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- PDB-1jko: Testing the Water-Mediated HIN Recombinase DNA Recognition by Sys... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1jko
タイトルTesting the Water-Mediated HIN Recombinase DNA Recognition by Systematic Mutations
要素
  • 5'-D(*AP*TP*CP*TP*TP*AP*CP*CP*AP*AP*AP*AP*AP*C)-3'
  • 5'-D(*TP*GP*TP*TP*TP*TP*TP*GP*GP*TP*AP*AP*GP*A)-3'
  • DNA-INVERTASE HIN
キーワードDNA BINDING PROTEIN/DNA / WATER-MEDIATED RECOGNITION / PROTEIN-DNA COMPLEX / HIN RECOMBINASE / A10G MUTANT / DNA BINDING PROTEIN-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA strand exchange activity / DNA integration / DNA recombination / DNA binding
類似検索 - 分子機能
Site-specific recombinases signature 2. / Resolvase, HTH domain / Helix-turn-helix domain of resolvase / Recombinase, conserved site / Site-specific recombinases active site. / Resolvase/invertase-type recombinase catalytic domain profile. / Resolvase, N-terminal catalytic domain / Resolvase-like, N-terminal catalytic domain superfamily / Resolvase, N terminal domain / Resolvase, N terminal domain ...Site-specific recombinases signature 2. / Resolvase, HTH domain / Helix-turn-helix domain of resolvase / Recombinase, conserved site / Site-specific recombinases active site. / Resolvase/invertase-type recombinase catalytic domain profile. / Resolvase, N-terminal catalytic domain / Resolvase-like, N-terminal catalytic domain superfamily / Resolvase, N terminal domain / Resolvase, N terminal domain / Homeodomain-like / Homeobox-like domain superfamily / Arc Repressor Mutant, subunit A / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / DNA-invertase hin
類似検索 - 構成要素
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.24 Å
データ登録者Chiu, T.K. / Sohn, C. / Johnson, R.C. / Dickerson, R.E.
引用
ジャーナル: EMBO J. / 年: 2002
タイトル: Testing water-mediated DNA recognition by the Hin recombinase.
著者: Chiu, T.K. / Sohn, C. / Dickerson, R.E. / Johnson, R.C.
#1: ジャーナル: Thesis / 年: 2001
タイトル: How Hin Recombinase, FIS and Cations Bind DNA. Chapter 4. Water-Mediated Sequence-Specific Recognition by Hin Recombinase
著者: Chiu, T.K.
#2: ジャーナル: Science / 年: 1994
タイトル: Hin Recombinase Bound to DNA: The Origin of Specificity in Major and Minor Groove Interactions
著者: Feng, J.A. / Johnson, R.C. / Dickerson, R.E.
履歴
登録2001年7月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年2月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5'-D(*TP*GP*TP*TP*TP*TP*TP*GP*GP*TP*AP*AP*GP*A)-3'
B: 5'-D(*AP*TP*CP*TP*TP*AP*CP*CP*AP*AP*AP*AP*AP*C)-3'
C: DNA-INVERTASE HIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,7274
ポリマ－14,6053
非ポリマー1221
水23413
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)85.612, 81.996, 43.734
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: DNA鎖 5'-D(*TP*GP*TP*TP*TP*TP*TP*GP*GP*TP*AP*AP*GP*A)-3'


分子量: 4340.835 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#2: DNA鎖 5'-D(*AP*TP*CP*TP*TP*AP*CP*CP*AP*AP*AP*AP*AP*C)-3'


分子量: 4216.795 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#3: タンパク質 DNA-INVERTASE HIN / Hin Recombinase


分子量: 6047.051 Da / 分子数: 1 / Fragment: RESIDUES 139 TO 190 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: SYNTHETIC PEPTIDE / 参照: UniProt: P03013
#4: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.74 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: HANGING DROP VAPOR DIFFUSION AT 4C, WITH INITIAL CONCENTRATION IN DROP OF 0.10 MM DNA, 0.06 MM HIN, 10 MM HEPES (PH 7.5), 5 MM CACL2, 13 MM NACL, 2.8% V/V PEG400, AND 1.56 MM NA CACODYLATE. ...詳細: HANGING DROP VAPOR DIFFUSION AT 4C, WITH INITIAL CONCENTRATION IN DROP OF 0.10 MM DNA, 0.06 MM HIN, 10 MM HEPES (PH 7.5), 5 MM CACL2, 13 MM NACL, 2.8% V/V PEG400, AND 1.56 MM NA CACODYLATE. RESERVOIR SOLUTION CONTAINS 100 MM HEPES (PH 7.5), 50 MM CACL2, AND 25% PEG400. CONCENTRATION OF PEG400 IN RESERVOIR SOLUTION WAS INCREASED IN 5% INCREMENTS TO 35%., pH 7.50, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1DNA11
2HIN11
3HEPES11
4CaCl211
5NaCl11
6PEG 40011
7sodium cacodylate11
8HEPES12
9CaCl212
10PEG 40012
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / pH: 8.5 / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
1100 mM1reservoirpH8.5NaCl/CaCl2/Tris
225 %PEG4001reservoir
31
41
51
61
71
81
91
101

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 1.1
検出器タイプ: MAR scanner 300 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年9月1日
放射プロトコル: MOLECULAR REPLACEMENT WITH 1IJW HAVING THE PROPER DNA SUBSTITUTIONS AS THE STARTING MODEL.
単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.24→14 Å / Num. obs: 6235 / % possible obs: 81.27 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 15 % / Biso Wilson estimate: 67 Å2 / Rsym value: 0.068 / Net I/σ(I): 19.7
反射 シェル解像度: 2.24→2.34 Å / 冗長度: 1.49 % / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Rsym value: 0.215 / % possible all: 50.8
反射
*PLUS
% possible obs: 81.3 % / 冗長度: 15 % / Rmerge(I) obs: 0.068
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 50.8 % / Rmerge(I) obs: 0.215 / Mean I/σ(I) obs: 2.1

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解析

ソフトウェア
名称分類
CNS精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1IJW

1ijw


解像度: 2.24→14 Å / Data cutoff high rms absF: 10000 / Isotropic thermal model: ANISOTROPIC_FIXED_ISOTROPIC / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: MLF
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3057 630 8.21 %RANDOM
Rwork0.2439 ---
obs0.2439 6235 81.27 %-
溶媒の処理Bsol: 100 Å2 / ksol: 0.4 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 64 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-19.38 Å20 Å20 Å2
2--2.14 Å20 Å2
3----21.52 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.41 Å0.47 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.73 Å0.74 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.24→14 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数323 568 8 13 912
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.251
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d19.443
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.489
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it4.094
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it6.226
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it6.16
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it9.247
LS精密化 シェル解像度: 2.24→2.34 Å / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.4314 42 4.5 %
Rwork0.466 432 -
obs--50.8 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2DNA-RNA_REP.PARAMDNA-RNA.TOP
X-RAY DIFFRACTION3WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION4ION.PARAMION.TOP
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / 分類: refinement
精密化
*PLUS
% reflection Rfree: 10 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg19.443
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg1.489
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it4.09
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it6.1
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it6.22
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it9.24
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rwork: 0.466 / Rfactor obs: 0.466

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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