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- PDB-1jlx: AGGLUTININ IN COMPLEX WITH T-DISACCHARIDE -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1jlx
タイトルAGGLUTININ IN COMPLEX WITH T-DISACCHARIDE
要素AGGLUTININ
キーワードLECTIN / COMPLEX (LECTIN-SACCHARIDE) / T-DISACCHARIDE HOMODIMER / BIVALENT
機能・相同性
機能・相同性情報


Agglutinin domain / Agglutinin domain superfamily / Agglutinin domain / Agglutinin / : / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) - #50 / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) / Trefoil / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Thomsen-Friedenreich antigen / FORMYL GROUP / TOLUENE / : / Agglutinin
類似検索 - 構成要素
生物種Amaranthus caudatus (センニンコク)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Transue, T.R. / Smith, A.K. / Mo, H. / Goldstein, I.J. / Saper, M.A.
引用
ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1997
タイトル: Structure of benzyl T-antigen disaccharide bound to Amaranthus caudatus agglutinin.
著者: Transue, T.R. / Smith, A.K. / Mo, H. / Goldstein, I.J. / Saper, M.A.
#1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1989
タイトル: Isolation and Characterization of Amaranthin, a Lectin Present in the Seeds of Amaranthus Caudatus, that Recognizes the T-(or Cryptic T)-Antigen
著者: Rinderle, S.J. / Goldstein, I.J. / Matta, K.L. / Ratcliffe, R.M.
履歴
登録1997年7月23日処理サイト: BNL
改定 1.01997年12月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月10日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_database_status.process_site / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年8月9日Group: Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: AGGLUTININ
B: AGGLUTININ
A: FORMYL GROUP
B: FORMYL GROUP
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,6368
ポリマ－69,6252
非ポリマー1,0116
水5,350297
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6800 Å2
ΔGint11 kcal/mol
Surface area22830 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)111.300, 99.200, 66.300
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.84, -0.543, -0.001), (-0.543, 0.84, 0.004), (-0.001, 0.004, -1)148.91701, 43.945, -3.597
2given(-0.856, -0.517, -0.015), (-0.518, 0.855, 0.017), (0.003, 0.023, -1)147.084, 41.684, -5.652

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要素

#1: タンパク質 AGGLUTININ / AMARANTHIN / ACA


分子量: 34812.324 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Amaranthus caudatus (センニンコク) / 器官: SEED / 参照: PIR: S24263, UniProt: Q71QF2*PLUS
#2: 多糖 beta-D-galactopyranose-(1-3)-2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-galactopyranose / Thomsen-Friedenreich antigen


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 抗原 / 分子量: 383.349 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: Thomsen-Friedenreich antigen
記述子タイププログラム
DGalpb1-3DGalpNAca1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[a2112h-1a_1-5_2*NCC/3=O][a2112h-1b_1-5]/1-2/a3-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-GalpNAc]{[(3+1)][b-D-Galp]{}}LINUCSPDB-CARE
#3: 化合物
ChemComp-FOR / FORMYL GROUP / ホルムアルデヒド


分子量: 30.026 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O
#4: 化合物 ChemComp-MBN / TOLUENE / トルエン


分子量: 92.138 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H8
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 297 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THE SEQUENCE WAS DEDUCED FROM THE KNOWN SEQUENCE OF AN APPARENT HOMOLOGUE FROM AMARANTHUS ...THE SEQUENCE WAS DEDUCED FROM THE KNOWN SEQUENCE OF AN APPARENT HOMOLOGUE FROM AMARANTHUS HYPOCHONDRIACUS (PIR 99583, 423770) REPORTED AS A "SEED SPECIFIC PROTEIN OF BALANCED NUTRITIONAL QUALITY" (RAINA,A. AND DATTA,A., PROC. NATL. ACAD. SCI. U.S.A. 89, 11774-11778 (1992)), PARTIAL SEQUENCES OF PEPTIDE FRAGMENTS DERIVED FROM THE AMARANTHUS CAUDATUS PROTEIN BY PROTEOLYSIS, AND THE EXPERIMENTAL ELECTRON DENSITY. IT IS ALSO PROBABLE THAT IN SOME (AS YET UNIDENTIFIED) POSITIONS, MORE THAN ONE RESIDUE TYPE CONTRIBUTES TO THE ELECTRON DENSITY. ONLY ONE RESIDUE TYPE PER POSITION HAS BEEN MODELLED.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 4

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 57 %
結晶化pH: 6.7 / 詳細: pH 6.7
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
17.5 mg/mlprotein1drop
20.01 %sodium azide1drop
355 mMHEPES1drop
415 %PEG4001drop
530 %PEG4001reservoir
6100 mMHEPES1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 273 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: A1 / 波長: 0.908
検出器検出器: CCD / 日付: 1994年8月7日
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.908 Å / 相対比: 1
反射Num. obs: 33071 / % possible obs: 88.4 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.109 / Net I/σ(I): 11.3
反射 シェル最高解像度: 2.2 Å / Rmerge(I) obs: 0.272 / Mean I/σ(I) obs: 7.4

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解析

ソフトウェア
名称分類
X-PLORモデル構築
X-PLOR精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
X-PLOR位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1JLY

1jly


解像度: 2.2→10 Å / σ(F): 0
詳細: THE N-TERMINAL ALA 1 APPEARS TO HAVE DENSITY CONSISTENT WITH A FORMYL GROUP ATTACHED TO THE N-TERMINUS.
Rfactor反射数%反射
Rwork0.196 --
obs0.196 32663 88.4 %
原子変位パラメータBiso mean: 23.06 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4858 0 66 297 5221
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.011
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.7
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d26.97
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.318
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PARHCSDX.PROTOPHCSDX.PRO
X-RAY DIFFRACTION2PARAM11.WATTOPH11.WAT
X-RAY DIFFRACTION3PARAM4.CHOTOPH4.CHO
X-RAY DIFFRACTION4TOPH01.FML
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / 分類: refinement
精密化
*PLUS
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg26.97
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.318

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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