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万見
- PDB-1jkv: Crystal Structure of Manganese Catalase from Lactobacillus planta... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1jkv
タイトルCrystal Structure of Manganese Catalase from Lactobacillus plantarum complexed with azide
要素pseudocatalase
キーワードOXIDOREDUCTASE / hexamer / catalase dimanganese / metalloenzyme
機能・相同性
機能・相同性情報


catalase / catalase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
manganese catalase, domain 2, chain A / manganese catalase, domain 2, chain A / Manganese catalase, C-terminal / Manganese catalase / Manganese catalase, ferritin-like di-iron-binding domain / Manganese containing catalase / Ferritin, core subunit, four-helix bundle / Ferritin / Ferritin-like / Ferritin-like superfamily ...manganese catalase, domain 2, chain A / manganese catalase, domain 2, chain A / Manganese catalase, C-terminal / Manganese catalase / Manganese catalase, ferritin-like di-iron-binding domain / Manganese containing catalase / Ferritin, core subunit, four-helix bundle / Ferritin / Ferritin-like / Ferritin-like superfamily / Up-down Bundle / 2-Layer Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
AZIDE ION / MANGANESE (III) ION / HYDROXIDE ION / Manganese catalase
類似検索 - 構成要素
生物種Lactobacillus plantarum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.39 Å
データ登録者Barynin, V.V. / Whittaker, M.M. / Antonyuk, S.V. / Lamzin, V.S. / Harrison, P.M. / Artymiuk, P.J. / Whittaker, J.W.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2001
タイトル: Crystal structure of manganese catalase from Lactobacillus plantarum.
著者: Barynin, V.V. / Whittaker, M.M. / Antonyuk, S.V. / Lamzin, V.S. / Harrison, P.M. / Artymiuk, P.J. / Whittaker, J.W.
履歴
登録2001年7月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年7月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32016年12月14日Group: Structure summary
改定 1.42023年8月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: pseudocatalase
B: pseudocatalase
C: pseudocatalase
D: pseudocatalase
E: pseudocatalase
F: pseudocatalase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)181,06563
ポリマ－178,6766
非ポリマー2,38957
水27,6351534
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area66810 Å2
ΔGint-455 kcal/mol
Surface area41150 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)74.210, 95.550, 106.110
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 106.18, 90.00
Int Tables number4
Cell settingmonoclinic
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 6分子 ABCDEF

#1: タンパク質
pseudocatalase / E.C.1.11.1.6 / MANGANESE-CONTAINING CATALASE /


分子量: 29779.379 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Lactobacillus plantarum (バクテリア) / 株: ATCC 14431 / 参照: UniProt: P60355, catalase

-
非ポリマー , 6種, 1591分子

#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物
ChemComp-OH / HYDROXIDE ION / ヒドロキシド


分子量: 17.007 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 合成 / 式: HO
#4: 化合物
ChemComp-AZI / AZIDE ION / アザイド


分子量: 42.020 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: N3
#5: 化合物
ChemComp-MN3 / MANGANESE (III) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#6: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1534 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.15 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.7
詳細: PEG 8000, TAPS, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP at 291K, pH 8.7
結晶化
*PLUS
温度: 17 ℃
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
120 mg/mlprotein1drop
225 %PEG80001reservoir
30.1 MTAPS1reservoirpH8.7

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX9.6 / 波長: 0.811 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 1999年9月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.811 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.39→17 Å / Num. all: 269006 / Num. obs: 269006 / % possible obs: 95.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.05 / Rsym value: 5 / Net I/σ(I): 16.4
反射 シェル解像度: 1.39→1.43 Å / 冗長度: 2.1 % / Rmerge(I) obs: 0.14 / Mean I/σ(I) obs: 4.1 / Num. unique all: 15234 / Rsym value: 14 / % possible all: 78.3
反射
*PLUS
最高解像度: 1.4 Å / Num. measured all: 663270 / Rmerge(I) obs: 0.05
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 1.4 Å / 最低解像度: 1.42 Å / % possible obs: 78.3 % / Rmerge(I) obs: 0.14 / Mean I/σ(I) obs: 4.13

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解析

ソフトウェア
名称分類
REFMAC精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1JKU

1jku


解像度: 1.39→17 Å / Isotropic thermal model: anisotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / σ(I): 1 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.12961 13879 5.1 %RANDOM
Rwork0.10379 ---
all0.1037 260556 --
obs0.10509 260556 97.24 %-
溶媒の処理溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 11.975 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.35 Å20 Å2-0.36 Å2
2---0.06 Å20 Å2
3---0.21 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.39→17 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12504 0 114 1534 14152
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.014012912
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d1.5451.917348
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it1.3541.57928
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it1.959212679
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it3.1134984
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it4.5314.54669
LS精密化 シェル解像度: 1.39→1.43 Å / Rfactor Rfree error: 0.043 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.172 860 -
Rwork0.119 --
obs-15234 77.8 %
精密化
*PLUS
最高解像度: 1.4 Å / 最低解像度: 17 Å / Num. reflection Rfree: 13288 / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor all: 0.1037 / Rfactor obs: 0.10509 / Rfactor Rfree: 0.13 / Rfactor Rwork: 0.104
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal targetDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.02
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg21.54
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.172 / Rfactor Rwork: 0.119

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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