ソフトウェア | 名称 | バージョン | 分類 |
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EPMR | | 位相決定 | CNS | 1 | 精密化 | SCALEPACK | | データスケーリング |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1hz5 解像度: 1.9→23.59 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Data cutoff high absF: 1501114.86 / Data cutoff high rms absF: 1501114.86 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Maximum Likelyhood
| Rfactor | 反射数 | %反射 | Selection details |
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Rfree | 0.218 | 873 | 9.9 % | RANDOM |
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Rwork | 0.193 | - | - | - |
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all | - | 8795 | - | - |
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obs | - | 8777 | 99.7 % | - |
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 48.4941 Å2 / ksol: 0.360826 e/Å3 |
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原子変位パラメータ | Biso mean: 29.3 Å2
| Baniso -1 | Baniso -2 | Baniso -3 |
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1- | 2.89 Å2 | 0 Å2 | 0 Å2 |
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2- | - | -0.07 Å2 | 0 Å2 |
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3- | - | - | -2.82 Å2 |
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Refine analyze | | Free | Obs |
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Luzzati coordinate error | 0.25 Å | 0.21 Å |
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Luzzati d res low | - | 5 Å |
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Luzzati sigma a | 0.1 Å | 0.08 Å |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→23.59 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 559 | 0 | 3 | 39 | 601 |
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拘束条件 | Refine-ID | タイプ | Dev ideal | Dev ideal target |
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X-RAY DIFFRACTION | c_bond_d0.008 | | X-RAY DIFFRACTION | c_angle_deg1.4 | | X-RAY DIFFRACTION | c_dihedral_angle_d26.7 | | X-RAY DIFFRACTION | c_improper_angle_d0.72 | | X-RAY DIFFRACTION | c_mcbond_it1.42 | 1.5 | X-RAY DIFFRACTION | c_mcangle_it2.19 | 2 | X-RAY DIFFRACTION | c_scbond_it3.24 | 2 | X-RAY DIFFRACTION | c_scangle_it4.7 | 2.5 | | | | | | | | |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.9→2.02 Å / Rfactor Rfree error: 0.02 / Total num. of bins used: 6
| Rfactor | 反射数 | %反射 |
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Rfree | 0.234 | 137 | 9.5 % |
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Rwork | 0.204 | 1301 | - |
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obs | - | 1335 | 99.7 % |
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Xplor file | Refine-ID | Serial no | Param file | Topol file |
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X-RAY DIFFRACTION | 1 | PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOPX-RAY DIFFRACTION | 2 | WATER_REP.PARAM | X-RAY DIFFRACTION | 3 | CARBOHYDRATE.PARAM | X-RAY DIFFRACTION | 4 | ION.PARAM | | | | | |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: refinement |
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精密化 | *PLUS σ(F): 0 / % reflection Rfree: 9.9 % / Rfactor obs: 0.193 |
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溶媒の処理 | *PLUS |
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原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 29.3 Å2 |
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拘束条件 | *PLUS Refine-ID | タイプ | Dev ideal | Dev ideal target |
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X-RAY DIFFRACTION | c_angle_deg1.4 | | X-RAY DIFFRACTION | c_dihedral_angle_d | | X-RAY DIFFRACTION | c_dihedral_angle_deg26.7 | | X-RAY DIFFRACTION | c_improper_angle_d | | X-RAY DIFFRACTION | c_improper_angle_deg0.72 | | X-RAY DIFFRACTION | c_mcbond_it | 1.5 | X-RAY DIFFRACTION | c_scbond_it | 2 | X-RAY DIFFRACTION | c_mcangle_it | 2 | X-RAY DIFFRACTION | c_scangle_it | 2.5 | | | | | | | | | |
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rfree: 0.234 / % reflection Rfree: 9.5 % / Rfactor Rwork: 0.204 |
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