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- PDB-1jjr: The Three-Dimensional Structure of the C-terminal DNA Binding Dom... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1jjr
タイトルThe Three-Dimensional Structure of the C-terminal DNA Binding Domain of Human Ku70
要素THYROID AUTOANTIGEN
キーワードDNA BINDING PROTEIN / DNA repair protein / Protein-DNA interaction / Ku70 / solution structure
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of lymphocyte differentiation / Ku70:Ku80 complex / DNA-dependent protein kinase complex / DNA-dependent protein kinase-DNA ligase 4 complex / nonhomologous end joining complex / cellular response to X-ray / regulation of smooth muscle cell proliferation / Cytosolic sensors of pathogen-associated DNA / DNA ligation / IRF3-mediated induction of type I IFN ...positive regulation of lymphocyte differentiation / Ku70:Ku80 complex / DNA-dependent protein kinase complex / DNA-dependent protein kinase-DNA ligase 4 complex / nonhomologous end joining complex / cellular response to X-ray / regulation of smooth muscle cell proliferation / Cytosolic sensors of pathogen-associated DNA / DNA ligation / IRF3-mediated induction of type I IFN / nuclear telomere cap complex / double-strand break repair via classical nonhomologous end joining / recombinational repair / cellular hyperosmotic salinity response / telomeric DNA binding / 2-LTR circle formation / 付加脱離酵素（リアーゼ）; 炭素-酸素リアーゼ類; その他の炭素-酸素リアーゼ / 5'-deoxyribose-5-phosphate lyase activity / positive regulation of protein kinase activity / ATP-dependent activity, acting on DNA / activation of innate immune response / DNA helicase activity / telomere maintenance / cyclin binding / protein-DNA complex / Nonhomologous End-Joining (NHEJ) / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / cellular response to gamma radiation / double-strand break repair via nonhomologous end joining / double-stranded DNA binding / scaffold protein binding / secretory granule lumen / transcription regulator complex / ficolin-1-rich granule lumen / damaged DNA binding / chromosome, telomeric region / transcription cis-regulatory region binding / innate immune response / negative regulation of DNA-templated transcription / Neutrophil degranulation / protein-containing complex binding / nucleolus / positive regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / ATP hydrolysis activity / protein-containing complex / DNA binding / RNA binding / extracellular region / nucleoplasm / ATP binding / membrane / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
SAP domain / Ku70, bridge and pillars domain superfamily / Transcription Termination Factor Rho, Rna-binding Domain; Chain A, Domain 1 / : / Ku70 / Ku70/Ku80 C-terminal arm / Ku70/Ku80 C-terminal arm / Ku70/Ku80, N-terminal alpha/beta / Ku70/Ku80 beta-barrel domain / Ku70/Ku80 N-terminal alpha/beta domain ...SAP domain / Ku70, bridge and pillars domain superfamily / Transcription Termination Factor Rho, Rna-binding Domain; Chain A, Domain 1 / : / Ku70 / Ku70/Ku80 C-terminal arm / Ku70/Ku80 C-terminal arm / Ku70/Ku80, N-terminal alpha/beta / Ku70/Ku80 beta-barrel domain / Ku70/Ku80 N-terminal alpha/beta domain / Ku70 and Ku80 are 70kDa and 80kDa subunits of the Lupus Ku autoantigen / Ku70/Ku80 beta-barrel domain / SPOC-like, C-terminal domain superfamily / SAP domain superfamily / SAP domain / SAP motif profile. / Putative DNA-binding (bihelical) motif predicted to be involved in chromosomal organisation / SAP domain / von Willebrand factor A-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
: / X-ray repair cross-complementing protein 6
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Zhang, Z. / Chen, Y.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2001
タイトル: The three-dimensional structure of the C-terminal DNA-binding domain of human Ku70.
著者: Zhang, Z. / Zhu, L. / Lin, D. / Chen, F. / Chen, D.J. / Chen, Y.
履歴
登録2001年7月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年10月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年2月23日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: THYROID AUTOANTIGEN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,9701
ポリマ－16,9701
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 THYROID AUTOANTIGEN / Ku70


分子量: 16969.523 Da / 分子数: 1 / 断片: C-terminal Domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: Ku70 / プラスミド: pET28a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: GenBank: 339667, UniProt: P12956*PLUS

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1123D 13C-separated NOESY
1233D 15N-separated NOESY
NMR実験の詳細Text: The structure was determined using triple-resonance NMR spectroscopy.

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11.0 mM Ku70_CTD 15N,13C: 100mM Phosphate buffer pH6.090% H2O/10% D2O
21.0 mM Ku70_CTD 15N,13C; 100mM Phosphate buffer pH6.0100% D2O
30.8 mM Ku70_CTD 15N; 100mM Phosphate buffer pH6.090% H2O/10% D2O
試料状態イオン強度: 100 mM Na phosphate / pH: 6 / 圧: 1 atm / 温度: 293 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメータータイプ: Varian UNITYPLUS / 製造業者: Varian / モデル: UNITYPLUS / 磁場強度: 500 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
Felix98MSI解析
VNMR6.1BVariancollection
DYANA1.5Peter Gntert, Christian Mumenthaler & Torsten Herrmann構造決定
X-PLORCNS 1.0A.T.Brunger, P.D.Adams, G.M.Clore, W.L.Delano, P.Gros, R.W.Grosse-Kunstleve,構造決定
X-PLORCNS 1.0A.T.Brunger, P.D.Adams, G.M.Clore, W.L.Delano, P.Gros, R.W.Grosse-Kunstleve,精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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