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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1jj6 | ||||||
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タイトル | Testing the Water-Mediated Hin Recombinase DNA Recognition by Systematic Mutations. | ||||||
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![]() | DNA BINDING PROTEIN/DNA / WATER-MEDIATED RECOGNITION / PROTEIN-DNA COMPLEX / HIN RECOMBINASE / I5 / DNA BINDING PROTEIN-DNA COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Chiu, T.K. / Sohn, C. / Johnson, R.C. / Dickerson, R.E. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Testing water-mediated DNA recognition by the Hin recombinase. 著者: Chiu, T.K. / Sohn, C. / Dickerson, R.E. / Johnson, R.C. #1: ![]() タイトル: How Hin Recombinase, FIS and Cations Bind DNA. Chapter 4. Water-Mediated Sequence-Specific Recognition by Hin Recombinase 著者: Chiu, T.K. #2: ![]() タイトル: Hin Recombinase Bound to DNA: The Origin of Specificity in Major and Minor Groove Interactions 著者: Feng, J.A. / Johnson, R.C. / Dickerson, R.E. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 39.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 24.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 457.9 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 460.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 6.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 7.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 4436.707 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 |
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#2: DNA鎖 | 分子量: 4231.806 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 |
#3: タンパク質 | 分子量: 6047.051 Da / 分子数: 1 / Fragment: RESIDUES 139 TO 190 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: SYNTHETIC PEPTIDE / 参照: UniProt: P03013 |
#4: 化合物 | ChemComp-TRS / |
#5: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.3 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 280 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: Hanging drop vapor diffusion at 4C, with initial concentration in drop of 0.13 mM DNA, 0.33 mM Hin, 46 mM Tris (pH 8.5), 46 mM CaCl2, 63 mM NaCl, 11.6% v/v PEG400, and 2.03 mM Na cacodylate. ...詳細: Hanging drop vapor diffusion at 4C, with initial concentration in drop of 0.13 mM DNA, 0.33 mM Hin, 46 mM Tris (pH 8.5), 46 mM CaCl2, 63 mM NaCl, 11.6% v/v PEG400, and 2.03 mM Na cacodylate. Reservoir solution contains 100 mM Tris (pH 8.5), 100 mM CaCl2, 100 mM NaCl, and 25% PEG400. Concentration of PEG400 in reservoir solution was increased in 5% increments to 35%., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 280K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 |
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結晶化 | *PLUS 温度: 4 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K 詳細: MULTIPLE WAVELENGTH WITH ANOMALOUS SCATTERING USING THREE IODINE AND ONE BROMINE DERIVATIVES. THE IODINE DERIVATIVES REPLACE THYMINE AT POSITIONS 4, 5, AND 7+19 WITH 5-IODO URACIL. THE ...詳細: MULTIPLE WAVELENGTH WITH ANOMALOUS SCATTERING USING THREE IODINE AND ONE BROMINE DERIVATIVES. THE IODINE DERIVATIVES REPLACE THYMINE AT POSITIONS 4, 5, AND 7+19 WITH 5-IODO URACIL. THE BROMINE DERIVATIVE REPLACES CYTOSINE AT POSITION 18 WITH 5-BROMO CYTOSINE. |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | 検出器: CCD / 日付: 1999年6月1日 |
放射 | プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.98 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.3→30 Å / Num. obs: 6695 / % possible obs: 89.55 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 43 % / Biso Wilson estimate: 54 Å2 / Rsym value: 0.067 / Net I/σ(I): 21.07 |
反射 シェル | 解像度: 2.3→2.4 Å / Mean I/σ(I) obs: 6.34 / Rsym value: 0.192 / % possible all: 55.33 |
反射 | *PLUS Rmerge(I) obs: 0.067 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 55.3 % / Rmerge(I) obs: 0.19 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: MIRAS PHASES 解像度: 2.3→30 Å / Isotropic thermal model: ANISOTROPIC_FIXED_ISOTROPIC / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: MLF
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溶媒の処理 | Bsol: 100 Å2 / ksol: 0.35 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 52 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→30 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.3→2.4 Å / Total num. of bins used: 8
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS % reflection Rfree: 10 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 52 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rfree: 0.38 / % reflection Rfree: 6.7 % / Rfactor Rwork: 0.356 / Rfactor obs: 0.356 |