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万見
- PDB-1jjd: NMR structure of the Cyanobacterial Metallothionein SmtA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1jjd
タイトルNMR structure of the Cyanobacterial Metallothionein SmtA
要素METALLOTHIONEIN
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / zinc finger / zinc cluster / metallothionein
機能・相同性Ribosomal Protein L24e; Chain: T; - #10 / Metallothionein, family 14, prokaryote / Prokaryotic metallothionein / Metallothionein domain superfamily / Ribosomal Protein L24e; Chain: T; / Roll / Mainly Beta / metal ion binding / Metallothionein
機能・相同性情報
生物種Synechococcus elongatus (バクテリア)
手法溶液NMR / distance geometry, torsion angle dynamics
Model type detailsminimized average
データ登録者Sadler, P.J. / Robinson, N.J.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2001
タイトル: A metallothionein containing a zinc finger within a four-metal cluster protects a bacterium from zinc toxicity.
著者: Blindauer, C.A. / Harrison, M.D. / Parkinson, J.A. / Robinson, A.K. / Cavet, J.S. / Robinson, N.J. / Sadler, P.J.
履歴
登録2001年7月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年8月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32024年5月1日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: METALLOTHIONEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,8795
ポリマ－5,6171
非ポリマー2624
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)1 / 500DIANA target function
代表モデルモデル #1minimized average structure

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要素

#1: タンパク質 METALLOTHIONEIN / SmtA


分子量: 5617.299 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Synechococcus elongatus (バクテリア)
株: PCC 7942 / 遺伝子: smtA / プラスミド: pET29a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P30331
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D NOESY
222HNHA
3332D [1H,111Cd] HSQC
NMR実験の詳細Text: the average structure was calculated from the best 20 conformers.

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
13mM Zn4SmtA; 50 mM [D-11]TRIS/HCl buffer; 50mM NaCl;90% H2O/10% D2O
20.4mM 15N labelled Zn-SmtA; 50 mM [D-11]TRIS/HCl buffer; 50mM NaCl;90% H2O/10% D2O
33mM Cd4SmtA; 50 mM [D-11]TRIS/HCl buffer; 50mM NaCl;90% H2O/10% D2O
試料状態
Conditions-IDイオン強度pH圧 (kPa)温度 (K)
150mM NaCl 7ambient 308 K
250mM NaCl 7ambient 308 K
350mM NaCl 7ambient 308 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian UNITYVarianUNITY6001
Bruker DMXBrukerDMX5002
Bruker DMXBrukerDMX3603

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
VNMR6.1cVariancollection
XwinNMR2.1Bruker解析
SYBYL6.3Tripos inc.データ解析
DIANA2.2.1Wuethrich et al構造決定
SYBYL6.3Tripos, Inc.精密化
精密化手法: distance geometry, torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
詳細: the structure is based on a total of 380 restraints, 291 are NOE-derived distance restraints, 37 are dihedral angle restraints, and 52 are zinc-ligand distance restraints.
代表構造選択基準: minimized average structure
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: DIANA target function / 計算したコンフォーマーの数: 500 / 登録したコンフォーマーの数: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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