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万見
- PDB-1jky: Crystal Structure of the Anthrax Lethal Factor (LF): Wild-type LF... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1jky
タイトルCrystal Structure of the Anthrax Lethal Factor (LF): Wild-type LF Complexed with the N-terminal Sequence of MAPKK2
要素
  • Lethal Factor
  • mitogen-activated protein kinase kinase 2
キーワードTOXIN / Lethal Toxin / Mek2 / MAPKK / Uncleaved substrate / Protease-substrate complex
機能・相同性
機能・相同性情報


anthrax lethal factor endopeptidase / epithelial cell proliferation involved in lung morphogenesis / regulation of axon regeneration / mitogen-activated protein kinase kinase / peptidyl-serine autophosphorylation / MAP-kinase scaffold activity / Signaling by MAP2K mutants / positive regulation of cell motility / regulation of Golgi inheritance / peroxisomal membrane ...anthrax lethal factor endopeptidase / epithelial cell proliferation involved in lung morphogenesis / regulation of axon regeneration / mitogen-activated protein kinase kinase / peptidyl-serine autophosphorylation / MAP-kinase scaffold activity / Signaling by MAP2K mutants / positive regulation of cell motility / regulation of Golgi inheritance / peroxisomal membrane / host cell cytosol / trachea formation / Negative feedback regulation of MAPK pathway / regulation of early endosome to late endosome transport / positive regulation of axonogenesis / regulation of stress-activated MAPK cascade / Frs2-mediated activation / ERBB2-ERBB3 signaling pathway / face development / MAP kinase kinase activity / MAPK1 (ERK2) activation / thyroid gland development / Uptake and function of anthrax toxins / Schwann cell development / protein serine/threonine/tyrosine kinase activity / myelination / ERK1 and ERK2 cascade / protein serine/threonine kinase activator activity / insulin-like growth factor receptor signaling pathway / thymus development / Signal transduction by L1 / PDZ domain binding / RAF activation / Signaling by high-kinase activity BRAF mutants / MAP2K and MAPK activation / positive regulation of protein serine/threonine kinase activity / metalloendopeptidase activity / cytoplasmic side of plasma membrane / Signaling by RAF1 mutants / Signaling by moderate kinase activity BRAF mutants / Paradoxical activation of RAF signaling by kinase inactive BRAF / Signaling downstream of RAS mutants / metallopeptidase activity / MAPK cascade / Signaling by BRAF and RAF1 fusions / cell-cell junction / late endosome / heart development / toxin activity / scaffold protein binding / protein tyrosine kinase activity / microtubule / early endosome / protein serine kinase activity / focal adhesion / protein serine/threonine kinase activity / positive regulation of gene expression / positive regulation of DNA-templated transcription / perinuclear region of cytoplasm / Golgi apparatus / endoplasmic reticulum / mitochondrion / proteolysis / zinc ion binding / extracellular region / ATP binding / nucleus / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Anthrax toxin lethal factor, domain 3, chain A / Anthrax toxin lethal factor, domain 3, chain A / Anthrax toxin lethal factor, central domain / Anthrax toxin lethal factor, middle domain / Anthrax toxin, lethal/endema factor / Anthrax toxin, lethal/endema factor, N-/C-terminal / : / Anthrax toxin lethal factor, N- and C-terminal domain / Anthrax toxin lethal factor (ATLF)-like domain profile. / Toxin ADP-ribosyltransferase; Chain A, domain 1 ...Anthrax toxin lethal factor, domain 3, chain A / Anthrax toxin lethal factor, domain 3, chain A / Anthrax toxin lethal factor, central domain / Anthrax toxin lethal factor, middle domain / Anthrax toxin, lethal/endema factor / Anthrax toxin, lethal/endema factor, N-/C-terminal / : / Anthrax toxin lethal factor, N- and C-terminal domain / Anthrax toxin lethal factor (ATLF)-like domain profile. / Toxin ADP-ribosyltransferase; Chain A, domain 1 / Toxin ADP-ribosyltransferase; Chain A, domain 1 / : / Collagenase (Catalytic Domain) / Collagenase (Catalytic Domain) / Metallopeptidase, catalytic domain superfamily / Neutral zinc metallopeptidases, zinc-binding region signature. / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Lethal factor / Dual specificity mitogen-activated protein kinase kinase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus anthracis (炭疽菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.9 Å
データ登録者Pannifer, A.D. / Wong, T.Y. / Schwarzenbacher, R. / Renatus, M. / Petosa, C. / Collier, R.J. / Bienkowska, J. / Lacy, D.B. / Park, S. / Leppla, S.H. ...Pannifer, A.D. / Wong, T.Y. / Schwarzenbacher, R. / Renatus, M. / Petosa, C. / Collier, R.J. / Bienkowska, J. / Lacy, D.B. / Park, S. / Leppla, S.H. / Hanna, P. / Liddington, R.C.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2001
タイトル: Crystal structure of the anthrax lethal factor.
著者: Pannifer, A.D. / Wong, T.Y. / Schwarzenbacher, R. / Renatus, M. / Petosa, C. / Bienkowska, J. / Lacy, D.B. / Collier, R.J. / Park, S. / Leppla, S.H. / Hanna, P. / Liddington, R.C.
履歴
登録2001年7月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年11月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年2月8日Group: Structure summary
改定 1.42017年10月4日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.52023年8月16日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
Remark 400COMPOUND THE AUTHORS NOTE THAT THE MAPKK2 16MER PEPTIDE BOUND IN THE ACTIVE SITE OF THE LETHAL ...COMPOUND THE AUTHORS NOTE THAT THE MAPKK2 16MER PEPTIDE BOUND IN THE ACTIVE SITE OF THE LETHAL FACTOR PROTEIN INFERRED FROM THIS STRUCTURE IS NOT IN THE PRODUCTIVE ORIENTATION FOR PROTEOLYSIS. PLEASE REFER TO THE STRUCTURES WITH PDB ID CODES 1PWV AND 1PWW, FOR THE PRODUCTIVE CONFORMATION OF AN OPTIMAL PEPTIDE SUBSTRATE BOUND IN THE LETHAL FACTOR ACTIVE SITE.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lethal Factor
B: mitogen-activated protein kinase kinase 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,1502
ポリマ－92,1502
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)330.700, 330.700, 330.700
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number214
Space group name H-MI4132

