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- PDB-1jkt: TETRAGONAL CRYSTAL FORM OF A CATALYTIC DOMAIN OF DEATH-ASSOCIATED... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1jkt
タイトルTETRAGONAL CRYSTAL FORM OF A CATALYTIC DOMAIN OF DEATH-ASSOCIATED PROTEIN KINASE
要素DEATH-ASSOCIATED PROTEIN KINASE
キーワードTRANSFERASE
機能・相同性
機能・相同性情報


cellular response to hydroperoxide / regulation of response to tumor cell / positive regulation of autophagic cell death / DAPK1-calmodulin complex / defense response to tumor cell / Caspase activation via Dependence Receptors in the absence of ligand / regulation of NMDA receptor activity / calcium/calmodulin-dependent protein kinase activity / syntaxin-1 binding / extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors ...cellular response to hydroperoxide / regulation of response to tumor cell / positive regulation of autophagic cell death / DAPK1-calmodulin complex / defense response to tumor cell / Caspase activation via Dependence Receptors in the absence of ligand / regulation of NMDA receptor activity / calcium/calmodulin-dependent protein kinase activity / syntaxin-1 binding / extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / positive regulation of autophagy / apoptotic signaling pathway / cellular response to type II interferon / actin cytoskeleton / protein autophosphorylation / regulation of apoptotic process / eukaryotic translation initiation factor 2alpha kinase activity / 3-phosphoinositide-dependent protein kinase activity / DNA-dependent protein kinase activity / ribosomal protein S6 kinase activity / histone H3S10 kinase activity / histone H2AXS139 kinase activity / histone H3S28 kinase activity / histone H4S1 kinase activity / histone H2BS14 kinase activity / histone H3T3 kinase activity / histone H2AS121 kinase activity / Rho-dependent protein serine/threonine kinase activity / histone H2BS36 kinase activity / histone H3S57 kinase activity / histone H2AT120 kinase activity / AMP-activated protein kinase activity / histone H2AS1 kinase activity / histone H3T6 kinase activity / histone H3T11 kinase activity / histone H3T45 kinase activity / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / calmodulin binding / postsynaptic density / regulation of autophagy / negative regulation of translation / intracellular signal transduction / protein phosphorylation / positive regulation of apoptotic process / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / apoptotic process / negative regulation of apoptotic process / GTP binding / glutamatergic synapse / ATP binding / identical protein binding / nucleus / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Death-associated protein kinase 1 / Roc domain profile. / Roc domain / Ankyrin repeats (many copies) / Death domain profile. / DEATH domain, found in proteins involved in cell death (apoptosis). / Death domain / Death domain / Death-like domain superfamily / Ankyrin repeat ...Death-associated protein kinase 1 / Roc domain profile. / Roc domain / Ankyrin repeats (many copies) / Death domain profile. / DEATH domain, found in proteins involved in cell death (apoptosis). / Death domain / Death domain / Death-like domain superfamily / Ankyrin repeat / Ankyrin repeats (3 copies) / Ankyrin repeat profile. / Ankyrin repeat region circular profile. / ankyrin repeats / Ankyrin repeat / Ankyrin repeat-containing domain superfamily / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Death-associated protein kinase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Tereshko, V. / Teplova, M. / Brunzelle, J. / Watterson, D.M. / Egli, M.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 2001
タイトル: Crystal structures of the catalytic domain of human protein kinase associated with apoptosis and tumor suppression.
著者: Tereshko, V. / Teplova, M. / Brunzelle, J. / Watterson, D.M. / Egli, M.
履歴
登録2001年7月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年4月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DEATH-ASSOCIATED PROTEIN KINASE
B: DEATH-ASSOCIATED PROTEIN KINASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,5892
ポリマ－67,5892
非ポリマー00
水00
1
A: DEATH-ASSOCIATED PROTEIN KINASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,7941
ポリマ－33,7941
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: DEATH-ASSOCIATED PROTEIN KINASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,7941
ポリマ－33,7941
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)58.370, 58.370, 212.610
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number76
Space group name H-MP41

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要素

#1: タンパク質 DEATH-ASSOCIATED PROTEIN KINASE / DAP KINASE 1


分子量: 33794.367 Da / 分子数: 2 / 断片: CATALYTIC DOMAIN, PROTEIN KINASE DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P53355, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; キナーゼ（アルコールにつなげるもの）

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.08 %
結晶化pH: 7 / 詳細: pH 7.00
結晶化
*PLUS
pH: 7.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
16 mg/mlprotein1drop
220 MTris-HCl1droppH7.5
31 mMdithiothreitol1drop
41 mMEDTA1drop
50.1 M1dropNaCl
65 %(w/v)PEG10001reservoir
740 %(v/v)PEG3001reservoir
80.1Tris-HCl1reservoirpH7.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 5ID-B / 波長: 1
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2000年9月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.5→20 Å / Num. obs: 8704 / % possible obs: 96.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.4 % / Rmerge(I) obs: 0.072
反射 シェル解像度: 3.5→4 Å / Rmerge(I) obs: 0.39 / % possible all: 89.2
反射
*PLUS
最高解像度: 3.5 Å / 最低解像度: 20 Å / Rmerge(I) obs: 0.072
反射 シェル
*PLUS
最低解像度: 4 Å / % possible obs: 96.1 % / Num. unique obs: 892 / Rmerge(I) obs: 0.39

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
AMoRE位相決定
REFMAC5精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化解像度: 3.5→58.72 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.857 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.829 / SU B: 37.981 / SU ML: 0.626 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.786 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.29679 903 10.6 %RANDOM
Rwork0.27174 ---
obs0.27286 8255 95.53 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 50.824 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.8 Å20 Å20 Å2
2--4.8 Å20 Å2
3----9.61 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.5→58.72 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4468 0 0 0 4468
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0260.0224564
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.1461.9626166
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg2.9043550
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg21.39715874
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1210.2688
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.023426
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.3840.33113
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2750.5416
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.3710.371
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2470.53
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1661.52750
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.16424466
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.76931814
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.7154.51700
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 3.5→3.576 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.361 38
Rwork0.312 563
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.5572-0.1869-0.23171.6355-0.71691.48750.12730.18570.207-0.2137-0.0456-0.02760.16830.0774-0.08170.23420.0844-0.07650.2395-0.03050.3206-22.191740.352811.713
20.50420.09030.44980.6907-0.20592.9909-0.1006-0.11290.11540.0298-0.014-0.034-0.1379-0.1270.11470.12320.0565-0.05780.08030.00750.23361.687510.7644-0.328
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA2 - 2761 - 275
2X-RAY DIFFRACTION2BB2 - 2761 - 275
精密化
*PLUS
Rfactor obs: 0.273 / Rfactor Rfree: 0.297 / Rfactor Rwork: 0.272
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_deg1.69
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.361 / Rfactor Rwork: 0.312

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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