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万見
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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1jlo
タイトルSolution Structure of the Noncompetitive Skeletal Muscle Nicotinic Acetylcholine Receptor Antagonist Psi-conotoxin PIIIE
要素PSI-CONOTOXIN PIIIE
キーワードTOXIN / MULTIPLE DISULFIDE BONDS / AMIDATED C-TERMINUS
機能・相同性Conotoxin / Conotoxin / host cell postsynaptic membrane / acetylcholine receptor inhibitor activity / ion channel inhibitor activity / toxin activity / extracellular region / Psi-conotoxin PIIIE
機能・相同性情報
手法溶液NMR / distance geometry molecular dynamics relaxation matrix distance geometry simulated annealing
データ登録者Van Wagoner, R.M. / Ireland, C.M.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 2003
タイトル: An Improved Solution Structure for psi-Conotoxin Piiie
著者: Van Wagoner, R.M. / Ireland, C.M.
#1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1998
タイトル: Three-dimensional Solution Structure of Conotoxin psi-PIIIE, an Acetylcholine Gated Ion Channel Antagonist
著者: Mitchell, S.S. / Shon, K.J. / Foster, M.P. / Davis, D.R. / Olivera, B.M. / Ireland, C.M.
#2: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1997
タイトル: A Noncompetitive Peptide Inhibitor of the Nicotinic Acetylcholine Receptor from Conus purpurascens Venom
著者: Shon, K.J. / Grilley, M. / Jacobsen, R. / Cartier, G.E. / Hopkins, C. / Gray, W.R. / Watkins, M. / Hillyard, D.R. / Rivier, J. / Torres, J. / Yoshikami, D. / Olivera, B.M.
履歴
登録2001年7月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年6月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32011年8月24日Group: Atomic model
改定 1.42025年3月26日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_nmr_software / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PSI-CONOTOXIN PIIIE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,7271
ポリマ－2,7271
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)13 / 50back calculated data agree with experimental NOESY spectrum, structures with the least restraint violations, structures with the lowest energy
代表モデルモデル #5closest to the average

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要素

#1: タンパク質・ペプチド PSI-CONOTOXIN PIIIE


分子量: 2727.181 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: Solid phase chemical synthesis was used to incorporate 3-13C-labeled cysteine at positions 4 and 21. The sequence is the same as the native peptide from CONUS PURPURASCENS (PURPLE CONE).
参照: UniProt: P56529
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D 13C-separated NOESY
121DQF-COSY
232Half-filtered PE-COSY
141Double half-filtered 2D NOESY
NMR実験の詳細Text: This structure was determined using isotopic filtration and isotope-selected 1H observation in addition to standard homonuclear techniques.

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
116 mM psi-conotoxin PIIIE [4,21] 3-13C-Cys; TFA added to pH 3.590% H2O/10% D2O
216 mM psi-conotoxin PIIIE [4,21] 3-13C-Cys100% D2O
試料状態
Conditions-IDイオン強度pH圧 (kPa)温度 (K)
116 mM; hexa-TFA salt 3.48ambient 277 K
216 mM; hexa-TFA salt 3.48ambient 295 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian INOVAVarianINOVA6001
Varian UNITYVarianUNITY5002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
VNMR6.1BVarian, Inc.collection
Felix97MSI, Inc.解析
IRMA97MSI, Inc.iterative matrix relaxation
DGII97MSI, Inc.構造決定
Discover2.98MSI, Inc.構造決定
Discover2.98MSI, Inc.精密化
精密化手法: distance geometry molecular dynamics relaxation matrix distance geometry simulated annealing
ソフトェア番号: 1
詳細: These structures are based on 566 NOE-derived distance restraints, 9 restraints on phi derived from J-coupling, and 13 restraints on chi1 determined from J-coupling and NOE volumes.
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: back calculated data agree with experimental NOESY spectrum, structures with the least restraint violations, structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 13

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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