+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1jly | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF AMARANTHUS CAUDATUS AGGLUTININ | ||||||
![]() | AGGLUTININ | ||||||
![]() | LECTIN / AGGLUTININ / T-DISACCHARIDE HOMODIMER / BIVALENT | ||||||
機能・相同性 | ![]() Agglutinin domain / Agglutinin domain superfamily / Agglutinin domain / Agglutinin / : / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) - #50 / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) / Trefoil / Mainly Beta 類似検索 - ドメイン・相同性 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Transue, T.R. / Smith, A.K. / Mo, H. / Goldstein, I.J. / Saper, M.A. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure of benzyl T-antigen disaccharide bound to Amaranthus caudatus agglutinin. 著者: Transue, T.R. / Smith, A.K. / Mo, H. / Goldstein, I.J. / Saper, M.A. #1: ![]() タイトル: Isolation and Characterization of Amaranthin, a Lectin Present in the Seeds of Amaranthus Caudatus, that Recognizes the T-(or Cryptic T)-Antigen 著者: Rinderle, S.J. / Goldstein, I.J. / Matta, K.L. / Ratcliffe, R.M. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 133.1 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 109.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
| ||||||||
非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (-0.839, -0.544), ベクター: |
-
要素
#1: タンパク質 | 分子量: 34824.332 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() #2: 水 | ChemComp-HOH / | 配列の詳細 | THE SEQUENCE WAS DEDUCED FROM THE KNOWN SEQUENCE OF AN APPARENT HOMOLOGUE FROM AMARANTHUS ...THE SEQUENCE WAS DEDUCED FROM THE KNOWN SEQUENCE OF AN APPARENT HOMOLOGUE FROM AMARANTHUS | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 57 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
結晶化 | pH: 6.7 / 詳細: pH 6.7 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
|
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 296 K |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1994年3月1日 |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE(002) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | Num. obs: 36419 / % possible obs: 92.3 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.068 / Net I/σ(I): 11.3 |
反射 シェル | 最高解像度: 2.2 Å / Rmerge(I) obs: 0.177 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / % possible all: 72.2 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2.2 Å |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 72.2 % |
-
解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]() 詳細: THE N-TERMINAL ALA 1 APPEARS TO HAVE DENSITY CONSISTENT WITH A FORMYL GROUP ATTACHED TO THE N-TERMINUS.
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 18.6 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→10 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Xplor file |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ソフトウェア | *PLUS 名称: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
|