytic Core of Murine Terminal Deoxyn... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1jms
タイトルCrystal Structure of the Catalytic Core of Murine Terminal Deoxynucleotidyl Transferase
要素TERMINAL DEOXYNUCLEOTIDYLTRANSFERASE
キーワードTRANSFERASE / polymerase / nucleotidyl transferase
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA nucleotidylexotransferase / DNA nucleotidylexotransferase activity / DNA modification / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ / DNA metabolic process / response to ATP / euchromatin / double-strand break repair via nonhomologous end joining / nuclear matrix / DNA-directed DNA polymerase activity ...DNA nucleotidylexotransferase / DNA nucleotidylexotransferase activity / DNA modification / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ / DNA metabolic process / response to ATP / euchromatin / double-strand break repair via nonhomologous end joining / nuclear matrix / DNA-directed DNA polymerase activity / hydrolase activity / chromatin / DNA binding / nucleoplasm / metal ion binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
DNA nucleotidylexotransferase (TdT) / Polymerase, nucleotidyl transferase domain / Nucleotidyltransferase domain / DNA nucleotidylexotransferase (TdT) / DNA-directed DNA/RNA polymerase mu / Beta Polymerase; domain 3 / DNA polymerase, thumb domain / BRCA1 C Terminus (BRCT) domain / DNA polymerase beta, N-terminal domain-like / DNA polymerase lambda, fingers domain / Fingers domain of DNA polymerase lambda ...DNA nucleotidylexotransferase (TdT) / Polymerase, nucleotidyl transferase domain / Nucleotidyltransferase domain / DNA nucleotidylexotransferase (TdT) / DNA-directed DNA/RNA polymerase mu / Beta Polymerase; domain 3 / DNA polymerase, thumb domain / BRCA1 C Terminus (BRCT) domain / DNA polymerase beta, N-terminal domain-like / DNA polymerase lambda, fingers domain / Fingers domain of DNA polymerase lambda / breast cancer carboxy-terminal domain / DNA-directed DNA polymerase X / DNA polymerase X family / DNA polymerase family X, binding site / DNA polymerase family X signature. / DNA polymerase beta-like, N-terminal domain / DNA polymerase lambda lyase domain superfamily / Helix-hairpin-helix domain / DNA polymerase family X / DNA polymerase beta, thumb domain / DNA polymerase, thumb domain superfamily / DNA polymerase beta thumb / Beta Polymerase, domain 2 / Beta Polymerase; domain 2 / BRCT domain profile. / BRCT domain / BRCT domain superfamily / Nucleotidyltransferase superfamily / 5' to 3' exonuclease, C-terminal subdomain / DNA polymerase; domain 1 / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA nucleotidylexotransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 解像度: 2.36 Å
データ登録者Delarue, M. / Boule, J.B. / Lescar, J. / Expert-Bezancon, N. / Sukumar, N. / Jourdan, N. / Rougeon, F. / Papanicolaou, C.
引用
ジャーナル: Embo J. / 年: 2002
タイトル: Crystal structures of a template-independent DNA polymerase: murine terminal deoxynucleotidyltransferase.
著者: Delarue, M. / Boule, J.B. / Lescar, J. / Expert-Bezancon, N. / Jourdan, N. / Sukumar, N. / Rougeon, F. / Papanicolaou, C.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2000
タイトル: Crystallization of the Catalytic Domain of Murine Deoxynucleotidyl Transferase
著者: Sukumar, N. / Boule, J.B. / Expert-Bezancon, N. / Jourdan, N. / Lescar, J. / Rougeon, F. / Papanicolaou, C. / Delarue, M.
履歴
登録2001年7月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年1月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TERMINAL DEOXYNUCLEOTIDYLTRANSFERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,6503
ポリマ－43,6031
非ポリマー472
水3,855214
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)47.100, 85.200, 111.700
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質 TERMINAL DEOXYNUCLEOTIDYLTRANSFERASE / TERMINAL ADDITION ENZYME


分子量: 43602.648 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: short isoform / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: TDT / プラスミド: pET28(b) / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-DE3 / 参照: UniProt: P09838, DNA nucleotidylexotransferase
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 214 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 50 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: PEG 4000, LiCl 1M, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K
結晶化
*PLUS
温度: 253 K
詳細: Sukumar, N., (2000) Acta Crystallogr., Sect.D, 56, 1662.
pH: 6.8
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
120 mMTris-HCl1droppH6.8
2200 mM1dropNaCl
350 mM1dropMg(OAc)2
4100 mMammonium sulfate1drop
510 mg/mlprotein1drop

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-3 / 波長: 0.94 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 1999年4月25日
放射モノクロメーター: diamond / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.94 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.35→25 Å / Num. all: 19351 / Num. obs: 19351 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.2 % / Biso Wilson estimate: 46.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.059 / Rsym value: 0.059 / Net I/σ(I): 25.3
反射 シェル解像度: 2.35→2.4 Å / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.34 / Mean I/σ(I) obs: 4.1 / Rsym value: 0.34 / % possible all: 98.4
反射
*PLUS
最低解像度: 20 Å / Num. measured all: 99454
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 98.4 % / Num. unique obs: 1224 / Rmerge(I) obs: 0.34

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解析

ソフトウェア
名称分類
MLPHARE位相決定
CNS精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 2.36→18 Å / Data cutoff high rms absF: 1000 / Isotropic thermal model: yes / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: MLF
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.259 968 5 %random
Rwork0.214 ---
all0.218 18766 --
obs0.218 18766 99.8 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 38.91 Å2 / ksol: 0.3511 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 39.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-7.696 Å20 Å20 Å2
2--6.953 Å20 Å2
3----14.649 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.36→18 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2909 0 2 214 3125
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.092
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.4331.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.242
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.3552
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.4142.5
LS精密化 シェル解像度: 2.36→2.4 Å / Total num. of bins used: 19
Rfactor反射数%反射
Rfree0.38 45 5 %
Rwork0.3178 841 -
obs--98.4 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2cis_peptide.param
X-RAY DIFFRACTION3water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION4ion.paramion.top
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.35 Å / 最低解像度: 18 Å / Num. reflection obs: 17984 / σ(F): 0 / Num. reflection Rfree: 973 / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor obs: 0.21 / Rfactor Rfree: 0.258
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 39.2 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.0064
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.08
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.5
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.38 / % reflection Rfree: 5 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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