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要素

#1: タンパク質 Lethal Factor / LF


分子量: 90356.812 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: MATURE FORM / 由来: (組換発現) Bacillus anthracis (炭疽菌) / 発現宿主: Bacillus anthracis (炭疽菌) / 株 (発現宿主): BH441 / 参照: UniProt: P15917
#2: タンパク質・ペプチド mitogen-activated protein kinase kinase 2 / MAPKK2 / Mek2


分子量: 1793.247 Da / 分子数: 1 / Fragment: N-terminus / 由来タイプ: 合成
詳細: This protein was chemically synthesized. It is based on a sequence from Homo sapiens (human).
参照: GenBank: 13489054, UniProt: P36507*PLUS, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; キナーゼ（アルコールにつなげるもの）

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 8.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 86 %
結晶化pH: 8 / 詳細: 1.9M Ammonium sulfate, 0.2M Tris pH 8.0, 2mM EDTA

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 1.08
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2001年3月28日
放射モノクロメーター: 0.87 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.08 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.9→50.6 Å / Num. all: 22906 / Num. obs: 22906 / % possible obs: 84.9 % / 冗長度: 3.7 % / Rsym value: 0.103 / Net I/σ(I): 12.9
反射 シェル解像度: 3.9→4 Å / 冗長度: 3.5 % / Mean I/σ(I) obs: 2 / Rsym value: 0.631 / % possible all: 88.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZODENZOデータ削減
SCALEPACKDENZOデータスケーリング
CCP4MOLREPモデル構築
REFMAC精密化
CNS精密化
CCP4(MOLREP)位相決定
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1J7N

1j7n


解像度: 3.9→50.6 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.886 / SU B: 27.142 / SU ML: 0.4 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.6 / 立体化学のターゲット値: maximum likelihood
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.316 1154 4.8 %RANDOM
Rwork0.296 ---
obs0.296 22906 85 %-
溶媒の処理溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 118.741 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.9→50.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5734 0 0 0 5734
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.114
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd0.307
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it1.415
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it2.417
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it1.245
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it2.072
LS精密化 シェル解像度: 3.9→4.001 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.403 84
Rwork0.387 1741

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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