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万見
- PDB-1jid: Human SRP19 in complex with helix 6 of Human SRP RNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1jid
タイトルHuman SRP19 in complex with helix 6 of Human SRP RNA
要素
  • HELIX 6 OF HUMAN SRP RNA
  • SIGNAL RECOGNITION PARTICLE 19 KDA PROTEIN
キーワードSIGNALING PROTEIN/RNA / SIGNAL RECOGNITION PARTICLE (SRP) / PROTEIN-RNA COMPLEX / GGAG TETRALOOP / SIGNALING PROTEIN-RNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane, signal sequence recognition / signal recognition particle, endoplasmic reticulum targeting / signal recognition particle / cotranslational protein targeting to membrane / 7S RNA binding / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / nuclear body / nucleolus / RNA binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Signal recognition particle, SRP19-like subunit / Signal recognition particle, SRP19 subunit / Signal recognition particle, subunit SRP19-like superfamily / SRP19 protein / Phenylalanyl-tRNA Synthetase; Chain B, domain 1 / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / RNA / RNA (> 10) / Signal recognition particle 19 kDa protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / SAD with molecular replacement / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Wild, K. / Sinning, I. / Cusack, S.
引用
ジャーナル: Science / 年: 2001
タイトル: Crystal structure of an early protein-RNA assembly complex of the signal recognition particle.
著者: Wild, K. / Sinning, I. / Cusack, S.
#1: ジャーナル: Structure / 年: 1999
タイトル: The 2 A structure of helix 6 of the human signal recognition particle RNA
著者: Wild, K. / Weichenrieder, O. / Leonard, G.A. / Cusack, S.
履歴
登録2001年7月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年10月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年10月27日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年8月16日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: HELIX 6 OF HUMAN SRP RNA
A: SIGNAL RECOGNITION PARTICLE 19 KDA PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,4684
ポリマ－24,4192
非ポリマー492
水4,990277
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)55.813, 109.782, 89.461
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
詳細The asymmetric unit contains one biological assembly

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要素

#1: RNA鎖 HELIX 6 OF HUMAN SRP RNA


分子量: 9628.433 Da / 分子数: 1 / 変異: C162U / 由来タイプ: 合成
詳細: This sequence occurs naturally in humans. The RNA has been in vitro transcribed using T7 RNA polymerase.
参照: GenBank: 36086
#2: タンパク質 SIGNAL RECOGNITION PARTICLE 19 KDA PROTEIN


分子量: 14791.062 Da / 分子数: 1 / Fragment: 24 C-TERMINAL RESIDUES TRUNCATED / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM109 / 参照: UniProt: P09132
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 277 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 55 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: potassium chloride, magnesium chloride, sodium chloride, PEG 3350, isopropanol, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1KCl11
2MgCl211
3NaCl11
4PEG 335011
5isopropanol11
結晶化
*PLUS
温度: 18 ℃
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
110 mg/mlprotein1drop
250 mMsodium citrate1reservoir
3450 mM1reservoirKCl
410 %PEG33501reservoir
51

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.91902 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2001年5月1日
放射モノクロメーター: Silicium / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91902 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→49.75 Å / Num. all: 24024 / Num. obs: 23784 / % possible obs: 91.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.8 % / Biso Wilson estimate: 19.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.088 / Net I/σ(I): 11.4
反射 シェル解像度: 1.8→1.86 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.197 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / % possible all: 61.2
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 61.2 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
CNS1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
SHARP位相決定
精密化構造決定の手法: SAD with molecular replacement
開始モデル: PDB ENTRY 1D4R

1d4r


解像度: 1.8→49.75 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.35 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.222 1142 4.8 %RANDOM
Rwork0.186 ---
all-25876 --
obs-23740 91.7 %-
溶媒の処理溶媒モデル: CNS bulk solvent model used / Bsol: 65.4191 Å2 / ksol: 0.417491 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 27.63 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-14.07 Å20 Å20 Å2
2---6.27 Å20 Å2
3----7.79 Å2
Refine Biso
クラスRefine-IDTreatment
polymerX-RAY DIFFRACTIONisotropic
nonpolymerX-RAY DIFFRACTIONisotropic
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.23 Å0.18 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.21 Å0.2 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→49.75 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数917 630 10 271 1828
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.017
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg3.4
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d23.6
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d3.18
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it1.941.5
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it2.72
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it2.432
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it3.412.5
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 8

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection Rfree% reflection Rfree (%)Rfactor RworkNum. reflection RworkRfactor Rfree error% reflection obs (%)
1.8-1.880.2621003.10.2619400.02663.9
1.88-1.980.2371364.30.23724270.0280.2
1.98-2.110.2051334.10.20628980.01894.5
2.11-2.270.18915950.1930450.01599.8
2.27-2.50.1721554.80.17230580.01499.8
2.5-2.860.1931594.90.19230760.01599.9
2.86-3.60.1791584.80.1830730.01499.1
3.6-49.750.1731424.20.17330810.01595
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2dna-rna-allatom-mod.paramdna-rna-allatom-mod.top
X-RAY DIFFRACTION3water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION4mg3.parammg3.top
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
σ(F): 0 / % reflection Rfree: 4.8 % / Rfactor obs: 0.186
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg3.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg23.6
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg3.18
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.5
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.262 / % reflection Rfree: 3.1 % / Rfactor Rwork: 0.26

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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