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万見
- PDB-1ji6: CRYSTAL STRUCTURE OF THE INSECTICIDAL BACTERIAL DEL ENDOTOXIN CRY... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ji6
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF THE INSECTICIDAL BACTERIAL DEL ENDOTOXIN CRY3Bb1 BACILLUS THURINGIENSIS
要素PESTICIDIAL CRYSTAL PROTEIN CRY3BB
キーワードTOXIN / Cry3Bb1
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated killing of host cell / sporulation resulting in formation of a cellular spore / toxin activity / signaling receptor binding
類似検索 - 分子機能
Pesticidal crystal protein, central domain / Pesticidal crystal protein, central domain / delta endotoxin / Pesticidal crystal protein, central domain superfamily / Pesticidal crystal protein, N-terminal domain / Pesticidal crystal protein, C-terminal / delta endotoxin / Pesticidal crystal protein / Pesticidal crystal protein, N-terminal / Pesticidal crystal protein, N-terminal domain superfamily ...Pesticidal crystal protein, central domain / Pesticidal crystal protein, central domain / delta endotoxin / Pesticidal crystal protein, central domain superfamily / Pesticidal crystal protein, N-terminal domain / Pesticidal crystal protein, C-terminal / delta endotoxin / Pesticidal crystal protein / Pesticidal crystal protein, N-terminal / Pesticidal crystal protein, N-terminal domain superfamily / delta endotoxin, N-terminal domain / Aligned Prism / Vitelline Membrane Outer Layer Protein I, subunit A / Delta-Endotoxin; domain 1 / Galactose-binding domain-like / Galactose-binding-like domain superfamily / Jelly Rolls / Up-down Bundle / Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Pesticidal crystal protein Cry3Bb
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus thuringiensis (バクテリア)
手法X線回折 / AB INITIO PHASING / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Cody, V.
引用
ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2001
タイトル: Structure of the insecticidal bacterial delta-endotoxin Cry3Bb1 of Bacillus thuringiensis.
著者: Galitsky, N. / Cody, V. / Wojtczak, A. / Ghosh, D. / Luft, J.R. / Pangborn, W. / English, L.
#1: ジャーナル: Nature / 年: 1991
タイトル: Crystal Structure of Insecticidal Delta-Endotoxin from Bacillus Thuringiensis at 2.5 Angstroms Resolution
著者: Li, J. / Carroll, J. / Ellar, D.J.
#2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1988
タイトル: X-Ray Analysis of the Crystalline Parasporal Inclusion in Bacillus Thuringiensis Var. Tenebrionis
著者: Li, J. / Henderson, R. / Carroll, J. / Ellar, D.
履歴
登録2001年6月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年9月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月4日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42024年2月7日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PESTICIDIAL CRYSTAL PROTEIN CRY3BB


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,2061
ポリマ－67,2061
非ポリマー00
水4,522251
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)122.440, 131.810, 105.700
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 PESTICIDIAL CRYSTAL PROTEIN CRY3BB / INSECTICIDAL DELTA-ENDOTOXIN CRYIIIB(B) / CRYSTALLINE ENTOMOCIDAL PROTOXIN


分子量: 67206.133 Da / 分子数: 1 / 断片: Residues 64-652 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus thuringiensis (バクテリア)
株: EG7321 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q06117
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 251 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細CRY3Bb1 BELONGS TO THE "CRY" FAMILY OF DELTA-ENDOTOXINS, WHICH ARE PORE-FORMING INSECTICIDAL ...CRY3Bb1 BELONGS TO THE "CRY" FAMILY OF DELTA-ENDOTOXINS, WHICH ARE PORE-FORMING INSECTICIDAL PROTEIN TOXINS CONTAINED IN THE CRYSTALLINE PARASPORAL INCLUSIONS OF BACILLUS THURINGIENSIS. THE SUBCLASS III IS TOXIC SPECIFICALLY TO COLEOPTERAN INSECTS, I.E., BEETLES. THEY FUNCTION BY BINDING TO MIDGUT EPITHELIAL CELLS AND INDUCE COLLOIDOSMOTIC LYSIS.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.22 %
結晶化温度: 273 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 4 M NaBr, 0.1 M HEPES, 0.5% Lubrol PX, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 273K
結晶化
*PLUS
温度: 37 ℃ / 手法: microdialysis
詳細: Cody, V., (1992) Proteins Struct. Funct. Genet., 14. 324.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
14 M1dropNaBr
20.1 MHEPES1drop
30.5 %(w/v)Lubrol PX1drop
40.6 M1reservoirNaBr
50.1 MHEPES1reservoir
60.5 %(w/v)Lubrol PX1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS II / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1991年4月15日
放射モノクロメーター: graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→8 Å / Num. all: 91281 / Num. obs: 30077 / % possible obs: 72.2 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6.1 % / Biso Wilson estimate: 30.22 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.076 / Rsym value: 0.02 / Net I/σ(I): 10.3
反射 シェル解像度: 2.4→8 Å / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 0.076 / Mean I/σ(I) obs: 6.8 / Num. unique all: 30077 / % possible all: 72.2
反射
*PLUS
最高解像度: 2.4 Å / Num. measured all: 91281 / Rmerge(I) obs: 0.0766

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解析

ソフトウェア
名称分類
X-PLORモデル構築
X-PLOR精密化
SCALEPACKデータスケーリング
X-PLOR位相決定
精密化構造決定の手法: AB INITIO PHASING / 解像度: 2.4→8 Å / Isotropic thermal model: isotropic / σ(F): 0 / σ(I): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.253 3049 -Random
Rwork0.175 ---
all0.185 30077 --
obs0.175 27379 72.2 %-
原子変位パラメータBiso mean: 25.3 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4750 0 0 251 5001
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d20.06
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.251
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.4 Å / 最低解像度: 8 Å / σ(F): 0
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 25.3 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg20.06
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.251

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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